湖南一体化迈杰转化医学NGS平台推荐咨询

    二代测序是一个强大的功能平台，它可以同时给数以万计的DNA分子进行测序。由于这种可以多个样本同时测序的能力，在个性化医疗、遗传疾病和临床诊断等方面，二代测序也就是高通量测序开创了**性的领域。早在1900年代就发明的Sanger测序法，成为了DNA测序的黄金法则，即便到了***它仍被***用来进行常规测序和NGS数据的验证。它利用高保真DNA聚合酶生成与单链DNA模版互补的拷贝。在每个反应中，一个可以特异性识别模版的单链引物，可以从3端开始启动DNA合成，根据碱基互补配对原则，脱氧核糖核苷酸或简单的核苷酸是一个接一个的与模版配对。NGS平台自身的软件大多是做分析及报告的，样本管理或者实验管理一般需要单独上信息化，对整体业务效率还是有明显提高的。 迈杰多平台的研究优势以及多组学数据的挖掘能力，促进产学研医结合，加速项目成果转化，创新科技产品研发。湖南一体化迈杰转化医学NGS平台推荐咨询

    67个y-str基因座分别为：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段，dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下)，然后进行pcr扩增，获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件，选择适宜扩增程序，进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多，引物间相互抑制情况复杂，所以需要一一排除，找出这些基因座，重新设计并合成引物。此外，不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 安徽标准迈杰转化医学NGS平台值得推荐【迈杰转化医学】一直以来致力于转化医学服务和伴随诊断产品开发及商业化。

    图1为两轮多重PCR的二代测序建库过程。图2为10个样本100SNPs平均覆盖深度。具体实施方式下面结合附图和实施例，对本发明的具体实施方式作进一步描述。以下实施例*用于更加清楚地说明本发明的技术方案，而不能以此来限制本发明的保护范围。实施例1.基因组DN**段化a.打开Qsonica超声破碎仪，提前让循环水浴降温，工作温度为4℃。b.转移总量为1ug的基因组DNA到，用NucleaseFreeWater(以下称NFW)补足到100uL，震荡混匀，短时离心。c.将，旋紧中轴，插入顶盖，闭合机器，设定打断程序：振幅-25％，on&off为20s-30秒，时长15分钟。开始打断。d.打断结束后，取出，按照顺序排列整齐，开盖。实施例，先配置去除DNA之外的试剂，按照理论值的125％配，震荡混匀，短时离心，分装到96孔板中，每孔加7uL，之后从前面，盖上盖子。震荡混匀，短时离心。。设定程序：25℃30分钟、72℃15分钟、4℃保持。c.结束后，每孔中加入Ligase(单***)和1uL的Adapter，盖上新的盖子。震荡混匀，短时离心。室温下孵育20-30分钟。d.磁珠震荡30秒，充分混匀后，每一孔中加入25uL的磁珠，盖上新盖子。震荡混匀，短时离心。室温下孵育5分钟。e.将96孔板或八联管放上磁力架，等待2分钟，溶液澄清后。

    反应体系为20μl，由10μl2×mastermix(德国qiagen公司)、1μl标准品2800m水溶液、引物混合物和无核酶水组成。该反应体系中，各个引物的浓度见表1中第5列。反应程序：95℃5min；95℃30s，60℃2min，72℃2min，28个循环；72℃5min；4℃保存。3、纯化和定量(1)取pcr扩增产物，按照pcrpurificationkit的说明书步骤进行纯化，得到pcr纯化产物。(2)将pcr纯化产物按照qubittmdsdnahsassaykit说明书，采用，得到pcr纯化产物的浓度。4、文库制备取pcr纯化产物，按照truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit的说明书操作步骤依次进行末端修复、末端修复产物纯化、连接a-tail、连接adapter和连接产物的纯化，然后按照kapalibraryquantificationkit的说明书步骤进行文库定量及文库标准化，完成文库制备。5、上样测试取步骤4制备的文库，使用miseqreagentkitv3-600cycles测序试剂于miseqfgx二代测序仪上进行测序。6、数据分析测序结束后仪器自动生成fastq文件，使用。运行，在notepad中录入68个基因座基因配置文件。基因座基因配置文件如下：①基因座名称，②y，③正向引物后12个碱基，④反向引物前12个碱基的反向互补序列，⑤该基因座**序列的两个重复单元，⑥一个重复单元的碱基数。使用北欧免疫组化质控中心NordiQC推荐的IHC抗体组合。

    目前市场上**成功的商业化多重PCR建库技术是ThermoFisher公司的Ampliseq技术，该技术可以在同一孔反应中完成上千对引物的扩增，使得多个靶标区域的富集可以通过一次PCR反应完成，随后加上IonTorrent测序平台的通用接头建好文库用于二代测序。然而，这个产品存在**大的缺陷是客户定制化的panel设计生产周期较长，需要两到三个月，严重的增加了时间成本；并且每个样本的建库费用高达1000-2000元，致使其经济成本极高；另外该试剂盒只适用于IonTorrent测序平台，受平台因素影响大，亦不利于测序费用的降低。技术实现要素：鉴于以上问题，本发明提供了一种基于多重PCR的二代测序建库技术，该技术可以有效的解决Ampliseq试剂盒存在的问题，对于客户定制化的panel设计生产周期只需要两周，并且可以极大的降低单个样本建库的成本，且在IonTorrent和Illumina测序平台都通用。为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：本发明中用到了两轮多重PCR来建库。首先针对每个靶标区域或者靶标位点，需要设计两条特异性引物，一条引物在另一条引物的3’下游100-150bp的位置，处于下游的引物在5’端加上二代测序平台通用的测序接头。上游的引物OP用于***轮多重PCR。迈杰转化医学同时拥有符合GMP和ISO 13485的要求的GMP生产车间及仓储，可以充分满足客户的需求。浙江个性化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐

迈杰转化医学具体包括全套的Leica组织样本制备系统，Ventana、Leica、DAKO等全自动免疫组化仪。湖南一体化迈杰转化医学NGS平台推荐咨询

    同时操作更为简单，整个上机测序可在（文库构建时间除外）。其劣势在于芯片的通量并不高，非常适合小基因组和外显子验证的测序。小结：二代测序相比一代测序大幅降低了成本，保持了较高准确性，并且大幅降低了测序时间，将一个人类基因组从3年降为1周以内，但在序列读长方面比起***代测序技术则要短很多，这也给三代测序提供了发展空间。三、独辟蹊径补空缺三代测序：单分子测序背景：测序技术经过***代、第二代的发展，读长从一代测序的近1000bp，降到了二代测序的几百bp，通量和速度大幅提升，那么第三代测序的发展思路在于保持二代测序的速度和通量优势同时，弥补其读长较短的劣势。三代测序与前两代相比，**大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。1、Oxfordnanopore纳米孔+电流检测技术原理：该技术设计了一种特殊的纳米孔，孔内共价结合有分子接头，**终得到电信号而不是光信号或pH信号的测序技术。当DNA碱基通过纳米孔时，电荷将发生变化，因而短暂地影响流过纳米孔的电流强度（每种碱基所影响的电流变化幅度是不同的），灵敏的电子设备检测到这些变化从而鉴定所通过的碱基。优势劣势：①读长很长，大约在几十kb，甚至100kb；②错误率目前相比较高。湖南一体化迈杰转化医学NGS平台推荐咨询