代谢组学的研究对象大都是相对分子量在1000以内的小分子物质，因此常用的血液样本在取样后，应小心操作，防止溶血，尽快分离出血清，分置于温环境下保存。由于用于理实验的动物采集相对其他样品的采集，操作更繁琐，在处理过程中许多细节容易忽略，造成数据不完美（甚至不能用）。因此接下来将重点介绍样品采集的注意事项及其固定。样品采集注意事项应新鲜，操作时间尽可能短，否则细胞发生死后变化、自融及现象。是动物心脏还在跳动时采集，样本取出后在5分钟以内置于固定液内，避免长时间暴露在空气环境中。块尽量小而薄。块的厚度以不超过5mm为宜，较为理想的厚度为2mm左右，主要目的是使固定液迅速而均匀的渗入块内部。勿使块受挤...

2）固定的目的①保持其原有状态：使细胞内的蛋白质、脂肪、糖、酶等成分转变为不溶性物质，迅速防止、细胞的死后变化，防止自溶与，防止细胞过度收缩或膨胀而失去其原有形态结构，使之尽量保持生前的状态和结构。②以便染色后易于鉴别和观察：不同成分对染料有不同的亲和力，以便染色后易于鉴别和观察。③使块硬化，便于制作薄片（块在脱水、包埋、切片、染色等过程中不易损坏）。（3）固定液固定液种类：一类是单纯固定液，即只有一种试剂；另一类是混合固定液，由两种或两种以上试剂组成。作为较好的固定液，应有下列特性，首先，有强渗透力，能迅速的渗入内部；其次，不使过度收缩或膨胀，并能使内欲观察的成分得以凝固为不溶性物质；能使达...

代谢组学的研究对象大都是相对分子量在1000以内的小分子物质，因此常用的血液样本在取样后，应小心操作，防止溶血，尽快分离出血清，分置于温环境下保存。由于用于理实验的动物采集相对其他样品的采集，操作更繁琐，在处理过程中许多细节容易忽略，造成数据不完美（甚至不能用）。因此接下来将重点介绍样品采集的注意事项及其固定。样品采集注意事项应新鲜，操作时间尽可能短，否则细胞发生死后变化、自融及现象。是动物心脏还在跳动时采集，样本取出后在5分钟以内置于固定液内，避免长时间暴露在空气环境中。块尽量小而薄。块的厚度以不超过5mm为宜，较为理想的厚度为2mm左右，主要目的是使固定液迅速而均匀的渗入块内部。勿使块受挤...

应退回纯酒精中重新脱水，然后再透明，否则切片难以镜检。（4）二甲苯应尽量保持无水，应经常更换，或用纱布包无水硫酸铜放入染色缸内吸收水分。5.透蜡注意事项（1）透蜡的目的是除去组织中的透明剂（如二甲苯等），使石蜡渗透到组织内部达到饱和程度以便包埋。透蜡时间根据组织大小而定。（2）尽量保持在较低温度中进行，以石蜡不凝固为度。（3）透蜡温度要恒定，不可忽高忽低。（4）操作要迅速，力求在短的时间内完成石蜡透入过程，以免引起组织变硬、变脆、收缩等。（5）注意温度不要过高，以免组织发脆。6.染色水洗注意事项（1）染色原理：伊红主要染细胞质，着色浓淡应与苏木精染细胞核的浓淡相配合，如果细胞核染色较浓，细胞质...

用伊红乙醇液对比染色1~3min。（4）将切片放入95%乙醇中洗去多余的红色，然后放入无水乙醇中3~5min，吸干后将切片放入二甲苯Ⅰ、Ⅱ中各3~5min。3、观察在镜下可见卵巢呈扁椭圆形，表面为单层扁平上皮细胞或单层立方上皮，卵巢实质分为皮质和髓质。可见上皮，原始卵泡和生长卵泡。卵巢组织中各发育阶段卵泡及卵巢基质的形态结构清晰可见,细胞核呈蓝紫色,细胞质及间质成分呈浅红色,卵泡中卵母细胞、卵泡细胞、透明带均清晰可见。注意事项1.取材注意事项（1）取材动作要迅速，不宜作太久的拖延以免组织细胞的成分、结构等发生变化。（2）切片材料应根据需要观察的部位进行选择，尽可能不要损伤所需要的部分。（3）切...

