所谓的高通量测序技术，又名大规模平行测序，是将DNA（或者cDNA）随机片段化、加接头，制备测序文库，通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应，检测对应的信号并获取序列信息。与传统测序法相比，高通量测序技术在处理大规模样品时具有强大的优势，又快（两天）又多（数百万克隆），成为目前组学研究的主要技术。空间转录组测序是一个系统的工程，开展项目前您可能会先评估它提供的见解是否与您的研究问题相匹配，如果匹配，实验过程如何规划，实验平台如何选择，样本如何制备，数据如何分析等等，而在这一切开始之前，我们的服务就已经开始了，从销售到实验到专业技术支持，我们开通全线对接渠道，帮助您快速定位项目诉...

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验，已...

当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时，通过透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。Visium空间转录组的重点在于芯片部分：正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mmX6.5mm，可以检测4个样本）每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点（barcodedspots）每个spot直径55μm，每个spot能捕获1-10个细胞spot与spot中...

细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构，无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题，通过记录组织切片细胞的空间信息，捕获组织切片中的组织学信息；通过免疫荧光进行蛋白组检测，将基因表达谱映射回组织样本中的原始位置，同时获得细胞/基因的空间表达特异性。该技术可以为神经科学，发育生物学，免疫生理学等领域的研究提供组织和基因表达情况的新视角。烈冰开展了空间转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案。上海烈冰科技空间转录组测序服务已发表的关于空间转录组技术有Sli...

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。南京烈冰空间转录组数...

单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析，可精确地描述每一个细胞的状态，在异质性发育过程中具有不可忽视的应用价值。然而，单细胞测序无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息，对于揭示发育过程、病理微环境都存在很大的局限性。空间转录组测序以点阵形式记录病理切片细胞的空间信息并进行测序，可以精确指示点阵内的全部基因表达情况。空间转录组测序的加入，无疑让单细胞测序如虎添翼，更精确地勾勒了组织水平的异质性。空间转录组测序机构，请认准上海烈冰生物科技。苏州BD空间转录组多组学测序空间转录组数据可以用单细胞转录组数据的分析策略进行分析，例如，利用GO和Pathway分析筛选不同发育时期特定空间区域内的...

空间转录组测序在病理学中，通过添加基因表达维度，得出形态学结论，通过观察基因表达区域，了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学，研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征；免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析； 在神经科学，研究大脑皮层层状组织解析，揭示大脑皮层的结构-功能关系，正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层； 在发育生物学，通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征，解析组织中与形态形成相关基因；丰富基因表达的空间注释信息，创建组织发育的空间细胞图谱。测序可准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记（SNPs或SSR）...

生命科学研究的目的之一就是为了解决细胞和组织以及该组织如何影响功能这一难题。测序技术可提供特定条件下某些 组织中基因的表达信息，不仅可以推断出相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制，而且可以辨别细胞的类型和异质性，为疾病诊断提供理论依据。但由于研究的深入或具体研究方向和内容的不同，传统的转录组测序技术显然不能够满足科研工作者们强烈的好奇心，更加直观地反映组织中基因的表达情况，随即单细胞转录组测序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空间转录组（Spatial transcriptomics，ST）测序等一系列技术应运而生。附加流式分选细胞表面Ma...

烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控，做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务，助力高分文章发表；专业实验团队保证样本的高度一致性；专业的生物学团队提供个性化的产品应用场景解读、保持对生物学意义的关注；强大的生信分析团队一对一地进行详实科学的实验方案设计并提供多次售后分析；可接受样品类别为冰冻组织:新鲜样本经液氮预冷的异戊烷速冻，-80℃保存OCT包埋组织:新鲜组织异戊烷速冻后进行OCT包埋，或新鲜组织直接OCT包埋后-80℃速冻,注意标明样本方向，样本于-80℃保存样本处理和运输过程需要在低温环境烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。上海烈冰空间转录组商...

作为2019年的明星技术之一，10x Genomics单细胞测序凭借其高通量、低成本、易操作、稳定性高等优势一直保持着高热度，目前利用该平台发表的文章已达500多篇。空间转录组技术优势：实现基因表达数据与空间定位信息的结合，解析多种类型组织切片样本中基因表达谱；无需组织解离，保留组织结构及细胞微环境，鉴定异质性组织中细胞类型，避免相关偏好性；可用于挖掘新的组织生物标记物；可与现行实验室组织分析方法轻松对接，短时间内即可完成切片及文库制备流程。深度的空间转录组测序数据解读助力生物健康医疗时代。北京BD Rhapsody空间转录组技术支持为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织...

