苏州BD Rhapsody空间转录组技术支持

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。烈冰生物为您提供一站式全流程高通量测序服务。苏州BD Rhapsody空间转录组技术支持

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业，为科研学者提供专注的测序数据分析服务，先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来，烈冰依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台，为用户提供一站式全流程的空间转录组测序服务和解决方案。烈冰经过十几年的经历，已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种，皮肤、脑、胰腺、脂肪、心脏、花序等50+组织类型，100+细胞类型，1000+靶标基因，10000+样本处理经验。武汉高通量测序空间转录组服务机构空间转录组测序以分子方式定义病理，完成了病理数字化结合病理影像化的革新。

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深入解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！

已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。10xGenomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。国产化PanoCell空间转录组测序平台，提供高性价比服务方案。

10XVisium的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：A、切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建：以捕获的RNA为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。D、高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。E、数据可视化分析：结合HE结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息空间转录组测序，上海烈冰生物科技很靠谱。无锡空间转录组多组学测序

烈冰生物全转录组测序通过双文库构建，实现多种RNA的一网打尽。苏州BD Rhapsody空间转录组技术支持

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。4、基于身核苷酸的空间条码加上NGS测序。苏州BD Rhapsody空间转录组技术支持

上海烈冰生物医药科技有限公司是一家有着雄厚实力背景、信誉可靠、励精图治、展望未来、有梦想有目标，有组织有体系的公司，坚持于带领员工在未来的道路上大放光明，携手共画蓝图，在上海市等地区的医药健康行业中积累了大批忠诚的客户粉丝源，也收获了良好的用户口碑，为公司的发展奠定的良好的行业基础，也希望未来公司能成为*****，努力为行业领域的发展奉献出自己的一份力量，我们相信精益求精的工作态度和不断的完善创新理念以及自强不息，斗志昂扬的的企业精神将**上海烈冰生物医药科技供应和您一起携手步入辉煌，共创佳绩，一直以来，公司贯彻执行科学管理、创新发展、诚实守信的方针，员工精诚努力，协同奋取，以品质、服务来赢得市场，我们一直在路上！