生理条件下，FUNDC1的Tyr18和Ser13分别被肉瘤基因家族的酪氨酸激酶和肌酸激酶2磷酸化，抑制其与LC3-Ⅱ和Atg10的相互作用，从而抑制线粒体自噬，维持线粒体稳态。当缺氧或线粒体解偶联时，Tyr18、Ser13去磷酸化，Ser17磷酸化，促进FUNDC1与LC3-Ⅱ相互作用，启动线粒体自噬。缺氧条件下，酪氨酸激酶失活，Tyr18和FUNDC1去磷酸化，FUNDC1与LC3-Ⅱ相互作用增强而促进线粒体自噬;同时，由于酪氨酸激酶能够抑制unc-51样激酶1与线粒体的结合，当酪氨酸激酶失活，unc-51样激酶1激酶可以磷酸化Ser17，促进其与LC3的作用，进而促进线粒体自噬。损坏细胞死亡时，自噬为新的细胞进入并接管提供了空间。广州单荧光自噬慢病毒
自噬是一系列自噬体结构演变的过程，由自噬相关基因(autophagy-relatedgene,ATG)执行精细的调控。在饥饿、低氧、药物等因素作用下，待降解的细胞成分周围会形成双层结构分隔膜，随后分隔膜逐渐延伸，较终将待降解的胞浆成分完全封闭形成自噬体(autophosome)；自噬体形成后将通过细胞骨架微管系统运输至溶酶体，二者融合形成自噬溶酶体(autopholysome)；较终其内容物在溶酶体酶作用下被细胞降解利用。目前研究发现自噬调节涉及多种信号通路，其中以腺苷单磷酸活化蛋白激酶(adenosinemono-phosphateactivatedproteinkinase,AMPK)及哺乳动物雷帕霉素受体(mammaliantargetofrapamycin,mTOR)信号通路为调控中心。AMPK促进自噬发生，而mTOR阻止自噬发生。此外，许多经典的凋亡信号通路或蛋白被发现与自噬调控之间存在着复杂的交织。江西自噬慢病毒自噬体是自噬的标志性结构。
系统性红斑狼疮是一类高度异质的自身免疫病的总称，其主要特点为大量抗DNA/RNA自身抗体的出现。这些过量的抗DNA/RNA抗体的出现有许多种可能的解释，其中一种可能的原因是，细胞内部清理垃圾DNA/RNA的自噬途径受阻，导致大量垃圾DNA/RNA累积，直至超过了免疫系统对自身抗原的耐受阈值。对SLE患者的基因多态性分析表明，有一部分患者中Atg5和Atg7产生突变，提示自噬紊乱作为SLE的一种病因的可能性。另一方面，在SLE患者的T细胞中，可观测到自噬普遍上调，这可能是大量免疫原性物质刺激的结果而非原因。许多临床上用于调整SLE的药物都有阻止自噬的作用，例如羟氯喹。这些药物的调整作用，可能有一部分是通过直接阻止树突状细胞中的自噬来影响自身抗原提呈来实现的。
什么是自噬？简单来说，细胞自噬，就好像一台电脑，用时间长了，出问题了，而断食引发的细胞自噬，就像是给它重装系统，让它焕然一新。自噬（Autophagy），希腊语“auto”（自我）和“phagein”（进食），直接翻译过来就是，自己吃自己。从专业上说是，细胞溶质的成分被降解，然后通过溶酶体（细胞里面有一个专门的小隔间，里面有消化蛋白质，碳水，和脂肪的酶，专门管这个小隔间叫做溶酶体（lysosome）），回收细胞中损坏的元件，循环再利用，组成一个新的细胞。自噬影响调节性T淋巴细胞、抗原递呈细胞等免疫细胞的发育生长及主要组织相容性复合物抗原递呈过程。
细胞从细胞外基质脱落或与相邻细胞分离会诱导失巢凋亡。因此中流细胞必需具备抗失巢凋亡的能力才能脱离原发灶并转移到远端。Fung等人的研究显示, 当非恶性转化细胞脱离细胞外基质可诱导自噬激huo并且保护细胞抵抗失巢凋亡, 使用RNAi敲低ATGs后, 细胞自噬受到抑制, 加速了脱离基质细胞的失巢凋亡过程。这也是自噬可以促进中流进展证据之一。自噬在维持多细胞生物的细胞内稳态方面起到重要作用。综合现有的研究观点, 自噬在中流中的作用是一把“双刃剑”。自噬是真核细胞蛋白降解的途径之一。湖北单荧光自噬慢病毒包装
对于缺血初期的心肌细胞来说，细胞自噬增强，此时的细胞自噬主要起保护作用，防止心肌细胞过度死亡。广州单荧光自噬慢病毒
自噬过程的调控：自噬这一过程一旦启动，必须在度过危机后适时停止，否则，其非特异性捕获胞浆成分的特性将导致细胞发生不可逆的损伤。这也提醒我们在研究自噬时一定要动态观察，任何横断面的研究结果都不足以评价自噬的活性。目前，已经报告了许多因素能诱导细胞发生自噬，如饥饿、生长因子缺乏、微生物传染、细胞器损伤、蛋白质折叠错误或聚集、DNA损伤、放疗、化疗等等，这么多刺激信号如何传递的、哪些自噬蛋白接受信号、又有哪些自噬蛋白去执行等许多问题都还在等待进一步解答中。关于传递自噬信号的通路目前比较肯定的有：阻止类ClassIPI3Kpathway（PI-phosphatidylinositol，磷脂酰肌醇）与IRS(Insulinreceptorsubstrate)结合，接受胰岛素受体传来的信号（血糖水平高阻止自噬）。广州单荧光自噬慢病毒
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