习惯与化学农药混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
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微生物菌剂是一种新型的肥料，可以用于浸种、蘸根、混拌底肥，沟施或穴施，越早使用效果越好。
因为微生物菌剂是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地温、湿度、光照等等因素的影响，所以在使用方法上有着合理的规范，方法使用对了，效果发挥好，不浪费。
下面来看一下微生物菌剂的使用方法，以及使用微生物菌常见误区。育苗时开始使用效果比较好
提前***，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物菌剂
越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物菌剂当中含有的有益菌，可以促进土壤当中有益菌的繁殖，并且***杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，并且能够改善土壤因长期使用化肥而造成的土壤板结、酸化、盐渍化等一系列土壤性问题。
并且微生物菌剂还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌剂，对作物的病虫害提前预防起到了很好的保护作用，间接地减少了因病虫害而造成的经济损失。
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那么，果树是如何发生锰中毒呢？土壤中的锰本是惰性金属，移动性很差，而严重酸化的土壤，使本是惰性金属的游离态的锰，活性提高后，加快了它在土壤中的移动速度，增加了果树根系吸收锰的机率，天长日久，果树吸收积累锰达到一定程度后，表现出锰中毒症状。土壤酸化加重苦痘病等生理病害的发生土壤酸化造成土壤碱性钙离子的淋失，引发苹果苦痘病、痘斑病、果面黑点，大樱桃裂口，葡萄裂口及糖度降低，西红柿脐腐病等现象的严重发生。在PH值小于4.5的情况下，苦痘病、痘斑病、果面黑点的发病率高达60%。土壤酸化对果树的影响同时，土壤酸化还会加重粗皮病的发生，科学地讲，果树生长较适宜的PH值是6-7.5，因此，果农朋友，务必应重视酸性土壤的调理。酸化土壤的防治方法：要想长期预防土壤的酸化，的办法就是，重视质量有机肥的应用，增加土壤中的有机质含量，科学搭配施肥。同时，重视质量、货真价实的微生物菌肥的应用，增加土壤中有益微生物的数量，只有始终保持土壤的肥沃，才能防止土壤的酸化。
盲目购买应用强酸性肥料味精厂的下脚料生产的有机肥，该肥能吸引人们购买主要原因是颗粒光滑、均匀，气味芳香，内含氮：16%以上，有机质，氨基酸，因含氮高，作物应用后长势虚旺许多人因无知而感到用了好肥料，哪知已严重的加重了土壤的酸化程度。应用含有大量硫酸铵的化学肥料。因柱状化肥含水量大，如果氮肥用尿素做原料，柱状很快吸潮散开，而用硫酸铵吸潮后柱体变硬，不散碎。“尿素”属于中性肥料，适宜任何土壤。“硫酸铵”属酸性肥料，只适合中性或碱性土壤，所以，这类肥料土壤越用越酸化。个别农户还再使用“过磷酸钙”，该品是磷矿石+硫酸反应而成酸性土壤对作物的生长和微生物的活动产生了极为不利的影响，既降低肥料利用率(特别中微肥)，又降低了作物产量。并且造成土壤碱性钙离子的淋失，苦痘病发病重，还造成锰离子的解释、释放，锰中毒发生严重。微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。
用得早，用得足，次数多。微生物菌剂到根际需要与其它的微生物竞争营养和位置等，因此，要做到先声夺人，才能取得更好的效果。建议从底肥(生长早期）就开始施用，不要随意减量，并且在一个生长季至少施用2-3次。
2、 采用正确的施用方式：可采用拌种、浸种、蘸根、灌根、穴施、沟施、喷施、滴灌、撒施等方式。浸拌种、蘸根等方式早期效果突出，要达到更好的效果，还需要结合土施的方式，尤其结合灌根、穴施、滴灌等方式效果比较更好。
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科学研究发现，没有有机质，就没有肥沃的土壤。有机质对农作物是极其重要的。黑龙江湿地微生物菌剂技术指导
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。几十年前，大量的化肥种植方式致使土壤板结；果蔬不再如较初般绿色纯粹；粮食的成长一季快过一季，农产品的产量越来越高了，却不再吃的安心了，生活越来越好了，却不再吃的尽兴了。至此改变了经济发展与农业发展的桎梏，从化肥、农药、***再到绿色农用生物制品。致力于通过活性菌微生物方案解决土壤板结、环境污染、空气污染、农产品品质下降问题，让大地重回自然！黑龙江湿地微生物菌剂技术指导
