根据细胞物质运到溶酶体内的途径不同，自噬分为以下几种。①大自噬：由内质网、高尔基体或细胞质膜等来源的膜包绕待降解物形成自噬体，然后与溶酶体融合并降解其内容物；②小自噬：溶酶体的膜直接包裹长寿命蛋白等，并在溶酶体内降解；③分子伴侣介导的自噬（chaperonemediatedautophagy,CMA）：胞质内蛋白结合到分子伴侣后被转运到溶酶体腔中，然后被溶酶体酶消化。CMA的底物是可溶的蛋白质分子，在清理蛋白质时有选择性，而前两者无明显的选择性。自噬可影响细胞因子的产生、趋化作用等。湖南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
肝病中瘤免疫与自噬的关系尚未完全明确。研究表明，缺乏自噬的肝脏Kupffer细胞可以通过mtROS-NF-κB-IL-1a/b通路促进肝硬化和肝病发展。自噬缺陷协同脂质堆积可造成肝内CD4+T淋巴细胞耗竭。细胞自噬还被证实可被诱导增强TGFβ介导的抗瘤作用，IFNγ可通过非凋亡性细胞死亡抑制Huh7肝病细胞增殖，敲除自噬后，IFNγ抑制肝病细胞增殖和诱导肝病细胞死亡的作用消失。研究表明自噬可通过抑制抑病基因的表达或活化原病基因促进肝病发生。在ATG5敲除的小鼠模型中，由于自噬缺陷，抑病基因p53表达增加，小鼠只发生肝良性瘤而不恶变。这进一步提示，自噬在肝病发生中的作用及机制非常复杂，可能受到诸多因素调控，但其重要性则毋庸置疑，仍需更多的研究探索其机制。杭州自噬慢病毒包装LC3B-II 增加既可能是自噬活化后自噬小体增多而成，也可能是自噬溶酶体降解失败所致。
有学者报道，150～250 μmol/L白藜芦醇处理C33A、HeLa、CaSki、SiHa、CaLo细胞48 h后，使细胞阻滞在G1期，诱导细胞凋亡，且通过增加C33A、CaLo和HeLa细胞溶酶体通透性诱导细胞自噬，表明白藜芦醇对不同细胞的敏感性不同，诱导不同程度的细胞自噬。另外，柴胡皂苷d通过增加细胞质游离Ca2+浓度水平，激huoCaMKK[1]AMPK-mTOR通路诱导HeLa 细胞自噬性死亡。白藜芦醇可通过抑制Akt/mTOR/p70S6K/ 4E-BP1，激huop38-MAPK通路诱导T细胞急性淋巴细胞白血病细胞自噬。另外二氢青蒿素（DHA）通过增加LC3-II蛋白的量诱导铁超负荷介导的白血病K562细胞自噬。
自噬通过分解并清理受损的蛋白质和细胞器来达到清洁细胞的效果，该过程对于神经元等寿命较长的细胞来说十分重要，由于神经元不再能够进行细胞分裂，因此特别容易积聚对自身有害的蛋白质和受损的细胞器。在他们的新研究中，科学家表明，老鼠大脑中的神经元不需要自噬就可以存活。此外，这些神经元细胞通过自噬相关蛋白来调节对学习和记忆至关重要的分子微管转运过程。自噬对大脑的健康至关重要，这一事实得到了近十年来科学发现的支持。科学家发现自噬的新功能表明，对患者自噬活性的诊治性调节不只可以促进脑部废物清理，还可以通过改变细胞内转运系统的效率来改变认知能力。自噬是普遍存在于真核细胞的现象，并且可分为巨自噬、微自噬和分子伴侣介导的自噬三大类。中间双重细胞膜囊泡是一种自噬体，可与溶酶体相结合，形成自噬体。
大自噬，也就是通常说的自噬，是真核细胞蛋白降解的途径之一。自噬可以被描述为细胞质内的成分（细胞器、蛋白等）被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体，进而传递到溶酶体进行降解的过程。详细来说，自噬过程与内涵体途径密不可分。一方面，自噬体能够与晚期内体融合形成中间囊泡终形成自噬溶酶体；另一方面，自噬体能够直接与溶酶体融合形成自噬溶酶体。无论通过哪条途径，自噬溶酶体较终通过酸性水解酶将细胞器、蛋白等消化分解。细胞本底水平的自噬发生在营养充足的条件下，可保护细胞免受错误折叠蛋白或受损细胞器的影响，从而防止某些疾病的发生（如神经退行性疾病和病症）。饥饿等也可诱导自噬的发生，通过降解大分子物质和细胞器为细胞活动提供营养和能量。由于自噬体膜形成过程中需要LC3，因此通过标记LC3可以识别自噬体。湖北自噬RFP-GFP-LC3B
线粒体自噬可通过减少线粒体外膜通透化和减少细胞色素来促进凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。湖南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
2005年，Lemaster提出线粒体自噬的概念:细胞利用自噬活动的选择性，通过自噬溶酶体清chu细胞内衰老、损伤或功能障碍的线粒体，维持细胞内线粒体质量和数量的稳定。线粒体自噬是一种选择性自噬现象，参与调节细胞内稳态，与细胞发挥正常功能密切相关。近年来，线粒体自噬在肝脏疾病、糖尿病、心血管疾病、帕金森综合征等疾病中的研究取得了突破性进展。线粒体自噬是复杂的生理过程，在不同细胞中有多种诱导和调控机制，如酵母中的自噬相关基因(autopahgyrelatedgenes，Atg)家族蛋白诱导的调控机制及网织红细胞中NIX(Nip3-likeproteinX)介导的线粒体自噬机制等。湖南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
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