湖州单细胞测序多组学测序

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10X Genomics 是一种基于 drop 的微流控技术，液体在配套芯片中的微管道中流动，因此细胞直径会受到芯片中微管道直径的限制，微流体通道的直径约为 50 ~ 60 um，因此捕获细胞的直径不能超过 40um。当细胞直径过大时，容易出现管道堵塞，造成GEM生成失败，对于神经科学研究和心血管疾病研究的老师而言，准备采用单细胞技术用于课题研究的时候，往往会遇到一个尴尬的问题，就是目标细胞，例如神经元细胞、成熟心肌细胞由于体积过大，不适用于 10X 单细胞技术。其中神经元细胞的直径很大，直接超过了芯片中管道的直径，虽然心肌细胞直径低于 50um，但是成熟心肌细胞的长度很长，有可能堵塞通道造成实验失败，这也是为什么现在很多已发表的心脏单细胞文章，主要研究方向是心脏发育的原因了，主要还是因为未发育成熟的心肌细胞比较小，不会出现堵塞管道的风险。因此可以考虑组织解离后过 40um 滤网，过滤掉大细胞，避免出现管道堵塞、实验失败的风险。此种方案的缺点是大细胞被过滤掉，丢失相关细胞数据；另外组织解离获得高质量细胞悬液以后，继续做细胞裂解抽细胞核，开展细胞核测序。具体可访问烈冰官网给我们留言，烈小冰将安排专业技术为您详细解答。吉林10X Genomics单细胞测序平台烈冰科技成立10余年，为科研学者提供专注的测序数据分析服务。

一味的追求高细胞数量的捕获，小心得不偿失，原因在这：单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行，而细胞聚类是在区分cell和non-cell后，获得细胞基因表达谱，通过降维（pca），无监督聚类以及可视化（t-SNE）得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式，因此即使是相同的数据，在剔除几个细胞的情况下，前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时，无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据，都会对正常细胞聚类产生影响，造成聚类结果失真。这也是很多文章，特别是很多高分文章，为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时，数据量在100G左右时，可以满足分析和文章发表的多重需求。

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业，为科研学者提供专注的测序数据分析服务，先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来，单细胞测序进入发展的快车道，烈冰作为国内首批引进单细胞实验双平台的公司，依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台，为用户提供一站式全流程的单细胞测序服务和解决方案。4年的单细胞技术的积累，烈冰已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种，皮肤、脑、脂肪、心脏、花序等50+组织类型，100+细胞类型，1000+靶标基因，10000+样本处理经验。烈冰生物为您提供多平台一站式全流程单细胞测序服务。

多样本数据合并：Fraction of Reads Kept：合并样本时，各样本根据Mapped Barcoded Reads per Cell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深度解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！单细胞测序数据分析，认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。武汉10X Chromium X单细胞测序价格

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