系统性红斑狼疮是一类高度异质的自身免疫病的总称，其主要特点为大量抗DNA/RNA自身抗体的出现。这些过量的抗DNA/RNA抗体的出现有许多种可能的解释，其中一种可能的原因是，细胞内部清理垃圾DNA/RNA的自噬途径受阻，导致大量垃圾DNA/RNA累积，直至超过了免疫系统对自身抗原的耐受阈值。对SLE患者的基因多态性分析表明，有一部分患者中Atg5和Atg7产生突变，提示自噬紊乱作为SLE的一种病因的可能性。另一方面，在SLE患者的T细胞中，可观测到自噬普遍上调，这可能是大量免疫原性物质刺激的结果而非原因。许多临床上用于调整SLE的药物都有阻止自噬的作用，例如羟氯喹。这些药物的调整作用，可能有一部分是通过直接阻止树突状细胞中的自噬来影响自身抗原提呈来实现的。由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。自噬可以抑制慢性肝炎或肝硬化向肝病转变，而自噬缺乏则可能会导致肝病发生。福建自噬电镜检测
线粒体受体蛋白包括电压依赖性阴离子通道蛋白1、Mfn1与Mfn2等;自噬受体调节蛋白包括视神经蛋白、核点蛋白52等。自噬受体蛋白通过泛素结合结构域可与微管相关蛋白轻链3(microtubuleassociatedproteinlightchain3，LC3)相互作用。LC3通过其LC3相互作用区域的作用定位于泛素化的线粒体上，使泛素化的线粒体被吞噬泡膜所识别，吞噬泡扩张，将线粒体完全包裹，形成线粒体自噬体，被溶酶体识别吞噬，启动线粒体降解程序，完成线粒体自噬。FUNDC1是线粒体外膜上的一种3次跨膜蛋白，由155个氨基酸构成。FUNDC1发挥功能的基础是位于N端的一段典型的LC3相互作用区域:Y(18)xxL(21)序列。FUNDC1凭借LC3相互作用区域序列的疏水作用与LC3结合，在FUNDC1介导线粒体自噬过程中起关键作用。江西细胞自噬LC3在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。
有研究表明，一种携带TSLC1抑病基因的溶瘤腺病毒可靶向Wnt信号通路使瘤细胞发生细胞自噬、凋亡等从而抑制瘤生长，可延长小鼠模型的生存期，该研究则从基因层面调控了瘤代谢。自噬在肝病的发生的发展中发挥重要作用，但其影响呈双面性。自噬的诱导和抑制在肝病免疫治理中均取得了一定进展，但其作用机制并不完全明确，取决于很多因素，可能和肝病的分化、病程分期等有关。并且，自噬的调控机制在肝病发生的发展的不同阶段可能起到不同的作用，如何调控自噬，减少肝病发生，并且促进细胞进入自噬死亡程序，已经成为瘤预防和治理研究的新热点。
有学者考察了三氧化2砷（ATO）对体内和体外胶质瘤细胞U118-MG的作用，研究发现ATO可通过下调中流组织中存活素的量诱导U118-MG细胞自噬和凋亡，从而发挥抑制中流的作用，其作用抑制与PI3K/Akt通路和激huoMAPK通路相关。DHA还可诱导食管aiEca109和Ec9706细胞LC3-I向LC3-II转变，并且发生细胞凋亡。和厚朴酚可剂量依赖性抑制多形性胶质母细胞DBTRG-05MG细胞活力，诱导DBTRG-05MG细胞自噬和凋亡。槲皮素诱导人神经胶质瘤细胞株U373-MG发生线粒体介导的自噬，诱导LC3-I向LC3-II转化。另外，汉黄芩黄素通过抑制mTOR/P70S6K通路诱导人鼻咽ai自噬，且诱导细胞凋亡。通过融合表达RFP-GFP-LC3B蛋白，可以非常有效地追踪自噬过程。
自噬的功能：(1)饥饿应答时的作用,在不同的如肝脏或在培养细胞中,氨基酸的匮乏会诱导细胞产生自体吞噬,由自体吞噬分解大分子,产生在分解代谢和合成代谢过程中所必须的中间代谢物。(2)在细胞正常活动中的作用,如在动物的非正常发育、老化和分化过程中,自体吞噬负责降解正常的蛋白以重新组建细胞。尽管通常人们认为自体吞噬不具有选择性,但是在某些病理和压力条件下,通过自体吞噬能选择性地隔离某些细胞器,如线粒体、过氧化物酶体等。(3)在某些组织中的特定功能,如黑质的塞梅林神经节中,多巴胺能神经元中的神经黑色素的合成就需要把细胞质中的多巴胺醌用AV包被隔离起来。RFP-GFP-LC3B慢病毒感染细胞后，在非自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B呈现弥散的黄色荧光。安徽自噬GFP-LC3B
自噬在肝病的发生的发展中发挥重要作用，但其影响呈双面性。福建自噬电镜检测
对不同的细胞，自噬的作用可能不同。相同的细胞在不同的外部因素作用时，自噬的作用可能不同。在病变发生的发展的不同阶段，自噬的作用可能不同。病变生长的早期阶段自噬增强，是由于此时病变的血管化作用不足，病细胞的营养供给有限，需要通过自噬为自身提供营养。病变进入发展阶段后基因变异积累，使包括Beclin1在内的众多抑病基因失活，自噬活力降低。对单个细胞和对整个病变阻滞的作用可能不同。自噬功能不全的细胞易于坏死，但是坏死组织产生的细胞因子（包括部分生长因子）反而会促进病变的生长。福建自噬电镜检测
