自噬在HBV相关HCC发生的发展中起重要作用，且与HBx关系密切，一项关于携带HBx表达基因的腺病毒载体疫苗的研究表明，该疫苗可使肝病细胞表达HBx，并通过自噬途径诱发增强CD4+T淋巴细胞和CD8+T淋巴细胞的抗瘤免疫效应。有研究表明，肝病的特异性抗原AFP在肝病细胞中抑制细胞自噬和细胞凋亡，进而促进瘤增殖转移，其机制可能是通过PI3K/Akt/mTOR途径。疫苗是预防肝病发生比较经济有效的方式，疫苗都与自噬关系密切，故明确自噬在其中的具体机制可能有益于新疫苗的研发，可能为肝病预防提供潜在的靶点。THC可通过抑制细胞自噬途径改善Hhcy小鼠脑缺血损伤。江苏自噬通路
目前认为，自噬体的膜不是直接来源于高尔基体或内质网，而是在胞浆中重新生成的，但具体的机制尚不清楚。当beclin-1被活化后，胞浆中先形成比较多个membranesource（自噬体膜发生中心），在它们不断扩展的过程中，VMP1蛋白由内质网和高尔基体转位到自噬体膜上（VMP1又叫TMEM49，已知唯独与自噬有关的跨膜蛋白），同时，MAP1-LC3由胞浆型（即LC3-I）转位到自噬体膜（即LC3-II），LC3这一转变过程可被WesternBlot和荧光显微镜检测到，现已成为监测自噬体形成的推荐方法。UA可引导粒线体的自噬作用，并防止有功能障碍粒线体的累积。在囓齿动物理，UA可经由粒线体引发增进运动能力，这些新的发现建议UA在增进粒线体和肌肉功能方面有医药潜力。山西mRFP-GFP-LC3双荧光自噬异钩藤碱可诱导神经细胞自噬。
自噬字面上理解就是自己吃自己，细胞把不用的大分子或是衰老损伤的细胞器分解再利用，有点像可再生能源的意思，但细胞怎么调控这个复杂的过程以及什么时候要自噬，哪些东西要被分解再利用这一系列问题都是科学家一直在探索的问题。先说说什么时候要自噬，目前的观点普遍认为自噬是细胞在应激状态下的自我保护机制，所谓应激，无非就是缺氧，能量缺乏，传染炎症等一些不利于细胞生存的一种情况。这时为了生存，细胞就要分解一些没用或者不是那么重要的物质来保证基本的和重要的代谢功能来保证生存。比如葡萄糖剥夺后两小时内就可以观察到自噬，所以说自噬在真核细胞中还是比较常见的。
药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。针对这一问题，已有临床试验将依维莫司/索拉菲尼/厄洛替尼与自噬阻止剂联用，以达到较大化药效的目的。剧烈运动下的自噬会增加生长因子，从而加速肌肉修复。
GFP-LC3B 融合蛋白不仅能够利用其荧光标签进行检测，还可利用溶酶体对标签蛋白的切割通过 Western blot进行检测。GFP-LC3B 蛋白进入到自噬溶酶体内后 LC3B 部分对溶酶体中的蛋白水解酶较为敏感，较容易被降解。而融合蛋白中的 GFP 部分则对于溶酶体中的蛋白水解酶敏感性较低，不容易被降解。使用GFP 抗体进行 Western blot 检测可能会检测到 GFP-LC3B-I、GFP-LC3B-II 和游离 GFP 标签三个条带，若出现游离 GFP 标签条带则daibiao细胞自噬流活化。此外, 在检测同一细胞样品时还可以使用 LC3B 抗体检测内源性 LC3B-I 向 LC3B-II 转化。自噬能够明显抑制造血干细胞的代谢，能够清理线粒体堆积，保持自我的再生能力。江苏自噬通路
小自噬对维持细胞器大小、细胞膜同态调节器以及细胞在氮限制条件下的存活率至关重要。江苏自噬通路
凋亡相关caspase家族蛋白可与自噬相关蛋白互相影响。caspase-3通过剪切灭活Beclin-1阻止自噬促发凋亡。研究发现凋亡死亡受体通路中DISC可在自噬体膜上组装，应用蛋白酶阻止剂如硼替佐米或溶酶体阻止剂氯喹阻止自噬，会增进DISC形成进一步唤醒caspase-8寡聚化诱导凋亡。T细胞研究中发现caspase-8调控着自噬，caspase-8缺陷或Fas死亡结构域相关蛋白(Fas-associateddeathdomain,FADD)缺陷的T细胞其自噬功能被上调。Furuya等发现Beclin-1可通过提高caspase-9活性而增强凋亡诱导剂诱发的细胞凋亡。江苏自噬通路
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