杭州RNA测序平台

单细胞测序实验再样本细胞上机分选签，需要对细胞数量、细胞活性进行准确判断，这对Single Cell分选标记、建库、下机数据的质量都具有着决定性的作用。如若细胞计数偏高，将会影响建库的成功率；计数偏低，则会显著提高双细胞的比例；而细胞活率过低，就会使测序数据的利用率大打折扣，因此把好单细胞悬液质量这一关尤为重要。而在铺板过程中，由于不同操作人员手法具有不可避免的差异，不同的液体流速将直接影响单细胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody单细胞分选平台配套了专门定制的电动移液器，其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多种操作模式，来对应各种不同的操作。通过已经设定的程序来控制液体的流速，大幅度降低人为操作习惯带来的差异，保证实验操作的一致性。烈冰斥巨资引进Novaseq6000，开启更大通量测序新纪元。杭州RNA测序平台

多样本数据合并：Fraction of Reads Kept：合并样本时，各样本根据Mapped Barcoded Reads per Cell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深入解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！南京全转录组测序技术支持烈冰智造PanoCell单细胞捕获，媲美国际主流的单细胞平台。

当下，单细胞测序已经广泛应用于多种疾病发展过程中的关键过程和事件，如疾病从轻症病变向恶性的转化、恶性向转移病变的发展，以及疾病对多种药物的反应等等。单细胞测序技术作为一个需要将组织解离成为单细胞悬液，或者是采用细胞核捕获的策略捕获单细胞核，进而对于每一个单细胞或者细胞核进行测序得到结果的技术，其空间定位信息是丢失的。这就衍生出了一个问题就是如果单细胞A与B并不出现在一个组织区域中他们会互相影响或者转化么？免疫研究中，两个具有非常强的PDL1-PD1的配对关系的细胞在组织切片上风马牛不相及，这样PDL1-PD1的关系会生效么？

什么是染色质可及性？ 正常情况下，DNA与核小体缠绕折叠在一起形成染色质，但是DNA的复制、转录都是需要将染色体的高级结构解开的，然而解压并不需要将整个染色体全部打开，而只需要打开一部分，即需要表达基因的区域。这部分打开的染色质，就叫开放染色质（open chromatin）。打开染色质，允许部分调控蛋白（比如转录因子和辅因子）过来与之相结合的特性，即染色质的可及性（chromatin accessibility）。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing），即利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术，通俗来说就是将携带测序信息的转座酶等插入开放性染色质中进行识别，进一步通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘相关基因信息，以探究生物学相关问题。与ScRNA-Seq类似，ScATAC-seq也是在ATAC-Seq的基础上，解决不同细胞群体的异质性的问题，检出混杂样品测序所无法得到的异质性信息。全线搭建10x Genomics单细胞测序平台。

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，可实现零代码操作、简单方便：单细胞浏览器的操作简单，不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行，即使生信0基础用户也可以运用自如；可视化展示海量结果文件：可视化展示Cluster的基因数，UMI数量、线粒体RNA占比信息；以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等；3D立体展示，文章动图先人一步：单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示，更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。高通量测序技术是对传统测序一次翻天覆地的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。北京BD VDJ测序技术支持

烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。杭州RNA测序平台

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术，突破传统高通量测序的局限性，组织解离后，单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞， 基于每个细胞分别建库测序，获得单个细胞的基因结构和基因表达状态，并鉴定细胞的类型，可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较，反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10X Genomics Chromium X平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获，系统实现16个通道同时运行，每个通道可捕获2000-20000个细胞（不混样），并支持原Chromium Controller体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验，可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。杭州RNA测序平台

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