转录组和m6A分析显示精子发生相关基因的表达和选择性剪接发生了改变[19]。YTHDC2可促进靶基因的翻译效率，并降低其mRNA的丰度，在精子发生过程中起关键作用。当减数分裂开始时YTHDC2表达上调，YTHDC2敲除小鼠的生殖细胞没有经过偶线期的发育导致小鼠不育[20]。在DNA损伤反应中，METTL3可促进DNA聚合酶κ（Polκ）与核酸剪切修复途径快速定位到UV引起的DNA损伤位点，当缺失METTL3时，细胞无法迅速修复UV照射引起的突变，并且对UV照射更加敏感[25]。在淋巴细胞性小鼠过继转移模型中，Mettl3缺陷通过影响mRNAm6A修饰，降低SOCS家族mRNA衰减，增加mRNA...

原理HE染色主要使用苏木精和伊红这两种染液，其中苏木精碱性染液为蓝色，可以将组织的酸性结构染成蓝紫色（细胞核呈现蓝色；软骨基质、钙盐颗粒呈深蓝；粘液呈灰蓝）；伊红是一种化学合成的酸性染料，在水中解离成带负电荷的阴离子，易于蛋白质氨基中的正电荷结合使细胞浆染色。细胞浆、肌肉、结缔组织、嗜伊红颗粒等被染成不同程度的红色或粉红色。材料与仪器小鼠、固定液、酒精、二甲苯、石蜡、蜂蜡苏木精染液、伊红酒精溶液、盐酸酒精溶液甘油蛋白粘片剂、中性树胶石蜡包埋机、切片机、恒温箱、蜡杯酒精灯、解剖剪、培养皿、镊子、单面刀片染色缸、盖玻片、载玻片、玻片盘、显微镜温度计、水浴锅步骤一、制作卵巢石蜡切片1、取材小鼠腹腔注...

常见的有理染色、WesternBlot、PCR等），实验仪器是否需要预约使用。如果需要外送公司检测，需要提前联系好商家，以及了解清楚样本如何获取，如何运输。饲养动物及干预动物购买后需要将时间节点提前规划好，比如，周需要做什么？测量体重？观察饮食？测量需要的指标？中间有无特殊操作？比如灌胃、测量体重、做CT检测、取血？……第几周取材？取材需要哪些？预实验方案就要提前设计清楚以上内容。取材及样品准备取材需要提前到动物房禁食、称体重、取出动物、手术的、固定所需要的试剂和EP管，WesternBlot和PCR所需要的样本储存条件。比如冻存管、EP管，是否需要冰块？是否需要液氮？取材当天需要多少人？是否...

注意事项1.病毒包装的几个关键点主要包括：细胞因素、载体系统(尽量使用成熟的商业化载体系统)、构建重组的质粒正确与否、质粒抽提纯化情况、包装转染控制(24、48小时的细胞及荧光状态判断)、目的基因对病毒包装影响(基因大小、序列情况、蛋白功能毒性等都会影响到是否能包装成功)。，需要观察包装病毒后的48h培养基颜色是否橙红。3.病毒浓缩：病毒一般在48h和72h各收一次。如果不想浓缩病毒的话，也可以直接将收集的病毒上清作为要的细胞的培养基，但是可能效果会不太好。并且一般收病毒时，培养基的营养已经损耗了很多，那样直接培养细胞会损害细胞，所以建议还是进行浓缩后再。常见问题1.包装病毒时293T细胞状态...

