数字PCR是一种核酸分子定量技术。当前核酸分子的定量有三种方法,光度法基于核酸分子的吸光度来定量;实时荧光定量PCR(RealTimePCR)基于Ct值,Ct值就是指可以检测到荧光值对应的循环数;数字PCR是的定量技术,基于单分子PCR方法来进行计数的核酸定量,是一种定量的方法。主要采用当前分析化学热门研究领域的微流控或微滴化方法,将大量稀释后的核酸溶液分散至芯片的微反应器或微滴中,每个反应器的核酸模板数少于或者等于1个。这样经过PCR循环之后,有一个核酸分子模板的反应器就会给出荧光信号,没有模板的反应器就没有荧光信号。根据相对比例和反应器的体积,就可以推算出原始溶液的核酸浓度。数字PCR通常采用大量分区。珠三角微滴式数字PCR分析应用
3D数字PCR为液体活检提供技术支持液体活检是一种非侵入性的检测基因及临床效果的一种方法,目前可能正在开展有关3D数字PCR在在液体活检中的疗效,为后期临床提供更多可靠的指导作用。报道称“无创伤性肺检测技术即将登陆中国”。随着基因检测技术,如类似3D数字PCR技术的发展,推动我们将进入了“DNA的应用商城”这样的新时代,如23andme、华大基因等专业的检测服务机构,提供更加专业的基因检测结果,经基因报告解读师或遗传咨询师进行通俗的解读,让我们每一个人都能够了解自己的基因,拥有自己的“生命之书”,让我们更加健康的生活。精细医疗其实本质是应用生物学信息与大数据科学的交叉发展的新型医学概念与医疗模式。对于精细医疗,重点在于“精细”,不仅只是简单的基因测序如此简单,更需要精细的诊断与精细的。上海一体化数字PCR原理臻准推出新款数字PCR产品:AccuONE2.0数字PCR系统。
目前全球数字PCR的市场规模约1.5亿-2.5亿美元,约占荧光定量PCR市场规模(约20亿美元)的10%,但增长趋势明显,有望逐步替代荧光定量PCR技术。目前国际市场有伯乐、赛默飞、凯杰、Stilla、罗氏等主要数字PCR玩家。根据MordorIntelliaence研究报告预测,2019-2024年全球qPCR和dPCR市场将以8.8%的年复合增长率增长,从2014年的41.13亿美元增长到2024年的62.7亿美元。其中,dPCR的增速更快达11.9%,将从2014年的4.75亿美元,增长到2024年8.34亿美元,为PCR检测带来极大的市场。但其预测的发展趋势仍有参考价值。
数字PCR的引物和探针设计规则同荧光定量PCR是类似的,具体规则如下:1、查找和选择目标序列设计引物和探针的第一步是得到感兴趣基因的核酸序列。找到基因保守区域:基因的保守区域是指来自同一属/种/亚型的、在某个基因上碱基序列差别很小或没有差别的区域。根据需要,使用ClustalX或ClustalW等软件对齐属于同一属/种/亚型的基因的一组序列,在对齐序列的保守区域设计引物,并确保引物结合位点处的保守序列与其它非待检测的属/种/亚型的碱基序列具有较大的差异。扩增产物长度(AmpliconLength):可在75-200bp之间(产物长度=下游引物位置-上游引物位置+1)。影响dPCR定量结果的因素:仪器采用的分散方式与数量、溶液稀释方法、分散体积的准确性以及结果表达方式。
PCR常使用目标序列的拷贝数或某一给定样品中转基因的百分比来体现方法灵敏度。由于qPCR和dPCR实验过程所用试剂的兼容性较好,在使用dPCR进行转基因检测时,通常直接参照qPCR的方法。使用不同技术对相同样品检测时,两种方法的灵敏度是否具有可比性成为关注的问题。Burns等21]使用Fluidigm公司的12.765(12板,每板765个微单元)芯片数字PCR分析仪测定标准物质ERM-AD413检测转基因玉米MON810。该小组应用dPCR技术评估在qPCR定义下的灵敏度数值,在拷贝数200-700之间,dPCR与qPCR的测量结果具有一致性。但与qPCR的灵敏度相比,dPCR在低于拷贝数200时有被低估的风险,在高于拷贝数1000时有被高估的风险。dPCR在同一阵列上同时测量转基因和内源性靶点时,需要稀释内源性靶点和转基因靶点在合理拷贝数范围内以保证dPCR测量结果的准确性。dPCR被称作第三代PCR技术,但dPCR技术的广泛应用逐渐显现出一些不足之处。上海锐讯数字PCR价格
检测结果部分为阳性,部分为阴性,之后进行分子数统计,不需做标曲。珠三角微滴式数字PCR分析应用
产物越短,往往扩增效率越高。模板二级结构(Templatesecondarystructure):PCR变性中和变性后的单链DNA不够稳定,容易自发折叠形成二级结构。应避免可形成稳定二级结构的模板链区域,因为如果模板链形成的二级结构在退火温度下稳定存在,定位在模板链二级结构处的引物将无法同模板链相结合。使用mfold可预测引物待结合的区域是否存在复杂的二级结构。设计引物时,尽量使引物定位在模板二级结构以外的序列上。避免具有4个以上相同的连续碱基的区域(Avoid>4repeatsofsamebases):以避免延伸阶段聚合酶“滑动(PolymeraseSlippage)”。选择GC含量(GCContent)在50-60%之间的区域。如果高GC含量区域不可避免,可以尝试提高退火温度,并使用添加剂,例如甘油,珠三角微滴式数字PCR分析应用
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