药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。针对这一问题，已有临床试验将依维莫司/索拉菲尼/厄洛替尼与自噬阻止剂联用，以达到较大化药效的目的。LC3是酵母自噬关键蛋白ATG8在哺乳动物中的同源蛋白。安徽细胞自噬GFP-LC3B
PD是另一种中老年常见的神经退行性疾病, 表现为静息震颤、动作迟缓、肌肉僵硬以及步态不稳。目前知道, 至少6种基因突变会导致家族遗传PD, 这些蛋白包括α-synuclein、Parkin、UCH-L1、PINK-1、DJ-1以及LRRK2。细胞中α-synuclein聚集形成包涵体又称为Lewy小体是其典型的病理改变。α-synuclein可通过泛素-蛋白酶体途径、分子伴侣介导的自噬以及巨自噬等多种途径进行降解。与野生型α-synuclein蛋白相比, A30P和A53T突变体与溶酶 体膜蛋白LAMP-2A相互作用增强, 从而抑制分子 伴侣介导的自噬。野生型和突变型α-synuclein均能诱导巨自噬活化作为代偿机制, 当这种代偿失衡时, α-synuclein形成聚集体, 对细胞产生毒性作用。辽宁细胞自噬Atg5THC可通过抑制细胞自噬途径改善Hhcy小鼠脑缺血损伤。
自噬过程的调控：自噬这一过程一旦启动，必须在度过危机后适时停止，否则，其非特异性捕获胞浆成分的特性将导致细胞发生不可逆的损伤。这也提醒我们在研究自噬时一定要动态观察，任何横断面的研究结果都不足以评价自噬的活性。目前，已经报告了许多因素能诱导细胞发生自噬，如饥饿、生长因子缺乏、微生物传染、细胞器损伤、蛋白质折叠错误或聚集、DNA损伤、放疗、化疗等等，这么多刺激信号如何传递的、哪些自噬蛋白接受信号、又有哪些自噬蛋白去执行等许多问题都还在等待进一步解答中。关于传递自噬信号的通路目前比较肯定的有：阻止类ClassIPI3Kpathway（PI-phosphatidylinositol，磷脂酰肌醇）与IRS(Insulinreceptorsubstrate)结合，接受胰岛素受体传来的信号（血糖水平高阻止自噬）。
自噬的特性：自噬是细胞消化掉自身的一部分，即self-eating，初一看似乎对细胞不利。事实上，细胞正常情况下比较少发生自噬，除非有诱发因素的存在。这些诱发因素许多，也是研究的热门。既有来自于细胞外的（如外界中的营养成分、缺血缺氧、生长因子的浓度等），也有细胞内的（代谢压力、衰老或破损的细胞器、折叠错误或聚集的蛋白质等）。由于这些因素的经常性存在，因此，细胞保持了一种比较低的、基础的自噬活性以维持自稳。自噬过程比较快，被诱导后8min即可观察到自噬体（autophagosome）形成，2h后自噬溶酶体（autolysosome）基本降解消失。这有利于细胞快速适应恶劣环境。心肌细胞在再灌注期的细胞自噬增强，此时由于细胞自噬引发的过量死亡，会导致细胞损伤加重。
自噬在病变发生的不同阶段扮演了完全不同的角色。作为正常细胞生命活动所必需的一种过程，自噬水平低下可导致细胞病变。例如，在胃病和结肠病等病变细胞中，经常可观察到和Beclin-1密切相关的蛋白BIF-1突变或缺失，而Beclin-1是自噬信号通路中的一种关键蛋白。在小鼠模型中，敲除自噬相关蛋白Atg7和Atg5可诱发肝病。进一步研究表明，自噬可以清理受损线粒体，从而避免受损线粒体产生大量活性氧，而活性氧可以对DNA等遗传物质造成损伤进而致病。从这个角度来说，在一些病变发生的早期，促进自噬可能是一条可行的抗病变途径。细胞自噬过程的功能紊乱与多种疾病相关，包括病症、糖尿病和神经退行性疾病等。广州自噬小体
白藜芦醇可诱导HUVEC细胞自噬，发挥对心血管系统的保护作用。安徽细胞自噬GFP-LC3B
有学者考察了三氧化2砷（ATO）对体内和体外胶质瘤细胞U118-MG的作用，研究发现ATO可通过下调中流组织中存活素的量诱导U118-MG细胞自噬和凋亡，从而发挥抑制中流的作用，其作用抑制与PI3K/Akt通路和激huoMAPK通路相关。DHA还可诱导食管aiEca109和Ec9706细胞LC3-I向LC3-II转变，并且发生细胞凋亡。和厚朴酚可剂量依赖性抑制多形性胶质母细胞DBTRG-05MG细胞活力，诱导DBTRG-05MG细胞自噬和凋亡。槲皮素诱导人神经胶质瘤细胞株U373-MG发生线粒体介导的自噬，诱导LC3-I向LC3-II转化。另外，汉黄芩黄素通过抑制mTOR/P70S6K通路诱导人鼻咽ai自噬，且诱导细胞凋亡。安徽细胞自噬GFP-LC3B
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