到目前为止伴随使用自噬晚期抑制剂，通过检测LC3B-I/II 转化是自噬流检测的金指标。当使用自噬晚期抑制剂巴弗洛霉素 A1 (bafilomycin A1, Baf A1)刺激细胞时，细胞内自噬溶酶体降解被抑制，此时观察到的 LC3B-II 的变化jindaibiao自噬小体数量的改变。当细胞自噬流活化后，LC3B-II 的含量会在使用 Baf A1的基础上进一步增加，而当细胞自噬流阻断后, LC3B-II 的含量则不会在使用 Baf A1 的基础上发生改变。除 Baf A1 外，其他一些能提高溶酶体 pH 值的自噬晚期抑制剂也可以用于自噬流的检测。若待检测药物+Baf A1 组 LC3B-II 与jin Baf A1 处理组相比明显增加则daibiao所检测药物可以增加自噬小体或自噬溶酶体的合成。相反，若处理组与对照组相比，LC3B-II 降低则daibiao处理药物减少自噬小体的合成。在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。西安细胞自噬透射电镜
微管相关蛋白1轻链3(LC3／Atg8)是自噬体膜上的标记蛋白。细胞内存在两种形式的LC3蛋白，LC3-Ⅰ和LC3-Ⅱ。细胞内新合成的LC3其C端被Atg4蛋白酶剪切，成为胞质可溶形式的LC3-Ⅰ。当自噬体形成后，LC3-Ⅰ经剪切和泛素化加工修饰。与自噬体膜表面的磷脂酰乙醇胺(PE)偶联，成为膜结合形式的LC3-Ⅱ并定位于自噬体内膜和外膜,因此LC3-Ⅱ/Ⅰ比值的大小可以估计自噬水平的高低。
除了LC3，自噬体膜上标志性蛋白质还有Atg12-Atg5结合体。Atg12和Atg5在翻译后就像单个分子一样共价结合在一起，它定位在自噬体双层隔离膜的整个延长阶段。 西安细胞自噬透射电镜效表达红色荧光蛋白、绿色荧光蛋白和LC3B的融合蛋白，呈现明亮的红色和绿色荧光，可以用于细胞自噬的检测。
溶酶体的作用还包括对细胞内物质的消化，溶酶体能消化分解经胞吞作用摄入细胞内的各种物质和细胞内衰亡或损伤的各种细胞器等。吞噬性溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，可以被分解为简单物质。例如，能将蛋白质分解为二肽或游离氨基酸；把核酸分解为核苷和磷酸；使碳水化合物分解为寡糖类或单糖；将中性脂肪分解为甘油和脂肪酸等。这些被分解而生成的可溶性小分子物质，能透过溶酶体体膜进入细胞质基质，重新参与细胞的物质代谢，一些未被完全消化的物质残留下来，形成残余小体。
系统性红斑狼疮是一类高度异质的自身免疫病的总称，其主要特点为大量抗DNA/RNA自身抗体的出现。这些过量的抗DNA/RNA抗体的出现有许多种可能的解释，其中一种可能的原因是，细胞内部清理垃圾DNA/RNA的自噬途径受阻，导致大量垃圾DNA/RNA累积，直至超过了免疫系统对自身抗原的耐受阈值。对SLE患者的基因多态性分析表明，有一部分患者中Atg5和Atg7产生突变，提示自噬紊乱作为SLE的一种病因的可能性。另一方面，在SLE患者的T细胞中，可观测到自噬普遍上调，这可能是大量免疫原性物质刺激的结果而非原因。许多临床上用于调整SLE的药物都有阻止自噬的作用，例如羟氯喹。这些药物的调整作用，可能有一部分是通过直接阻止树突状细胞中的自噬来影响自身抗原提呈来实现的。由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。自噬为细胞的再生和修复提供原料，实现细胞内物质的循环利用。
NIX招募Atg8蛋白家族启动线粒体自噬:NIX/Bnip3可以通过其N端的WXXL序列与Atg8蛋白家族成员相结合诱导线粒体自噬。与Parkin类似，NIX/Bnip3也存在正反馈调节。NIX氨基结构域上的Leu17与Bnip3蛋白的Ser17和Ser24磷酸化，可以促进NIX/Bnip3与LC3的相互作用，但磷酸化的具体机制目前尚未阐明。NIX/Bnip3竞争性结合Bcl-2介导线粒体自噬:NIX/Bnip3含有BH3结构域，可与Bcl-2/Bcl-xL结合。当细胞缺氧时，NIX/Bnip3大量表达，可以与Beclin竞争性结合Bcl-2/Bcl-xL，从而导致Beclin游离。游离的Beclin与多种蛋白质形成Ⅲ型磷脂酰肌醇-3-激酶复合体，该复合体蛋白可以激huoAtg5，从而激huo线粒体自噬。这是NIX引起线粒体自噬的另外两个假说。而在自噬的情况下，荧光显微镜下GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以斑点的形式表现出来(LC3B dots or punctae)。西安细胞自噬透射电镜
自噬是一个动态过程, jin检测自噬小体形成及LC3点状聚集等指标无法体现有效的自噬活化。西安细胞自噬透射电镜
虽然自噬促进剂和自噬阻止剂在临床应用中有广阔的前景，但许多分子存在特异性不足的问题，限制了它们的实际应用。例如，mTOR作为细胞中的一个重要的能量感受器，调控自噬只是其下游众多信号通路中的一个，故而，旨在改变自噬水平的mTOR阻止剂/激动剂，存在许多可能不利于总体疗效的副作用，这限制了雷帕霉素在调整神经退行性疾病中的应用。又例如，氯喹或羟氯喹可以通过扰乱溶酶体功能阻止自噬，增强化疗药物的作用，但其免疫阻止作用有可能不利于总体的抗病效果。西安细胞自噬透射电镜
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