应退回纯酒精中重新脱水，然后再透明，否则切片难以镜检。（4）二甲苯应尽量保持无水，应经常更换，或用纱布包无水硫酸铜放入染色缸内吸收水分。5.透蜡注意事项（1）透蜡的目的是除去组织中的透明剂（如二甲苯等），使石蜡渗透到组织内部达到饱和程度以便包埋。透蜡时间根据组织大小而定。（2）尽量保持在较低温度中进行，以石蜡不凝固为度。（3）透蜡温度要恒定，不可忽高忽低。（4）操作要迅速，力求在短的时间内完成石蜡透入过程，以免引起组织变硬、变脆、收缩等。（5）注意温度不要过高，以免组织发脆。6.染色水洗注意事项（1）染色原理：伊红主要染细胞质，着色浓淡应与苏木精染细胞核的浓淡相配合，如果细胞核染色较浓，细胞质...

1.首要原则：细胞不重要情况下立即丢弃，培养箱灭菌，所用培养基也都要丢弃，器械等重新灭菌或拆用新的。2.细菌污染一般都救不回来了，发现的时候培养基一般都很浑浊且细胞都死了3.污染且细胞很重要时：遇到念球菌污染，且细胞为基因改造细胞，非常重要。如231贴壁乳腺细胞，发现细胞周围出现很小的串珠透亮圆点，非常像念球菌污染，此时细胞状态尚可，且污染少。处理如下：用预热或室温PBS清洗3次，可适当振摇，将污染冲洗下来。随后加入10-20%双抗到培养瓶，置于37度培养箱1h，之后再用PBS清洗三遍，直至视野下无可见污染。此时细胞也被冲下大部分，因此此方法只适用在细胞贴壁强，状态好，密度高时使用。之后每天再...

我们知道WB实验步骤繁琐，一次实验历时也不短，从提蛋白到显影结束可能要三天，我们就讲一下这里面的一些关键环节。一、蛋白提取及变性1、提取蛋白很多经验丰富的WB实验者都深有体会，蛋白提取是影响结重要的环节之一。该过程重要的是防降解和保证蛋白浓度不要太低。防降解主要有两点，一是裂解前注意保持样品处于低温环境中，二是裂解时加入足够的蛋白酶抑制剂。我们习惯先用冰冷的PBS做心脏的体循环灌注，然后冰上取脑，分离各脑区(嗅球，皮层，海马，中脑，小脑，延髓，丘脑，纹状体)后置于，用液氮速冻后转移至-80度冰箱长期保存。接着是保证蛋白浓度，即要加入适量的裂解液，加太少会使蛋白提取不充分，加太多会让蛋白浓度太低...

1.首要原则：细胞不重要情况下立即丢弃，培养箱灭菌，所用培养基也都要丢弃，器械等重新灭菌或拆用新的。2.细菌污染一般都救不回来了，发现的时候培养基一般都很浑浊且细胞都死了3.污染且细胞很重要时：遇到念球菌污染，且细胞为基因改造细胞，非常重要。如231贴壁乳腺细胞，发现细胞周围出现很小的串珠透亮圆点，非常像念球菌污染，此时细胞状态尚可，且污染少。处理如下：用预热或室温PBS清洗3次，可适当振摇，将污染冲洗下来。随后加入10-20%双抗到培养瓶，置于37度培养箱1h，之后再用PBS清洗三遍，直至视野下无可见污染。此时细胞也被冲下大部分，因此此方法只适用在细胞贴壁强，状态好，密度高时使用。之后每天再...

把膜先用TBST泡洗两遍再用5%脱脂奶粉或者BSA室温封闭1-2小时。注意一定要让蛋白面充分接触封闭液。2、孵一抗脱脂奶粉封闭的话，要用TBST泡洗三遍再转移至一抗溶液中，BSA封闭的可以直接转移至一抗中。如果膜的宽(膜是一个长方形，这里的宽与长相对应)不大于8毫米，我习惯置于15毫升离心管中孵育，两条膜"背对背"式放置于一个管子里(3毫升液体即可)。如果大于8毫米，就用普通的5格的一抗孵育盒(4毫升即可)。4度过夜，一般是12-18个小时，注意放置水平，用摇床。内参等蛋白丰度很高的如果孵久了可能出现条带连在一起的情况，这时可以缩短孵育时间或者降低一抗的浓度。六、孵二抗显影1、孵二抗室温一个小...

