逆转录常见问题及解决方法之RNA浓度不高：a)、原始组织样本或细胞量太少:提高加入量。b)、RNA发生降解:如果使用者确定提取RNA的试剂/器具没有问题，RNA的降解通常发生在样品破碎/匀浆阶段。有两个办法可以彻底抑制内源RNase活性:1.立即加入裂解液并且彻底而迅速地匀浆。这只适合培养细胞及内源RNase含量较低的并且较容易匀浆的组织，2.对于内源RNase含量高或不易匀浆的组织，如肝脏、胰腺、脾脏、肌肉等，或植物组织，需要切成小块后立即投入液氮冷冻，再按说明进行破碎/匀浆。c)、加入异丙醇后室温沉淀10min或-20C冰沉淀30min即可，无需过夜沉淀。逆转录酶还有DNA内切酶活性，这可能与病毒基因整合到宿主细胞染色体DNA中有关。北京快速反转录
加尾法逆转录的较大特点在于：对于抽提纯化的miRNA，进行无差别加尾。因此，如果用户需要对样本中的多个miRNA进行考察，一次逆转录即可完成对所有qPCR模板的制备。qPCR引物方面，miRNA以及内参的反向引物都是通用引物R，不同的只是正向引物。因此在设计加尾法miRNA的qPCR引物时，只需设计特异性正向引物即可，正向引物的特异性直接决定了实验结果的好坏。总之，加尾法适合对样本中多个miRNA的快速检测。引物设计简单，但有非特异性的风险。由于其特殊的加PolyA机制，因此miRNA加尾法逆转录是无法只通过常规的mRNA逆转录试剂盒完成的。北京快速反转录实时荧光PCR检测需要经过逆转录反应。
RT-PCR逆转录中模板的选择：在RT-PCR实验中，选择总RNA或纯化的mRNA作为模板进行逆转录十分重要。mRNA虽然能提供略高的灵敏度，但总RNA经常使用，具有较mRNA更重要的优势。首先，其过程需要较少的纯化流程，这保证了更好的回收模板和更好的把结果标准化为起始的细胞数。第二，避免mRNA富集步骤，为了避免不同mRNA的回收率而带来结果偏移的可能性。总之，在大多数的应用中，目标基因的相对定量比检测的非常灵敏度更重要，因此在多数情况下，总RNA更适用。
反转录酶的注意事项，在进行RT反应之前，应考虑以下几个方面：RNA：成功的cDNA合成来自高质量的RNA，高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂，如EDTA或SDS。在提取RNA的过程中，要特别防止RNase的污染，同时在逆转录反应中经常加入RNase抑制剂以增加cDNA合成的长度和产量。RNase抑制剂要在首先链cDNA合成反应中，在缓冲液和还原剂（如DTT）存在的条件下加入，因为cDNA合成前的过程会使抑制剂变性，从而释放结合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制剂只防止RNaseA，B，C对RNA的降解，并不能防止皮肤上的RNase，因此尽管使用了这些抑制剂，也要小心不要从手指上引入RNase，实验过程中经常更换新手套。逆转录实验过程中要使用干燥无菌的管头和标本采集器避免受外界污染。
逆转录实验过程中要注意RNA样品的保存、纯化、处理和转录酶的选择，逆转录实验前要对反应体系进行无RNA和无反转录酶的对照。多逆转录酶都具有多种酶活性，主要包括以下几种活性。①RNA指导的DNA聚合酶活性；以RNA为模板，催化dNTP聚合成DNA的过程。此酶需要RNA为引物，多为色氨酸的tRNA，在引物tRNA3′－末端以5′→3′方向合成DNA。反转录酶中不具有3′→5′外切酶活性，因此没有校正功能，所以由反转录酶催化合成的DNA出错率比较高。②RNaseH活性；由反转录酶催化合成的cDNA与模板RNA形成的杂交分子，将由RNaseH从RNA5′端水解掉RNA分子。逆转录实验前应反复检查所有试剂盒的有效期和使用条件。南京茎环法逆转录试剂生产商
逆转录实验时要记录反应体系的温度、时间、反应试剂的添加量等参数。北京快速反转录
逆转录PCR的用途普遍，可用于分析基因的转录产物、检测细胞中RNA病毒的含量、合成cDNA探针、直接克隆特定基因的cDNA序列等。如在临床上RT-PCR可以用于遗传病诊断、病症检测、检测病人标本中的RNA病毒，如HAV、HCR、HIV等。在植物方面RT-PCR常用于研究环境胁迫对植物基因表达的影响，以及在特定的环境或生长阶段中植物体不同部位基因表达的差异性。使用RT-PCR检测分析RNA转录产物具有以下突出的优点：理论上可以检测几乎任何基因的转录产物；可以实现极为微量RNA样品（ng级别）的检测；样品耐受性好，未经纯化的粗制生物样品也可以用于检测。北京快速反转录
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