在正常情况或短时间的饥饿状态下，细胞内的蛋白质主要通过泛素化蛋白酶系统降解为氨基酸。但数小时以上的饥饿后，自噬被活化并将蛋白质降解为氨基酸。关于这些氨基酸的用途，主要有三种途径：自噬的另一大功能是清理细胞内受损的细胞器或错误折叠的蛋白质。有时候自噬也会清理一些多余的细胞器（如过氧化物酶体）。自噬在清理垃圾方面的功能使自噬成为许多疾病的潜在调整靶点。已经有研究表明，自噬被阻止会导致不正常的蛋白质和细胞器在肝脏、神经细胞和肌肉细胞中累积。例如，在阿尔茨海默症中，可以观察到大量的自噬体，这可能与该疾病中累积的淀粉样蛋白变性有关。而在一些神经退行性变（如帕金森症、亨廷顿氏舞蹈症）的动物模型中，用TOR激酶阻止剂来模拟饥饿信号以增强自噬，可以减少致病的α-突触核的蛋白积累，并延缓症状出现。自噬的调控机制在肝病发生的发展的不同阶段可能起到不同的作用。浙江自噬LC3
在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。自噬方面，P53通过转录依赖和非依赖机制发挥调节作用。P53转录唤醒AMPK和结节性硬化复合物1/2而阻止mTOR诱导自噬；核内P53还可转录唤醒损伤调节自噬调节子，提高自噬；另一方面，胞质P53与高迁移率盒蛋白1形成复合物协调自噬水平，靶向敲除胞质P53基因会提高HMGB1表达诱导自噬，而敲除HMGB1则提高胞质P53表达水平阻止自噬。此外还有报道自噬蛋白ATG7能够直接调节P53表达。成都细胞自噬在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。
对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。内质网应激中，自噬通过消化蛋白聚集物和错误折叠蛋白维护内质网功能，限制了内质网应激反应诱发的细胞凋亡。在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。因而在成年小鼠的饥饿期、乳鼠出生后的喂养适应期以及营养剥夺的细胞中，均显示出自噬为细胞存活所必需[11]。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。因此，在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。线粒体自噬是自噬的一种，它能通过清理去极化线粒体减少活性氧簇，达到细胞保护的目的。线粒体自噬甚至可通过减少线粒体外膜通透化(mitochondrialoutermembranepermeabilization,MOMP)和减少细胞色素C和SMAC/DIABLO等线粒体促凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。
氯喹及其衍生物羟基氯喹zhiliao小细胞肺ai、原位导管ai、原发性肾ai、乳腺ai等目前已经进入临床I期或II期研究阶段, 但是关于抑制自噬zhiliao中流的观点受到很多质疑。首先, 没有证据判断氯喹是通过抑制溶酶体活性还是与溶酶体无关的其他作用发挥抗中流效应的。其次, 也有观点认为自噬可能是化疗过程中促进中流细胞死亡的机制。因为敲低自噬关键蛋白后阻碍了化疗药物诱导的细胞死亡。此外, 众多证据显示, 有些活化自噬的药物同样具有抗中流作用。用于预防家族性乳腺ai的他莫昔芬能够诱导自噬活化。自噬异常与多种病理过程如神经退行性疾病、代谢疾病等都有密切关系。
对不同的细胞，自噬的作用可能不同。相同的细胞在不同的外部因素作用时，自噬的作用可能不同。在病变发生的发展的不同阶段，自噬的作用可能不同。病变生长的早期阶段自噬增强，是由于此时病变的血管化作用不足，病细胞的营养供给有限，需要通过自噬为自身提供营养。病变进入发展阶段后基因变异积累，使包括Beclin1在内的众多抑病基因失活，自噬活力降低。对单个细胞和对整个病变阻滞的作用可能不同。自噬功能不全的细胞易于坏死，但是坏死组织产生的细胞因子（包括部分生长因子）反而会促进病变的生长。自噬体能够与晚期内体融合形成中间囊泡终形成自噬溶酶体。青岛自噬慢病毒包装
小自噬也就是通过溶酶体细胞膜凹陷，将细胞质物质直接吞入溶酶体的过程。浙江自噬LC3
RFP是一种红色荧光蛋白，当其与GFP进行LC3B的共同标记时，在GFP被溶酶体酸性环境所淬灭的情况下，可以发出红色荧光的RFP因为其zhuoyue的稳定性而被保留。因此，通过融合表达RFP-GFP-LC3B蛋白，可以非常有效地追踪自噬过程。在用RFP-GFP-LC3B慢病毒感染细胞后，在非自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B以弥散的黄色荧光(RFP和GFP的综合效果)形式存在于细胞质中；而在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来(LC3B dot or punctae)；当自噬体与溶酶体融合后，因GFP荧光的部分淬灭而以红色斑点的形式表现出来。浙江自噬LC3
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