自噬阻止剂可以通过阻止自噬通路中的某种蛋白来实现阻止自噬，也可以通过直接扰乱溶酶体功能来阻止自噬，因为溶酶体是自噬完成的关键场所。氯喹和羟氯喹是两种临床中常用的药物，较早它们被用于调整疟疾，后来又发现其对SLE等病有效，它们都是通过降低溶酶体酸性、扰乱溶酶体功能来阻止自噬的。这些分子现在也在临床实验中与化疗药物联用以降低耐药性。解决特异性不足的一个未来的研究方向，是针对特异性更高的靶点（即该蛋白只存在于自噬通路中）开发阻止剂/激动剂。另外，针对系统性的脱靶效应，可以通过靶向递送的方式将脱靶效应降至较低，例如将自噬阻止剂与化疗药物连接在同一个靶向到病变的药物载体上，使其只影响病变中的自噬水平而不干扰免疫系统。在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。山东western blot检测自噬流
磷酸甘油变位酶家族蛋白5(phosphoglyceratemutasefamilymember5，PGAM5)激huo可使Ser13去磷酸化，促进其与LC3的作用。有研究表明，PGAM5的作用受Bcl-2L1/Bcl-xL调控。生理条件下Bcl-2L1/Bcl-xL通过BH3结构域抑制PGAM5的激酶活性，提高Ser13在FUNDC1上的磷酸化水平，从而抑制线粒体自噬。低氧时，Bcl-2L1降解，释放PGAM5，PGAM5去磷酸化Ser13，激huo线粒体自噬。Tyr18、Ser13、Ser17联合调节FUNDC1介导的线粒体自噬途径。有研究证实，miR-137也可以通过抑制FUNDC1的表达而负性调节该通路。另有相关报道，PGAM5-FUNDC1可能与PINK1-Parkin途径有相互作用，且PGAM5和FUNDC1的缺失可抑制Parkin介导的线粒体自噬。GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装小自噬对维持细胞器大小、细胞膜同态调节器以及细胞在氮限制条件下的存活率至关重要。
自噬在病变发生的不同阶段扮演了完全不同的角色。作为正常细胞生命活动所必需的一种过程，自噬水平低下可导致细胞病变。例如，在胃病和结肠病等病变细胞中，经常可观察到和Beclin-1密切相关的蛋白BIF-1突变或缺失，而Beclin-1是自噬信号通路中的一种关键蛋白。在小鼠模型中，敲除自噬相关蛋白Atg7和Atg5可诱发肝病。进一步研究表明，自噬可以清理受损线粒体，从而避免受损线粒体产生大量活性氧，而活性氧可以对DNA等遗传物质造成损伤进而致病。从这个角度来说，在一些病变发生的早期，促进自噬可能是一条可行的抗病变途径。
汉黄芩苷是中药黄芩的有效成分之一，研究发现，在给予50、100、200、300、400 μmol/L的汉黄芩苷后，MDA-MB-231细胞活力有不同程度的降低；汉黄芩苷可引起MDA-MB-231细胞自噬，且具有时间和浓度依赖性，其调节细胞自噬的机制与MAPK-mTOR通路相关而非JNK通路。另外，从中药点地梅中分离得到的三萜皂苷类化合物saxifragifolin D（SD），增加MCF-7和MDA-MB-231细胞LC3-II、Beclin-1、III型PI3K（Vps34）蛋白的量，并通过活性氧（ROS）介导的内质网应激（ER stress）途径诱导乳腺ai细胞凋亡和自噬，抑制ai细胞的增殖。THC可通过抑制细胞自噬途径改善Hhcy小鼠脑缺血损伤。
自噬可通过调控免疫来发挥抗瘤作用。多种人类实体瘤细胞中都存在自噬活性的改变，且研究表明自噬与瘤免疫应答具有很大的相关性。在瘤固有的免疫中，自噬可参与瘤相关巨噬细胞分化，进而影响瘤的新生血管生成、免疫抑制和侵袭转移，当自噬受抑制时，巨噬细胞向M2型分化，促进瘤血管生成；反之巨噬细胞向M1型分化，抑制瘤的进展。在瘤的特异性免疫中，自噬在T淋巴细胞存活、发育、稳态及功能调节中发挥重要作用，有研究表明自噬缺陷的T淋巴细胞内线粒体数量异常增加，ROS增加，所以自噬可能通过细胞稳态影响T淋巴细胞发挥功能；还有研究表明自噬缺陷的B祖细胞不能发育成为前体B淋巴细胞；自噬还可参与抗原递呈过程，一方面自噬形成的降解产物可以被递呈到主要组织相容性复合物Ⅰ或Ⅱ类分子表面增强特异性免疫应答，另一方面，瘤自噬小体可作为树突状细胞（DC）的交叉递呈抗原，更有效地提升CD8+T淋巴细胞应答能力。细胞能利用自噬来消灭受损的蛋白质和细胞器，这个过程对抵抗人类的衰老带来的负面影响有举足轻重的意义。湖北western blot检测自噬流
在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来。山东western blot检测自噬流
自噬在HBV相关HCC发生的发展中起重要作用，且与HBx关系密切，一项关于携带HBx表达基因的腺病毒载体疫苗的研究表明，该疫苗可使肝病细胞表达HBx，并通过自噬途径诱发增强CD4+T淋巴细胞和CD8+T淋巴细胞的抗瘤免疫效应。有研究表明，肝病的特异性抗原AFP在肝病细胞中抑制细胞自噬和细胞凋亡，进而促进瘤增殖转移，其机制可能是通过PI3K/Akt/mTOR途径。疫苗是预防肝病发生比较经济有效的方式，疫苗都与自噬关系密切，故明确自噬在其中的具体机制可能有益于新疫苗的研发，可能为肝病预防提供潜在的靶点。山东western blot检测自噬流
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