生物制药生产中，层析填料需经受0.1-0.5 M NaOH原位清洗以去除顽固污染物，传统配基（蛋白A、天然配基）在此条件下易降解。新型耐碱填料通过配基工程化改造实现突破，如MabSelect SuRe配基经多突变优化，可承受0.5-1 M NaOH循环清洗50次以上。聚合物基质填料本身具备优异耐碱性，如Eshmuno和Fractogel系列。耐碱清洗填料明显延长使用寿命（从20次提升至>200次），降低生产成本50%以上，同时减少批次间交叉污染风险。选择时需评估配基脱落、载量衰减和清洗验证周期。在单抗商业化生产中已成标配，FDA工艺验证中清洗验证是关键考察项目，了填料耐用性的发展方向。
以纤维素为基质的离子交换填料凭借天然亲水性、低非特异性吸附和低成本优势，在血液制品和疫苗领域长期占有一席之地。DEAE Sephacel和CM Cellulose通过醚键将配基偶联到纤维状纤维素上，形成大孔结构，尤其适合大分子量蛋白和病毒颗粒的纯化。其优势包括：极高的生物安全性，无合成聚合物毒性担忧；易于大规模生产，价格为合成填料的1/5-1/10；对脆弱蛋白特别温和。缺点是机械强度低，只能重力流或低流速操作，分辨率有限。适用于免疫球蛋白粗提、白蛋白纯化及病毒样颗粒捕获，在发展中国家生物制品生产中仍是主流选择。
面对种类繁多的填料，建立高效的筛选策略至关重要。初期通常根据目标蛋白和主要杂质的性质（等电点、疏水性、大小、特异性标签）选择几种不同类型的填料（如IEX, HIC, AC），进行微孔板或小预装柱形式的初步结合/洗脱实验。通过改变pH、盐浓度等参数，评估结合载量、洗脱条件和初步纯度。基于筛选结果，确定比较好的填料类型和操作窗口，然后进行柱层析条件优化，终建立可放大的、稳健的纯化工艺。填料在多次使用后，会逐渐积累强吸附的杂质（如脂类、变性蛋白、核酸），导致柱效下降、背压升高。定期进行有效的在位清洗是维持填料性能和寿命的关键。CIP方案需根据填料类型和污染物性质定制，常用试剂包括高浓度盐、NaOH、HCl、尿素、胍、有机溶剂（如乙醇）或非离子去垢剂。清洗后需充分平衡至保存条件。长期保存时，通常将填料储存于20%乙醇或含抗菌剂的缓冲液中，置于4°C冰箱，以防微生物滋生。
蛋白纯化填料的基质材质是决定其性能的因素之一，目前主流的基质主要分为天然高分子、合成高分子和无机材料三大类。天然高分子基质（如琼脂糖、葡聚糖）具有较好的生物相容性和亲水性，不易引起蛋白变性，适合敏感性蛋白的纯化，但机械强度较低，耐压性差，难以满足工业大规模生产中的高流速要求。合成高分子基质（如聚丙烯酰胺、聚苯乙烯、聚甲基丙烯酸酯）机械强度高、耐压性好，化学稳定性强，可耐受较宽的pH范围和有机溶剂，适合高流速的工业化纯化，但亲水性相对较差，需通过表面修饰改善生物相容性。无机材料基质（如硅胶）机械强度极高，分离效率高，但在中性及碱性条件下易溶解，且生物相容性较差，主要用于小分子蛋白或多肽的纯化。膨胀床吸附填料允许直接从粗提液捕获蛋白，简化流程。
复合模式（Mixed-Mode）填料整合疏水、离子交换、氢键等多种作用力，通过协同效应实现传统单模式填料无法达到的选择性。Capto MMC和Capto Adhere是典型，前者兼具弱阳离子交换和疏水作用，后者整合强阴离子交换、疏水及氢键作用。这类填料可在电导率较高条件下结合蛋白，简化样品前处理，对电荷异构体、聚集体和HCP残留去除效果明显。其优势在于工艺步骤缩减潜力大，可实现"两步法"替代传统"三步法"纯化策略，提升收率并降低成本。挑战在于方法开发复杂，需筛选pH、盐浓度和添加剂。在抗体、重组蛋白精纯中应用日益，是工艺强化（Process Intensification）的关键工具。
填料清洗和再生能延长使用寿命，常用NaOH或盐酸胍处理。亲和纯化介质厂家定制
混合模式层析填料是新一代的分离介质，其配基设计可同时提供两种或多种不同的相互作用机制，例如疏水作用与离子交换、或氢键作用的协同。这种多重作用力使得填料具有独特的选择性，能够分离传统单一模式填料难以分开的组分。它通常对条件变化（如pH、盐浓度、添加剂）非常敏感，通过精细优化洗脱条件可以获得极高的纯度。混合模式层析在去除抗体聚集体、宿主细胞蛋白和病毒方面显示出强大潜力，正越来越多地应用于生物制药的精纯工艺中，以简化流程并提高产品安全性。亲和纯化介质厂家定制
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