实验样本分类实验一般采取样本有：血液样本、样本和细胞样本。通常，样本采集后，应立即用等渗溶液（PBS或生理盐水）尽量把血液漂洗干净（除非血液也是分析对象），用滤纸或纱布吸干，把样本分切成几分，每份的体积约2个黄豆大小，每份用一个管子装。血液样本的采集应根据不同实验的要求，将会采取不同策略。血清样本：全血中不加抗凝剂，血液凝固后取出的不含凝血因子的淡黄色透明液体。（全血标本室温放置2小时3000rpm/min离心15min）血浆样本：全血中加抗凝剂，血液凝固后取出的含凝血因子的淡黄色透明液体。（可用EDTA或肝素作为抗凝剂，标本采集后30分钟内于2-8℃，3000rpm/min离心15min）如...

用途基因功能研究、免/杀伤/增殖等、抗体活性筛选（细胞水平的结合和阻断）、CAR分子的杀伤活性评价。材料与仪器（以慢pMSCV载体为例）包含目的基因和eGFP-Tag的pMSCV质粒、带有eGFP-Tag的pMSCV空载质粒、GAG质粒、VSV质粒、Puromycin、Polybrene、Lipo3000、HEK293T细胞、opti-MEM、DMEM、FBS、双抗、μm的滤膜、荧光显微镜等。步骤1、基因的构建1)根据目的基因mRNA编码区设计引物，分别在引物两端加入酶切位点EcoRI和BglII。2)从细胞中提取目的基因mRNA，然后逆转录成cDNA，然后从cDNA里面用引物把目的基因的CD...

图2MAZTER-Seq实验流程图图3MAZTER-MINE分析m6A示意图接下来作者便是要验证这一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情况下，检测到的剪切效率高于野生型（剪切效率高低m6A水平），m6A抗体富集后的样品剪切效率也低于未富集的Input组。整体水平可靠，那检测的特异性位点是否准确呢？作者也将该方法检测到的新甲基化位点使用放射标记层析检测，发现预测的位点准确存在而且与剪切效率相符合。如图5所示。而图6中，作者则是与m6A抗体IP的方法进行了比较，也证实了这一方法的可行性。图5MAZTER-Seq检测结果验证图6MAZTER-Seq与m6A-Seq比较分析此外，后文中作者也在大...

RNA甲基化修饰（m6A）研究RNA甲基化修饰约占所有RNA修饰的60%以上，而N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine,m6A）是高等生物mRNA和lncRNAs上为普遍的修饰。目前发现microRNA，circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有发生m6A修饰。m6A修饰主要发生在RRACH序列中的腺嘌呤上，其功能由“编码器(Writer)”、“消码器(Eraser)”和“读码器(Reader)”决定[1]。“编码器(Writer)”即甲基转移酶，目前已知这个复合物的成分有METTL3，METTL14,WTAP和KIAA1429；而ALKBH5和FTO作为去甲基酶（...

小鼠尾尖用酒精擦拭尾巴，引起轻微的血管扩张；用无菌手术刀、刀片或锋利的剪刀，快速截断小鼠尾尖1-2毫米。如果需要多次，之后每次需截除2-3毫米；从尾部像尾尖方向按摩，增加血流；用采集血液；结束后，按压伤口或使用止血剂来止血；每次量大约可达。小鼠眼球取血单手保定好小鼠；必要时剪掉小鼠胡须，防止污染血液；轻压取血侧眼部皮肤，使眼球充血突出；用弯头镊夹取眼球并快速在摘取；同时用左手中指轻按小鼠心脏部位，以加快心脏泵血速度；当血液流尽时，用脱臼法处死小鼠；大鼠眼眶取血先将小鼠进行麻醉，大鼠翻正反射消失时不在继续麻醉；抗凝处理过的玻璃毛细采样管，掰成2-3厘米长度；右手食指和拇指轻按眼眶两侧皮肤，使眼球...

