上述任一所述复合扩增体系还可包括进行pcr扩增反应所需的试剂。所述“进行pcr扩增反应所需的试剂”不包括pcr扩增反应所需的引物。上述任一所述复合扩增体系可为20μl,由10μl2×mastermix、上述任一所述引物组合和模板组成。2×mastermix具体可为德国qiagen公司的产品。所述模板具体可为浓度为1ng/μl的标准品2800m的水溶液或样品的基因组dna。所述样品可为人口腔拭子。所述标准品2800m具体可为promega公司的产品,产品目录号为dd7251。含有上述任一所述引物组合的试剂盒也属于本发明的保护范围;所述试剂盒的用途可为(h1)-(h5)中的至少一种:(h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。本发明还保护上述任一所述复合扩增体系或上述任一所述试剂盒的制备方法;该制备方法包括将上述任一所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系在制备试剂盒中的应用;所述试剂盒的用途可为(h1)-(h5)中的至少一种:。【迈杰转化医学】一直以来致力于转化医学服务和伴随诊断产品开发及商业化。福建标准迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
实施例3、实施例1制备的试剂盒的准确性验证1、取1ng标准品2800m、样本一、样本二或样本三(见实施例2中步骤二),按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的说明书步骤进行毛细管电泳检测,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。表4注:m为毛细管电泳检测技术的分型结果,e为二代测序技术的分型结果。2、按照实施例2中步骤一的方法检测标准品2800m、样本一、样本二或样本三,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。结果表明,实施例1制备的试剂盒与yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座,在标准品2800m、样本一、样本二和样本三中的分型结果完全一致。实施例4、实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性实施例1制备的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验获得的,主要包括扩增各个基因座引物的反复调试和引物浓度的摸索。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以试剂盒中用于扩增各个基因座的引物不可替换。1、设计并合成表5中第2列所示的、用于扩增65个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物1。设计并合成表5中第4列所示的、用于扩增66个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物2。河北组织标本迈杰转化医学NGS平台郑重承诺迈杰转化医学拥有专业的病理医生提供相应的阅片或远程病理阅片服务。
h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系的应用,可为(h1)-(h5)中的至少一种:(h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。上述任一所述68个基因座具体可由amelogenin、dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10和y-gata-h4组成。其中,amelogenin为性别决定基因座。dyf399s1包含三个分型片段。dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b和dys527a/b均包含两个分型片段。本发明提供的试剂盒可以检测68个基因座。
基于以上研究,迈杰转化医学可针对患者分层及各类研究指标提供FGFR抑制剂***中生物标志物研究的整体解决方案,包含:HumanComprehensivePanelMed1CDx;定制的panFGFxpanel;QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit;RNAscope检测FGFR1/2/3/4mRNA表达;FISH(FGF19扩增);IHC(FGF19表达)等(图4)。图4FGFR抑制剂相关的生物标志物整体解决方案➤➤方案1:Med1CDxNGSpanel(601基因)迈杰转化医学的Med1CDx综合panel包含原*基因、遗传性驱动基因、细胞周期基因和免疫/炎症相关基因等601个基因,可用于对TMB、MMR、MSI、免疫检查点分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。对于FGFR抑制剂研究,该panel除了能够检测FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和扩增等异常,也可以评估已知和探索新的耐药变异(图5)。图5Med1CDx基因分布➤➤方案2:定制panelpanFGFx(40基因)值得关注的是,迈杰转化医学针对FGFR抑制剂的研究研发了“小而精”的panFGFxpanel:FGFR1-4探针覆盖基因全部外显子,包括UTR区,覆盖**全,同时检测已知与未知SNV/InDel;针对融合检测,加入了已知融合伙伴的相关探针,提高已知融合检出率;如有新融合发现需求,可提供涵盖全部内含子区版本;针对拷贝数扩增检测。 迈杰转化医学拥有3D HISTECH Pannoramic MIDI数字化病理扫描仪及91360远程病理系统。
⑦侧翼序列碱基数,各部分之间用tab键隔开。按照这种格式依次对68个基因座进行录入。68个基因座基因配置文件录入完成后,运行***。该文件给出了①基因座名称,②基因分型,③扩增子碱基数,④扩增子序列信息,⑤测序深度五个部分。根据国际法医遗传学会(internationalsocietyforforensicgenetics,isfg)发表的关于y-str基因座的str序列指南()和niststr数据库(strbase.)y染色体str情况说明对67个y-str基因座的序列构建**重复结构。实验结果见表3。结果表明,标准品2800m得到了完整的str分型,完全能够满足法医str检验的要求。表3-1注:n与其后数字表示一段碱基序列,其后数字表示序列的碱基数目。表3-2注:n与其后数字表示一段碱基序列,其后数字表示序列的碱基数目。二、采用实施例1制备的试剂盒的应用——口腔拭子样本的基因座分型样本一、样本二和样本三为3名汉族男性无关个体的口腔拭子的基因组dna,浓度均为1ng/μl。3名汉族男性均知情同意。将步骤一中的标准品2800m水溶液替换为样本一、样本二或样本三,其它步骤均不变。检测结果见表3。结果表明,样本一、样本二和样本三均获得了完整的str分型结果。迈杰转化医学分子平台可以基于成熟的qPCR技术定量检测外源载体拷贝数,应用于药物分布实验如CAR-T等。福建组织标本迈杰转化医学NGS平台创新服务
迈杰转化医学设有病原体检测平台Qiastat-Dx进行呼吸道及胃肠道病原体检测。福建标准迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
于是,每个反应会产生许多不同长度的DN**段,并在模版的任一核苷酸位置上由其中一种双脱氧核糖核苷酸终止链的延伸。反应混合物可以通过手动灌胶或自动灌胶到用毛细管进入测序机器,再根据DNA分子大小不同用电泳分离DNA。当DNA流过凝胶后,DNA序列可以通过双脱氧核糖核苷酸上发出的荧光来进行分析。当今的Sanger测序仪使用的是毛细管自动上样的凝胶电泳,一般可以同时分析8-96个系列反应。二代测序系统在十年前就是因其可同时进行大量平行测序反应而广为人知。这些系统可以同时分析百万甚至上亿个序列反应。虽然不同的机器生产时会在技术细节上有许多不同,但他们都有以下几个共同点:1,文库建立:所有二代测序的平台都需要一个基因文库,这个基因文库包含通过引申或者连接自定义的接头序列。2,测序仪器:每个文库片段在共阶吸附的DNA连接因子的作用下,以文库适配序列为模版,在固体表面上进行扩增。这步扩增会产生许多DNA蔟,每个来源于一个文库片段,每个基因蔟都会像**的测序反应一样起作用。3,数据输出:每个仪器都会在测序结束后给出原始数据。这个原始数据时每个基因蔟中形成的DNA序列的**。 福建标准迈杰转化医学NGS平台郑重承诺