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单细胞多组学基本参数
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  • 科研(临床)检测服务
单细胞多组学企业商机

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍,保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP:1)碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团,用于区分ATCG;2)3端使用叠氮基团封闭,保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时,会通过高速荧光显微镜记录荧光图像,再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团,开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光,实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控,随着循环数的增大会出现不同步的情况,因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。目前已应用的单细胞多组学联合分析包括转录组和基因组,转录组和DNA甲基化、转录组和蛋白组。武汉烈冰单细胞多组学数据分析

单细胞测序结果动辄上百G数据量,庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求,首先针对下机数据的质控环节:单细胞测序产生数亿的结果序列,不可避免的会出现低质量的测序结果,存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征,即碱基测序结果的错误率在1%/0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后第一步的处理结果的准确性,为后续细胞类型鉴定准确和功能分析打下坚实基础。广州BD单细胞多组学测序服务公司目前单细胞多组学技术仍然处于技术探索及高通量开发阶段,但应用单细胞多组学分析是研究发展的必然趋势。

细胞中基因的表达是严格按照时间和空间顺序发生,因此细胞类型和基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过收集不同时间点的样本进行单细胞转录组测序来分析。但是单细胞转录组测序(scRNA-Seq)在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,其以点阵形式记录组织切片细胞的空间信息,在保留组织形态结构的基础上,获得细胞/基因的空间表达特异性。

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术,突破传统高通量测序的局限性,组织解离后,单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞,基于每个细胞分别建库测序,获得单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型,可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较,反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10XGenomicsChromiumX平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获,系统实现16个通道同时运行,每个通道可捕获2000-20000个细胞(不混样),并支持原ChromiumController体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验,可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。烈冰科技已建立了基于单细胞测序的高通量测序实验多平台。

单细胞多组学技术优势:1. 构建蛋白质数据库,大幅度提高蛋白质鉴定数量;2. 不同层面表达水平分析,构建表达“全景图”;3. 多组学交叉验证:深层次挖掘其中调控机制;4. 对基因突变信息在蛋白水平上进行验证;5.精细医疗:实现genomics到protegenomics的转变。生物领域各个研究方面,1. 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;2. 畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等;3. 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型等;4. 生物医药:药物作用机理,药效评价,药物开发等;5. 微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;6. 海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等;7. 生物能源、环境科学领域:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危定风险评估研究等;8.食品营养:食品储藏及加工条件优化,食品组分及品质鉴定,功能性食品开发,食品安全监检测等。高通量测序技术是对传统测序一次翻天覆地的改变,一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。广州BD单细胞多组学测序服务公司

单细胞测序数据分析,认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。武汉烈冰单细胞多组学数据分析

如在现有研究方法基础上,进行特定亚细胞区域的蛋白质组学、相互作用蛋白质组学以及某种特定翻译后修饰类型的蛋白质组学的研究等。这将有助于诸多生化过程以及致病机理的全新认识与发现。随着基于单细胞蛋白质组学质谱研究方法的不断发展,单细胞分析方法的灵敏度、蛋白质的覆盖度、细胞通量、空间分辨率以及多组学的兼容能力会不断突破我们的认知极限。更重要的是,单细胞分析在临床诊断、疾病分型以及细胞发展机制这些重大生命科学领域方面的应用将会越来越大。武汉烈冰单细胞多组学数据分析

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