准备碎冰和。把膜置于甲醇溶液中活化1分钟，然后转移至转膜液中平衡3分钟后备用。2、转膜组装转膜三明治夹，这一步很关键，重要的是胶和膜之间不能有气泡且膜与胶要保证贴合紧密(否则会翻车)，可以加多点转膜液泡着。组装好后加满转膜液，设置电源参数，我习惯恒流转膜，200-280毫安，1-2小时，根据分子量定，如50KD的分子用60分钟就够了。如果一个电源带两个转膜大槽即四块胶，我就会用恒压70-110V。这个过程重要的是做好降温。这里简单说一下蛋白分子量与玻璃板厚度，分离胶的浓度，转膜电源参数的选择问题。如果是能用1毫米的玻璃板就不用，因为转膜是在电场的作用下蛋白分子从胶上迁移到膜上，1毫米胶的蛋白迁...

一种是用beta巯基乙醇打开蛋白质分子二硫键的，另一种是用DTT(二硫苏糖醇)。两者的作用是一样的，但特点不一样，前者更容易与氧气反应，稳定性比后者差，如果在常温下暴露在空中，前者只能维持24小时的活性，后者却可以维持7天左右。所以该如何选择?如果是蛋白样品较少，跑几次就可以用完的样品，这时选择beta巯基乙醇。如果样品很多，计划跑上几十次的，优先选择DTT,建议变性后分装保存。二、SDS-PAGE凝胶配制1、配胶前准备首先强调一下，一块好的胶是跑好蛋白的前提，所以这个环节也不容忽视。玻璃板的选择，一种是1毫米厚度的，另一种是，这个厚度选择也是有讲究的，如果上样体积小于10微升，优先选1毫米，...

外泌体的功能外泌体可能作为细胞之间物质和信号通讯的途径，不同的细胞通过分泌携带不同组分的外泌体实现细胞间通讯，这些外泌体被受体细胞吸收，通过物质交换或释放内含物实现物质和信号的交流。外泌体与受体细胞的信息交流可能通过以下4种途径实现:外泌体表面膜蛋白质被目的细胞表面的受体识别，从而靶细胞;外泌体在蛋白酶作用下产生的表面膜蛋白质碎片可作为目的细胞表面受体的配体;外泌体脂膜可以与目的细胞膜融合，将蛋白质和RNA等内容物释放进去，此类膜融合可能改变靶细胞的一些膜特性，例如脂质和膜蛋白质的密度及种类;目的细胞通过胞吞的形式摄入外泌体经由以上几种途径，外泌体将其携带的生物信息运输到周边靶细胞或经血液等体...

原代细胞是指在机体或组织中直接从生物体分离出来的、未经传代培养的细胞。这种细胞保持着其原始的生物学特性，具有高度的活性和分裂能力。原代细胞在许多生物医学研究中具有重要地位，包括药物筛选、疾病模型的建立以及疫苗研发等。原代细胞的获得通常是通过组织剪切、消化或酶解等方式从机体或组织中分离出来。这些细胞脱离了它们在生物体中的环境，但是仍然保持着其基本的生物学特性，包括细胞膜、细胞核、细胞器以及其他重要的生物分子。原代细胞在未经过传代培养的情况下，保持着其原始的生物学特性，因此，它们常常被用于药物筛选、毒理学研究等。同时，由于原代细胞具有高度活性和分裂能力，它们也被用于组织工程和再生医学中，如皮肤移植...

m6A修饰图谱构建及作用机制：通过m6A甲基化测序（MeRIP-Seq,miCLIP）构建疾病细胞模型或者发病组织的m6A修饰谱，分析m6A的motif,peaks数量及分布，Peak关联基因的特征，联合RNA-seq研究m6A甲基化与表达的关系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)为研究ALKBH5的m6A作用机制，作者利用芯片和m6A-seq筛选到胶质瘤增殖相关的FOXM1，通过qPCR、WB、免疫荧光、核质分离WB/qPCR、RIP和MeRIP等实验证明ALKBH5通过去甲基化调节FOXM1在GSCs中的表达。为研究ALKBH5对FOXM1的作用是否受其他因子的调节，作者研...

