在用GFP-LC3B慢病毒ganran细胞后，在非自噬的情况下，荧光显微镜下GFP-LC3B以弥散的形式存在于细胞质中；而在自噬的情况下，荧光显微镜下GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以斑点的形式表现出来(LC3B dots or punctae)。RFP-GFP-LC3B是研载生物研发的重组慢病毒，ganran后能够在靶细胞中有效表达红色荧光蛋白(RFP)、绿色荧光蛋白(GFP)和LC3B的融合蛋白，呈现明亮的红色和绿色荧光，可以用于细胞自噬的检测。自噬小体在与溶酶体融合过程中，溶酶体内的酸性环境会导致GFP荧光淬灭，这为追踪GFP-LC3B的细胞定位增加了难度。分子伴侣介导的自噬：胞质内蛋白结合到分子伴侣后被转运到溶酶体腔中，然后被溶酶体酶消化。辽宁自噬整体实验
酒精性脂肪肝到原发性肝病的发展过程中，细胞自噬起先是被促进的，但后来则转为抑制。在急性乙醇暴露环境下，肝细胞自噬增加，此时自噬作为一种保护机制，清理大量受损线粒体和ROS自由基，促进乙醇代谢等。乙醇被氧化分解代谢主要是通过肝脏乙醇脱氢酶和细胞色素P4502E1催化反应。但在用乙醇处理人肝病细胞的模型中，观察到细胞色素P4502E1抑制了细胞自噬，并促进了脂质堆积，其机制可能是慢性乙醇暴露环境下，长期内质网应激条件下，自噬效应减弱，溶酶体融合、降解自噬小体能力降低，因为内质网含自噬小体形成需要的膜结构和蛋白质。安徽细胞自噬透射电镜自噬即细胞“吃掉自己”的过程，是一种细胞自我降解和循环利用胞内组分的过程。
自噬可以抑制慢性肝炎或肝硬化向肝病转变，而自噬缺乏则可能会导致肝病发生。小鼠饥饿实验中，24h内小鼠肝脏35%的蛋白质经自噬途径降解。Takamura等研究中，ATG5或ATG7基因缺失的6~9月龄小鼠模型发生肝肿大或肝瘤，并且肝病细胞中有大量泛素化蛋白堆积，而正常肝细胞则没有；肝病的发生可能起源于自噬缺失的肝细胞，具体机制可能与线粒体肿胀、p62堆积、氧化应激、DNA损伤反应等有关。此外，在ATG7缺乏的小鼠模型中特异性下调p62表达后，表明p62堆积对肝病发生可能起促进作用。Bao等研究发现，在石蜡包埋的肝病组织切片中发现肝病细胞中有p62蛋白堆积，但周围未发生病变的正常肝细胞中则未发现p62的异常堆积。
自噬是细胞内的一种自食（Self-eating）的现象，自噬和凋亡二者共用相同的刺激因素和调节蛋白，但是诱发阈值和门槛不同，如何转换和协调目前还不清楚。自噬是指膜（目前来源还有争议，大部分表现为双层膜，有时多层或单层）包裹部分胞质和细胞内需降解的细胞器、蛋白质等形成自噬体（autophagosome），结尾与溶酶体融合形成自噬溶酶体（autophagolysosome），降解其所包裹的内容物，以实现细胞稳态和细胞器的更新。线粒体自噬通过自噬降解胞内受损或多余的线粒体，是维持细胞稳态的关键机制之一。自噬异常与多种病理过程如神经退行性疾病、代谢疾病等都有密切关系。
自噬与凋亡合作方式在现有研究报道中较为多见。该种情况下，自噬与凋亡的调控目标都是促进细胞死亡。合作方式分为3种：(1)各自同步引发细胞死亡；(2)一种为主，另一为辅；(3)一方功能缺陷情况下，另一方替补诱导细胞死亡。许多诱导凋亡的刺激常常也会诱导自噬，比如神经酰胺调整乳腺病和结肠病中均发现凋亡与自噬同时上调。在调整T淋巴细胞的临床试验中也发现二者被同时唤醒，药物氯碘喹啉通过扰乱mTOR信号通路诱导白血病细胞和骨髓瘤细胞发生自噬性死亡和凋亡；靶向敲除自噬相关蛋白ATG7或用自噬阻止剂3-甲基腺嘌呤(3-methyladenine,3-MA)会阻止caspase唤醒，减少细胞凋亡；许多情况下，自噬诱导细胞死亡的潜力被凋亡所阻止，但它会在凋亡功能缺陷时发挥关键作用。依托泊苷、毒胡萝卜内酯等处理的凋亡缺陷Bax/Bak−/−的小鼠胚胎成纤维细胞中发现细胞自噬上调，特异性阻止剂阻止自噬后细胞存活率明显上调。上述情况下，自噬和凋亡通过共同作用、互补合作，或替补机制共同引发细胞死亡。大自噬是较为主要的自噬通路，负责将细胞质内物质通过中间双重细胞膜囊泡传输至溶酶体。安徽细胞自噬透射电镜
在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。辽宁自噬整体实验
对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。内质网应激中，自噬通过消化蛋白聚集物和错误折叠蛋白维护内质网功能，限制了内质网应激反应诱发的细胞凋亡。在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。因而在成年小鼠的饥饿期、乳鼠出生后的喂养适应期以及营养剥夺的细胞中，均显示出自噬为细胞存活所必需[11]。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。因此，在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。线粒体自噬是自噬的一种，它能通过清理去极化线粒体减少活性氧簇，达到细胞保护的目的。线粒体自噬甚至可通过减少线粒体外膜通透化(mitochondrialoutermembranepermeabilization,MOMP)和减少细胞色素C和SMAC/DIABLO等线粒体促凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。辽宁自噬整体实验
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