10×Genomics单细胞方案要求使用具有较高活性的单细胞悬液。在实际实验中,我们发现因为样本类型和制备单细胞悬液方法的不同,容易出现单细胞悬液中死亡细胞的比例较高的情况。去除单细胞悬液中的死细胞和其他污染物对获得高质量数据是至关重要的。这是因为,死亡的细胞易裂解导致其中的RNA释放出来。这种cell-freeRNA会导致检测的背景噪声,并会影响单细胞数据的质量。因此当样本活性较差时,对细胞悬液中细胞活性检测后,需要进行一般死细胞去除的工作(一般悬液活性小于70%时考虑此操作),以保证较高的上机捕获细胞的质量。全线搭建10X Genomics Chromium Controller单细胞测序平台。上海10X Chromium X单细胞测序百万通量平台
烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作,服务于600+临床与研究机构,1000+客户和5000+重要科研项目,助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊(不完全统计),在单细胞领域,烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇,总IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊,已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制,免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。沈阳单细胞测序商业化服务从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。
从单细胞测序描述性分析转向复杂样本中不同细胞类型的功能解析,越来越需要一种多组学的细胞生物学视角。通过单细胞多组学——即对不同组学的数据集进行分析和整合——科学家能够从同一个单细胞来源中检测多种细胞特征。这些特征包括全转录组基因表达、细胞表面蛋白表达、免疫组库序列(包括T细胞和B细胞受体)以及用于了解表观基因组调控的开放染色质区域。随着单个实验可提供更多信息丰富的数据,研究人员的获益更多,包括保留珍贵样本、提高生产力、减少因批次效应引起的错误,并节省更多的高科技资源(从资助基金到人员时间)。
单细胞测序庞大的数据烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。强势发文!烈冰单细胞测序助力揭示愈伤组织能再生的机制。
相对于Smart-Seq技术在细胞数量上的问题,10X平台普遍提供的细胞数量都在1000-20000不等的测序细胞量,这个量级的测序细胞量已经可以说能够完全覆盖绝大部分组织的SingleCell群体类型。因此,这两种技术对于基于基因表达进行准确细胞分型上,无论是从细胞数量上来说还是表达检测可靠性来说,都会更实用。同时依托RandomCellLabel技术,使得其对于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等设备存在的Indexhooping现象,相对于Smart-Seq数据来说,影响几乎可以忽略不计(10XGenomics官方网站曾给出hooping测试结果,显示无影响。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。南通单细胞测序服务公司
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针对样本活性的问题,10×Genomics官方建议当单细胞悬液活性低于70%时应做去除死细胞操作,但也需要注意到,去除死细胞的操作会损失一定的细胞数量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都没有给出单细胞悬液含有多少细胞数量才建议做去除死细胞的操作。基于烈冰多年单细胞测序实验经验,建议当细胞悬液进行质量和活性检测后,考虑对细胞活性在50%-70%的悬液进行去除死细胞的操作。而太低活性的悬液(小于30%),悬液中细胞大量死亡,可能已经丢失了原组织内的细胞比例和状态,失真严重,建议重新收集样本进行新的实验,保证数据的高质量和实验结果的准确性。上海10X Chromium X单细胞测序百万通量平台
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