微生物检测中含有一种以上的微生物培养物称为混和培养物，如果在一个菌落中所有细胞均来自于一个亲代细胞，那么这个菌落称为纯培养(pureculture)。在进行菌种鉴定时，所用的微生物一般均要求为纯的培养物。得到纯培养的过程称为分离纯化，方法有许多种。先把微生物悬液通过一系列稀释，取一定量的稀释液与熔化好的保持在40-50℃左右的营养琼脂培养基充分混合，然后把这混合液倾注到无菌的培养皿中，待凝固之后，把这平板倒置在恒箱中培养。单一细胞经过多次增殖后形成一个菌落，取单个菌落制成悬液，重复上述步骤数次，便可得到纯培养物。病毒的结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。杭州DNA病毒鉴定方法
传统的血清学与分子生物学方法如ELISA与PCR，由于病原微生物的特异性差异，有时只能用于病原微生物特定种甚至特定种特定株系分离物的检测；而电镜与生物学接种鉴定方法又难以将病原微生物鉴定至物种水平。相比之下，高通量测序技术可以提供一条新的病原微生物鉴定途径。病原微生物检测的不可知性使得高通量测序成为研究这类病原微生物的有用工具。目前，该技术在人类与动植物病原微生物的鉴定中已经有较多的应用。高通量测序在临床virology领域的应用病毒作为一种古老的物种存在于自然界，几乎能够在任何物种寄生，与人类健康息息相关。虽然大部分病毒没有出现明显的临床症状，少数病毒能够引起人类多种疾病，表现出包括发热、腹泻、出血、出疹、呼吸道症状、神经系统症状等。
重庆新病原筛查技术传统的微生物检测方法：直接显微镜观察。
病毒相关知识：病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的生物。病毒是一种非细胞生命形态，它由一个核酸长链和蛋白质外壳构成，病毒没有自己的代谢机构，没有酶系统。病毒是颗粒很小、以纳米为测量单位、结构简单、寄生性严格，以复制进行繁殖的一类非细胞型微生物。病毒是比细菌还小、没有细胞结构、只能在细胞中增殖的微生物。病毒由蛋白质和核酸组成。一般，大部分病毒要用电子显微镜才能观察到。
微生物检测方法中比浊法是根据菌悬液的透光量间接地测定细菌的数量。细菌悬浮液的浓度在一定范围内与透光度成反比，与光密度成正比，所以，可用光电比色计测定菌液，用光密度(OD值)表示样品菌液浓度。此法简便快捷，但只能检测含有大量细菌的悬浮液，得出相对的细菌数目，对颜色太深的样品，不能用此法测定。测定细胞重量法此法分为湿重法和干重法。湿重法系单位体积培养物经离心后将湿菌体进行称重;干重法系单位体积培养物经离心后，以清水洗净放人干燥器加热烘干，使之失去水分然后称重。此法适于菌体浓度较高的样品，是微生物检测的一种常用方法。
病毒研究的发展与病毒培养和检测方法的进步有密切的关系。
未知病原微生物鉴定中的生物的个体在一生的生长繁殖过程中，经过不同的发育阶段。这种过程对特定的生物来讲是重复循环的，常称为该种生物的生活周期或生活史。各种生物都有自己的生活史。在分类鉴定中，生活史有时也是一项指标，如黏细菌就是以它的生活史作为分类鉴定的依据。很多细菌有十分相似的外表结构(如鞭毛)或有作用相同的酶(如乳酸杆菌属内各种细菌都有乳酸脱氢酶)。虽然它们的蛋白质分子结构各异，但在普通技术下(如电子显微镜或生化反应)，仍无法分辨它们。然而利用抗原与抗体的高度敏感特异性反应，就可用来鉴定相似的菌种，或对同种微生物分型。用已知菌种、型或菌株制成的抗血清，与待鉴定的对象是否发生特异性的血清学反应来鉴定未知菌种、型或菌株。该法常用于肠道菌、噬菌体和病毒的分类鉴定。利用此法，已将伤寒杆菌、肺炎链球菌等菌分成数十种菌型。可以通过显微镜观察菌落特征对微生物种类进行判断。杭州RNA未知病原微生物鉴定诊断
病毒的颗粒很小、以纳米为测量单位。杭州DNA病毒鉴定方法
微生物鉴定的传统的鉴定方法虽然仍被普遍使用，但存在两大缺点。它们只适用于可以体外培养的生物体，而且一些菌株表现出不符合已知种属模式的独特的生化特性。许多现代方法并不依赖于活的培养物，它们常常能揭示通过传统方法检测不到的有机体之间的细微差别。PCR，包括实时荧光定量PCR，可能是普遍应用于微生物鉴定的分子技术。利用PCR技术，可以快速检测和鉴定临床标本的微生物种类，从而加快诊断程序。大多数基于PCR的方法涉及一组通用的PCR引物，通过测序PCR扩增的序列来鉴定细菌/样品。16SrRNA基因是PCR细菌鉴定的金标准序列，而内部转录间隔区(ITS)区域是种类的主要条码标记。
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