转录组和m6A分析显示精子发生相关基因的表达和选择性剪接发生了改变[19]。YTHDC2可促进靶基因的翻译效率，并降低其mRNA的丰度，在精子发生过程中起关键作用。当减数分裂开始时YTHDC2表达上调，YTHDC2敲除小鼠的生殖细胞没有经过偶线期的发育导致小鼠不育[20]。在DNA损伤反应中，METTL3可促进DNA聚合酶κ（Polκ）与核酸剪切修复途径快速定位到UV引起的DNA损伤位点，当缺失METTL3时，细胞无法迅速修复UV照射引起的突变，并且对UV照射更加敏感[25]。在淋巴细胞性小鼠过继转移模型中，Mettl3缺陷通过影响mRNAm6A修饰，降低SOCS家族mRNA衰减，增加mRNA...

如胰腺，一般取胰岛较多的胰腺尾部；肺应取有细支气管及带有软骨片的小支气管部。如果实验需进行多样本的采集，采集顺序应按照：消化，神经系统，皮肤，肌肉等的顺序进行。选好块的切面。熟悉某些成分安排，然后决定其切面的走向；如一长管状以横切面较好。切除不需要的部分。特别是周围的脂肪等，应尽可能掉，否则给固定、脱水、浸蜡、切片等带来一些不必要的问题。样品的固定（1）固定的方法：①小块固定法：从动物取下的小块，立即置入液态固定剂（这是应用经常的方法）。②注射/灌注固定法：某些块由于体积过大或固定液极难渗入内部或需要对整个脏器或整个动物进行固定，这时宜采用注射固定法，将固定液注入血管，经血管分支到达整个和全身...

原理以慢病毒包装为例，主要包括3个质粒：质粒DNA可以转录出慢病毒遗传物质(RNA)，但不能翻译出慢病毒的外壳及蛋白成分的载体质粒，其同时含有目的基因和报告基因，psPAX2是可以表达慢病毒外壳的质粒，其表达产物可通过粘附机制更易穿过细胞膜。为慢病毒的膜蛋白质粒，通过脂质体进行三质粒共转到靶细胞基因组中，宿主基因组在表达时，随宿主基因转录出的目的基因RNA与psPAX2、基因翻译出的蛋白组装为慢病毒。病毒进入细胞后，其遗传物质RNA逆转录出DNA，该基因再整合到靶细胞的基因组中，完成转染过程。因为质粒DNA只能转录出病毒RNA和表达目的基因却不能表达出病毒的外壳和膜蛋白成分，因此其不能像普通的...

准备碎冰和。把膜置于甲醇溶液中活化1分钟，然后转移至转膜液中平衡3分钟后备用。2、转膜组装转膜三明治夹，这一步很关键，重要的是胶和膜之间不能有气泡且膜与胶要保证贴合紧密(否则会翻车)，可以加多点转膜液泡着。组装好后加满转膜液，设置电源参数，我习惯恒流转膜，200-280毫安，1-2小时，根据分子量定，如50KD的分子用60分钟就够了。如果一个电源带两个转膜大槽即四块胶，我就会用恒压70-110V。这个过程重要的是做好降温。这里简单说一下蛋白分子量与玻璃板厚度，分离胶的浓度，转膜电源参数的选择问题。如果是能用1毫米的玻璃板就不用，因为转膜是在电场的作用下蛋白分子从胶上迁移到膜上，1毫米胶的蛋白迁...

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m6A研究又有新手段了？赶紧来了解一下吧！栏目：研究动态发布时间：2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究热点之一,Cell上新发表了一篇介绍不使用m6A抗体的检测mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究热点之一，目前主要的研究思路包括差异表达的write，reader和eraser基因分析；m6A抗体检测全转录组甲基化水平；分析m6A甲基化水平变化的靶基因和下游机制研究。而在7月25日的Cell上新发表了一篇介绍不使用m6A抗体的检测mRNAm6A水平的Resource文章，小编时间和大家分享一下。作者开发这一方法的前提是有研究报道了Maz...