溶酶体的作用还包括对细胞内物质的消化，溶酶体能消化分解经胞吞作用摄入细胞内的各种物质和细胞内衰亡或损伤的各种细胞器等。吞噬性溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，可以被分解为简单物质。例如，能将蛋白质分解为二肽或游离氨基酸；把核酸分解为核苷和磷酸；使碳水化合物分解为寡糖类或单糖；将中性脂肪分解为甘油和脂肪酸等。这些被分解而生成的可溶性小分子物质，能透过溶酶体体膜进入细胞质基质，重新参与细胞的物质代谢，一些未被完全消化的物质残留下来，形成残余小体。在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。浙江细胞自噬透射电镜
自噬是一个吞噬自身细胞质蛋白或细胞器并使其包被进入囊泡，并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解其所包裹的内容物的过程，借此实现细胞本身的代谢需要和某些细胞器的更新。自噬在机体的生理和病理过程中都能见到，其所起的作用是正面还是负面的尚未完全阐明，对病变的研究尤其如此，值得关注。自噬（autophagy）是由Ashford和Porter在发现细胞内有“自己吃自己”的现象后提出的，是指从粗面内质网的无核糖体附着区脱落的双层膜包裹部分胞质和细胞内需降解的细胞器、蛋白质等成分形成自噬体（autophagosome），并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解其所包裹的内容物，以实现细胞本身的代谢需要和某些细胞器的更新。浙江细胞自噬透射电镜异钩藤碱可诱导神经细胞自噬。
自噬在古希腊语中是“自(auto)食(phagy)”。它是一种保守的细胞自我降解方式，是将受损细胞器及大分子物质通过溶酶体降解再利用的过程。基础水平的自噬是维持细胞稳态所必需的，同时自噬参与**老、分化及发育、免疫及清理微生物、病变等疾病的病理生理过程。根据结合分子的方式，自噬分为：巨自噬(macroautophagy)、微小自噬(microautophagy)和伴侣分子介导的自噬(chaperone-mediatedautophagy,CMA)。其中巨自噬研究得较多，本文所论述的自噬即指巨自噬。
线粒体受体蛋白包括电压依赖性阴离子通道蛋白1、Mfn1与Mfn2等;自噬受体调节蛋白包括视神经蛋白、核点蛋白52等。自噬受体蛋白通过泛素结合结构域可与微管相关蛋白轻链3(microtubuleassociatedproteinlightchain3，LC3)相互作用。LC3通过其LC3相互作用区域的作用定位于泛素化的线粒体上，使泛素化的线粒体被吞噬泡膜所识别，吞噬泡扩张，将线粒体完全包裹，形成线粒体自噬体，被溶酶体识别吞噬，启动线粒体降解程序，完成线粒体自噬。FUNDC1是线粒体外膜上的一种3次跨膜蛋白，由155个氨基酸构成。FUNDC1发挥功能的基础是位于N端的一段典型的LC3相互作用区域:Y(18)xxL(21)序列。FUNDC1凭借LC3相互作用区域序列的疏水作用与LC3结合，在FUNDC1介导线粒体自噬过程中起关键作用。明确自噬的具体机制可有益于新疫苗的研发，可为肝病预防提供潜在的靶点。
自噬阻止剂可以通过阻止自噬通路中的某种蛋白来实现阻止自噬，也可以通过直接扰乱溶酶体功能来阻止自噬，因为溶酶体是自噬完成的关键场所。氯喹和羟氯喹是两种临床中常用的药物，较早它们被用于调整疟疾，后来又发现其对SLE等病有效，它们都是通过降低溶酶体酸性、扰乱溶酶体功能来阻止自噬的。这些分子现在也在临床实验中与化疗药物联用以降低耐药性。解决特异性不足的一个未来的研究方向，是针对特异性更高的靶点（即该蛋白只存在于自噬通路中）开发阻止剂/激动剂。另外，针对系统性的脱靶效应，可以通过靶向递送的方式将脱靶效应降至较低，例如将自噬阻止剂与化疗药物连接在同一个靶向到病变的药物载体上，使其只影响病变中的自噬水平而不干扰免疫系统。自噬在细菌与病原体入侵时产生的免疫防御中起到关键作用。黑龙江细胞自噬
分子伴侣介导的自噬发生在许多组织中，主要功能有长期饥饿时为细胞供能，调节代谢通路，清理无用蛋白质等。浙江细胞自噬透射电镜
在活性氧类(reactiveoxygenspecies，ROS)、营养缺乏、细胞衰老、缺氧和缺血等刺激下，细胞内线粒体受损，线粒体形态和功能发生改变，因此被自噬蛋白特异性包裹并被溶酶体降解。在心脏缺血缺氧性疾病、高xue压及大血管疾病中，线粒体自噬可以修复因缺氧、缺血及损伤等所致的线粒体结构和功能的改变。心肌细胞的正常工作需要线粒体的氧化功能，适当的线粒体自噬对心肌细胞具有保护作用，然而过度的线粒体自噬则会导致细胞内线粒体过度清chu，影响线粒体的氧化功能，从而导致心肌细胞无法正常工作，进而加重心肌细胞损害。浙江细胞自噬透射电镜
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