miRNA逆转录茎环法:首先需要进行RNA样品制备,可选的方法有:离心柱法抽提(不必去除gDNA);传统Trizol法抽提(需要去除gDNA)。miRNA正向引物:需要分别设计。是否采用通用引物视情况而定,正向引物与通用反向引物不会形成二聚体时才能用。取200ul的PCR管,根据所得每组RNA的浓度C,每孔加入1000ng总RNA,按公式1000ng/C计算出所需RNA的体积x。然后按建议的20μL反应体系说明,依次向200μL的PCR管内加入下列试剂:加样结束后,移液器吹打混匀,低速离心数秒。将逆转录PCR管放入PCR扩增仪内,调整参数:37℃15min(反转录反应),85℃5s(反转录酶的失活反应),4℃∞。反应结束后根据实验需要进行荧光定量PCR或放入-20℃冰箱保存。说明:此处可以选择U6下游引物作为U6的逆转录引物,注意相应地调整无酶水的体积和反应温度。逆转录是2代测序、单细胞测序等技术的前置步骤。苏州一体化逆转录酶试剂研发
逆转录是指以RNA为模板合成与其互补的cDNA的过程。逆转录PCR是将RNA的逆转录(reversetranscription)和cDNA的聚合酶链式反应(PCR)相结合的技术,故逆转录称为RT-PCR或反转录PCR。逆转录PCR实验原理是,提取组织或细胞中的总RNA,以RNA为模板,利用逆转录酶反转录成cDNA,再以cDNA链为模板进行PCR扩增,从而获得大量拷贝。逆转录PCR的出现使RNA检测的灵敏性提高了几个数量级,使一些极为微量RNA样品分析成为可能。RNA逆转录实验注意事项:选择合适的引物:随机引物法逆转录产生的片段较小,很难得到全长转录本的cDNA。单独选择某一种引物,实验可能都不完美,具体需要根据实验目的来确定。苏州一体化逆转录酶试剂研发逆转录酶还有DNA内切酶活性,这可能与病毒基因整合到宿主细胞染色体DNA中有关。
逆转录酶的质量控制:1.切口酶:在与200单位酶37oC保温60分钟后,超螺旋质粒保留在90%以上。2.DNase测定:200单位酶与50ng3H-DNA37oC保温60分钟,分解出的放射性低于1%。3.RNase测定:200单位酶与50ng3H-RNA37oC保温60分钟,分解出的放射性低于3%。4.首先链cDNA的反应:在标准化的反应中,200单位酶催化从1mg1.2kbRNA或1mg7.5kbRNA将同位素掺入到cDNA中,通过放射自显影,对于1.2kb的RNA,产物cDNA是单一的、全长的条带。对于7.5kb的RNA产物有部分是全长的条带。用这二种RNA放射性转换到cDNA中有12%。5.RNaseH活性:200单位酶与polyA:polydT37oC保温60分钟,释放出的放射性要低于1%。
RT-PCR就是逆转录PCR或称为反转录PCR(Reversetranscription-PCR,RT-PCR),是以RNA为材料应用于PCR扩增中的一种实验方法。首先通过逆转录酶将总RNA或信使RNA(mRNA)转录成互补DNA(cDNA)。其次TaqDNA聚合酶以cDNA为模板进行qPCR扩增。RT-PCR已被普遍应用于多种分子生物学应用中,包括基因表达分析、基因测试、RNA干扰验证检测、微阵列验证、病原体检测和疾病研究。RT-PCR的方法之一步法和两步法:RT-PCR其操作方法分为两种,即一步法和两步法。一步法RT-PCR,逆转录同PCR扩增结合在一起,即cDNA合成与PCR扩增反应在同一管Buffer及酶中进行,一步完成。两步法RT-PCR,RNA首先在反转录酶的作用下生成cDNA,再以cDNA为模板进行PCR扩增,分成两步进行。逆转录实验避免RNA样品的过冻、过热处理,影响逆转录反应的效果。
逆转录实验过程中要注意RNA样品的保存、纯化、处理和转录酶的选择,逆转录实验前要对反应体系进行无RNA和无反转录酶的对照。多逆转录酶都具有多种酶活性,主要包括以下几种活性。①RNA指导的DNA聚合酶活性;以RNA为模板,催化dNTP聚合成DNA的过程。此酶需要RNA为引物,多为色氨酸的tRNA,在引物tRNA3′-末端以5′→3′方向合成DNA。反转录酶中不具有3′→5′外切酶活性,因此没有校正功能,所以由反转录酶催化合成的DNA出错率比较高。②RNaseH活性;由反转录酶催化合成的cDNA与模板RNA形成的杂交分子,将由RNaseH从RNA5′端水解掉RNA分子。逆转录是许多病毒复制中必不可少的步骤。常州彩色反转录
逆转录实验时要记录反应体系的温度、时间、反应试剂的添加量等参数。苏州一体化逆转录酶试剂研发
加尾法逆转录的较大特点在于:对于抽提纯化的miRNA,进行无差别加尾。因此,如果用户需要对样本中的多个miRNA进行考察,一次逆转录即可完成对所有qPCR模板的制备。qPCR引物方面,miRNA以及内参的反向引物都是通用引物R,不同的只是正向引物。因此在设计加尾法miRNA的qPCR引物时,只需设计特异性正向引物即可,正向引物的特异性直接决定了实验结果的好坏。总之,加尾法适合对样本中多个miRNA的快速检测。引物设计简单,但有非特异性的风险。由于其特殊的加PolyA机制,因此miRNA加尾法逆转录是无法只通过常规的mRNA逆转录试剂盒完成的。苏州一体化逆转录酶试剂研发