在我们食品微生物检测过程中，除了我们知道要检测的目标微生物之外，往往会出现一些和目标微生物表现不一，但你又想知道它是什么菌属的情况，特别是对于一些生产企业，有时候往往会怀疑是否是因为这个“非目标菌”的存在，从而影响到了产品质量。那怎么去鉴定那些“非目标”微生物呢？又有哪些方法和手段可以采用呢？传统的细菌系统分类，也就是常说的鉴定，通常是通过纯培养分离后从形态学、生理生化反应特征以及免疫学特性（血清学分析）进行鉴定。这也是我们目前国标中常用的鉴定手段，这种方法的优点就是所用试剂简单易得，常规实验室即可展开，经济实用，缺点呢，就是鉴定所需时间较长，且容易判断不准确。用这种方法，要先进行革兰氏染色，从镜检分析其可能的微生物种属，再根据判断结果，按照《伯杰氏手册》上的生化项目进行实验，确定其可能的微生物种属。比如，镜检是革兰氏阳性杆菌，且周围或菌体顶端有芽孢产生，这时候我们就要往芽孢杆菌的方向去进行生理生化鉴定。
病毒的结构简单、寄生性严格,以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。RNA未知病毒筛查诊断
常用的病毒检测方法：常用的病毒检测方法有3种，植物直接测定法、指示植物测定法、血清学方法。前2种方法直观，周期长，准确性较差，且无法快速检测。后者灵敏度髙，获得检测结果快速，是目前检测病毒的较好方法。如采用双抗体夹心酶联免疫吸附测定法（DAS^ELISA)，进行CMV，LSV病毒检测。每种病毒都有相应的病毒试剂和测定方法。经检测，若是无病毒的材料，该组培苗就可以大量扩繁，并大量生产出百合脱毒种球，以满足百合生产的需要。四川新病毒鉴定诊断室内舒适的温度，湿度等环境条件，为各种有害微生物滋生创造了条件.
微生物鉴定方法：首先呢，就是从观察显微镜下甚至光镜下的微生物的的那个细胞的形态，比如说，是球菌，还是杆菌，还是弧菌，还是螺旋菌，这都是可以从微生物的单个细胞形态上区分的。还有就是细胞的形态，比如说是否有鞭毛、芽孢之类的东西，都是微生物鉴别的特征性特征。其次呢就是观察细菌的菌落形态，因为细菌生长繁殖到一定阶段大多都是以菌群的形态存在的，不同的细菌菌落在不同的培养基上的生长情况不同，部分细菌对培养基要求较高，部分培养基能在特定的培养基上生存，通过微生物对不同类型培养基的适应性，可以起到对菌种的有效区分。
微生物检测相关知识：微生物检测涉及多行业和领域，在实验室检测中有着重要的地位。将微生物接到适于它生长繁殖的人工培养基上或活的生物体内的过程叫做接种。划线接种这是常用的接种方法。即在固体培养基表面作来回直线形的移动，就可达到接种的作用。常用的接种工具有接种环，接种针等。在斜面接种和平板划线中就常用此法。三点接种是在研究霉菌形态时常用此法。此法即把少量的微生物接种在平板表面上，成等边三角形的三点，让它各自形成菌落后，来观察、研究它们的形态。除三点外，也有一点或多点进行接种的。由于各种微生物所具有的酶系统不完全相同对许多物质的分解能力亦不一致。
实现病原微生物种类鉴定有哪些技术手段？病原微生物的研究历史不算长。发展至今已经有了成套的检测体系。利用不同类别的微生物有其本身不同于其他微生物的特点，如从培养形态、显微镜观测形态、生物学功能、致病性、生物化学反应、抗原抗体反应、核酸序列等方面，都可以进行相当程度的鉴别。即便如此，依然有很多微生物通过传统技术无法鉴别。高通量测序技术问世，给微生物鉴别打开一扇新的大门。它对核酸进行测序是非特异的，因此，对一无所知的核酸也可以实现鉴别。
病原微生物检测的不可知性,使高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具。随机PCR新病毒筛查要多久
二代测序相较其他微生物鉴别手段,技术层面的差异主要就是无差别。RNA未知病毒筛查诊断
微生物快速检测技术相对于传统检测方法，快速检测方法是指从样品制备到出具检测结果的整个检测过程能够在短时间内完成的检测方法，包括在样品制备、实验准备、操作过程中和自动化上加以简化的方法。目前，国际上对“短时间”的共识主要在于三个方面：1）理化指标的检测分析在2h内完成。2）应用于现场检查的能够在30min内完成。3）与传统方法相比，能够缩短1/2或1/3的时间。微生物快速检测设备方法主要有以下几种：微生物快速测试片技术；免疫检测技术；分子生物检测技术；传感器快速检测技术。
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