药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。自噬可影响细胞因子的产生、趋化作用等。山东自噬流的检测
苦参碱也可诱导SGC-7901细胞产生自噬空泡和自噬体，诱导细胞自噬，其机制与苦参碱抑制组织蛋白酶cathepsins运输过程和蛋白酶的活性以及溶酶体蛋白酶活性，上调内涵体/溶酶体的pH值相关。槲皮素可诱导AGS和MKN28细胞凋亡，且通过抑制AktmTOR通路和激huo缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路诱导自噬。研究发现，经蟾蜍灵处理的HT-29和Caco-2细胞，透射电镜超微结构中观察到自噬体的形成，LC3-II、Atg5、Beclin-1蛋白表达上调，ROS产生；应用ROS抗氧化剂，JNK的抑制剂SP600125和干扰JNK2后，发现蟾蜍灵诱导自噬的能力削弱，提示蟾蜍灵诱导结肠ai细胞自噬性死亡的机制可能与ROS的产生和JNK的激huo相关。福建细胞自噬慢病毒包装姜黄素可诱导HUVECs细胞自噬保护内皮细胞的氧化应激损伤。
Tau蛋白是一种微管结合蛋白, 在AD中, Tau蛋白异常磷酸化形成神经纤维缠结。有证据表明, 可溶性Tau蛋白和Tau的聚集体都可以通过自噬进行清chu, 利用3-MA抑制自噬促进Tau聚集体形成会增加神经毒性。反之, 过表达Tau蛋白的果蝇给予自噬激huo剂——雷帕霉素能降低Tau蛋白聚集和神经毒性。Tau的截短突变体TauRDΔK280含有促聚集的 重复结构域, 在引发Tau聚集的过程中发挥“种子”的作用。有趣的是, Tau主要通过巨自噬进行清chu, 而TauRDΔK280则主要通过分子伴侣介导的自噬进行清chu。
线粒体自噬水平降低可以引起或加重心力衰竭。Shires和Gustafsson通过构建不同的心力衰竭模型，证实了线粒体自噬水平降低可加重心脏损伤。另有研究表明，PINK1沉默或敲除的小鼠易受到再灌注损伤及压力负荷过载的影响而导致心力衰竭。另一方面，线粒体自噬水平适度增强有助于心力衰竭患者心肌细胞功能的恢复。He等研究发现，小鼠心肌细胞中Parkin表达上调可促进线粒体自噬并抑制衰老所致的心脏功能障碍，延长寿命。然而，线粒体自噬水平过度增强可导致线粒体大量凋亡，影响细胞能量供给，加速细胞死亡，从而加重心力衰竭。因此，线粒体自噬与心力衰竭的关系取决于线粒体自噬的程度。自噬可清理受损线粒体，从而避免受损线粒体产生大量活性氧对DNA等遗传物质造成损伤进而致病。
HCV相关肝病发生的发展过程中，细胞自噬的作用较为复杂，其促进肝病的机制可能与促进病毒复制及扩散有关，此外还与增加肝病细胞对化疗药物抵抗能力相关。研究表明，自噬形成的双层膜结构可能为HCV翻译提供了场所和原料。HCV非结构蛋白4B(NS4B)与Vps34、Ras相关蛋白5(Rab5,一种小GTP酶家族的成员)结合形成复合物，正向调控自噬发生，但抑制自噬前体形成及自噬溶酶体降解，导致异常蛋白质降解能力减弱，自噬降解能力减弱可导致HCV复制增加，肝细胞内病毒堆积，细胞内脂质堆积，进而肝细胞脂肪变性增加，肝细胞坏死、病变可能增加。自噬在肝病发生中的作用及机制复杂，受到诸多因素调控，但其重要性毋庸置疑，仍需更多的研究探索其机制。浙江细胞自噬慢病毒
噬可以被描述为细胞质内的成分被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体，进而传递到溶酶体进行降解的过程。山东自噬流的检测
目前认为，自噬体的膜不是直接来源于高尔基体或内质网，而是在胞浆中重新生成的，但具体的机制尚不清楚。当beclin-1被活化后，胞浆中先形成比较多个membranesource（自噬体膜发生中心），在它们不断扩展的过程中，VMP1蛋白由内质网和高尔基体转位到自噬体膜上（VMP1又叫TMEM49，已知唯独与自噬有关的跨膜蛋白），同时，MAP1-LC3由胞浆型（即LC3-I）转位到自噬体膜（即LC3-II），LC3这一转变过程可被WesternBlot和荧光显微镜检测到，现已成为监测自噬体形成的推荐方法。UA可引导粒线体的自噬作用，并防止有功能障碍粒线体的累积。在囓齿动物理，UA可经由粒线体引发增进运动能力，这些新的发现建议UA在增进粒线体和肌肉功能方面有医药潜力。山东自噬流的检测
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