相比于常规的测序手段，空间转录组测序有几个明显的优势：1.将转录组信息与空间信息对应，体现组织内部的异质性：每个区域独特的条形码使测序结果与空间位置形成一一对应关系。虽然暂时还无法精细到单细胞层面，但是这样的区域划分也已经足以展现出组织内部不同区域间的转录组差异。2.不影响对全组织进行分析：芯片上捕获的全转录组在同一个反应中完成测序，能有效降低多次重复实验中的误差。测序结果如果不按照条形码归类，则直接体现的是切片全组织的转录组情况，无需再做单独检测。3.为进一步的研究提供指导意见：常规的转录组测序，对后续实验的指导仍然停留在全组织层面。而空间转录组测序则可以标识出更有价值的研究区域，引导研究者...

10XVisium的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：A、切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建：以捕获的RNA为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。D、高通量上机测序：对制备...

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，针对庞大的单细胞测序数据，能够实现细胞类型鉴定的快、精、准：一键导入genelist构建个性化基因列表；轻松一点即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的颜色和名称助力高效鉴定细胞类型；一键获得t-SNE图、Heatmap和Violin图：轻松获得并下载基因表达的t-SNE图、Heatmap、Violin图，还可以通过调节宽、高和系数比例来调节美观。平台上线300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，帮助烈冰生信分析团队和自主分析用户实现分析工具和模板的快速调用和一站式全流程自动...

10x Genomics空间转录组测序技术通过将组织切片的高通量mRNA分析和形态学背景整合，使基因表达谱可以被定位回它们的原始空间位置。传统的空间转录组测序技术局限于冰冻组织切片。10x Genomics推出全新的针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案，该技术打破从FFPE组织样本中获取空间全部转录组基因表达信息的壁垒，能够从FFPE样本中获取高灵敏度、高特异性的相关基因的表达信息，在形态学背景下实现真正的探索发现，进一步扩展空间生物学的可能性。烈冰空间转录组，多平台任意选择，随心组合，优化您的科学研究，助力探索新的科学视角。合肥烈冰生物空间转录组多组学测序生命科学研究的目的之一...

烈冰生物已空间转录组测序服务提供从一个组织切片样本中获取包括空间信息在内的全部转录组数据，从而可以区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达。其可以检测组织样本中的所有基因活动，并绘制活动发生的位置，这将有助于科学家更好地构建生物图谱，并进一步理解疾病和生物学过程。目前，空间转录组主要应用于多种疾病、免疫、发育、神经和病理学等研究领域。烈冰生物具有专业的实验团队、丰富的切片经验，配置了国际主流的仪器设备，实验团队针对不同组织类型优化完善实验方案，并制定了严谨规范的实验室SOP流程，保证空间转录组切片的质量，全优保障测序数据质量。高通量测序技术是对传统测序一次翻天覆地的改变，一次对几十万到几百...

其实，空间转录组的概念早就已经存在了，目前已经发表的空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是这些方法存在操作复杂、检测精度不准确、基因和细胞检测量的限制等问题。10xGenomics公司升级spatialTranscriptomic后推出的Visium空间基因表达解决方案是一款商业化的高精度、高通量空间转录组测序方案。烈冰科技自2020年起，国内率先搭建空间转录组测序服务平台，联合上线单细胞核转录组测序、AbSeq、单细胞TCR-Seq、单细胞ATAC-Seq(...

高通量测序技术（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序技术（“Next-generation”sequencing），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验，已...

在发育过程或疾病发生过程中，组织内部的不同细胞经历了复杂的生物学过程，因此，组织内部的异质性研究是目前揭示重要生物学研究的一个重要研究手段。组织内部的异质性包括细胞类型的异质性和空间位置的异质性两个层面，细胞类型异质性可由单细胞测序来完美呈现，而空间位置的异质性，则需要可高通量地检测全转录组空间信息的新型研究方法来解决。烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控，做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务，助力高分文章发表。烈冰引进国际主流空间转录组测序平台，提供保留组织内部精细区域的空间信息的转录组测序。上海烈冰生物空间转录组测序空间转录组测序是在组织原位检测全转录组...

烈冰生物已空间转录组测序服务提供从一个组织切片样本中获取包括空间信息在内的全部转录组数据，从而可以区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达。其可以检测组织样本中的所有基因活动，并绘制活动发生的位置，这将有助于科学家更好地构建生物图谱，并进一步理解疾病和生物学过程。目前，空间转录组主要应用于多种疾病、免疫、发育、神经和病理学等研究领域。烈冰生物具有专业的实验团队、丰富的切片经验，配置了国际主流的仪器设备，实验团队针对不同组织类型优化完善实验方案，并制定了严谨规范的实验室SOP流程，保证空间转录组切片的质量，全优保障测序数据质量。空间转录组测序技术的迅速发展和应用推广，为从多维度揭示疾病进展提...

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方...

烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作，服务于600+临床与研究机构，1000+客户和5000+重要科研项目，助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊（不完全统计），在单细胞领域，烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇，总IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊，已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制，免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。丰富的测序和数据分析经验，烈冰配套...

10xGenomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcodedspots），每个点的直径为55μm，点和点之间中心的距离为100μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。十二年测序经验，烈冰生物空间转录组领域的佼佼者。杭州烈冰生物空间转录组商业化服务已发表的关于空间转录组技术有...

烈冰科技作为国内同时拥有10XGenomics和BDRhapsody双分选平台的测序服务商及云计算服务供应商，经过多年实战，拥有丰富的单细胞悬液制备和分选经验，实测BDRhapsody对能够高效捕获粒细胞。针对不同的分选平台、建库方法，实战总结搭建出不同的数据预处理工作流程；烈冰科技NovelBrain®生物大数据平台能有效支撑生命科学研究、医疗健康等领域对大数据分析的需求。完备的高通量测序实验平台，包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC数字切片扫描仪等，配合一支来自海内外名校、多学科交叉型的高素质综合团队，为您的科学研究保驾护航。...

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；烈冰生物为您提供一站式全流程空间转录组测序服务。深圳烈冰科技空间转录组平台细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬...

空间转录组测序在病理学中，通过添加基因表达维度，得出形态学结论，通过观察基因表达区域，了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学，研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征；免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析； 在神经科学，研究大脑皮层层状组织解析，揭示大脑皮层的结构-功能关系，正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层； 在发育生物学，通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征，解析组织中与形态形成相关基因；丰富基因表达的空间注释信息，创建组织发育的空间细胞图谱。空间转录组测序是高通量测序下的又一重大技术突破。厦门高通量测序空间转录组平台...

相比于常规的测序手段，空间转录组测序有几个明显的优势：1.将转录组信息与空间信息对应，体现组织内部的异质性：每个区域独特的条形码使测序结果与空间位置形成一一对应关系。虽然暂时还无法精细到单细胞层面，但是这样的区域划分也已经足以展现出组织内部不同区域间的转录组差异。2.不影响对全组织进行分析：芯片上捕获的全转录组在同一个反应中完成测序，能有效降低多次重复实验中的误差。测序结果如果不按照条形码归类，则直接体现的是切片全组织的转录组情况，无需再做单独检测。3.为进一步的研究提供指导意见：常规的转录组测序，对后续实验的指导仍然停留在全组织层面。而空间转录组测序则可以标识出更有价值的研究区域，引导研究者...

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。烈冰生物为...

机体为响应各种应激，其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”；当细胞在不同状态之间转变时，往往会经历转录重组，导致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“唤醒”，但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的；scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析，即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育，但这里的时间并不是真时间，而是一个虚拟的时间，是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中，也会存在多种不同的细胞形态。因此，不论测定了多少样本，我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。烈冰智造空...

空间转录组测序与单细胞测序的结果不同，这里存在一个概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空间转录组片子上组织覆盖的有效的spot位点。这个有效Spot的筛选标准是有UMI以及有序列表达。那么这个时候，贴片的质量就成为了制约空间转录组有效区域的要点了。如果组织没有很好地覆盖到空转片上，那么容易出现虽然有HE染色有组织片子，但是没有基因表达，即无有效Spot位点。同样的，另一个就是组织切片的大小，也就是说组织切片在整个玻片的覆盖面积越小，分析的有效区域就越少。这两者基本上决定了整个空间转录组分析结果的基础质量。烈冰空间转录组测序助您深入探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。...

空间转录组技术流程：1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同，在正式开展空间转录组测序实验前，需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域，每个区域均覆盖了荧光标记探针，可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA，随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后，即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。烈冰空间转录组，多平台任意选择，随心组合，优化您的科学研究，助力探索新的科学视角。杭州BD空间转录组测序服务公司RNA测序（RNA-seq）是转录组学研究的重要工具，也是生命科...