目前，预防肝病发生或瘤进展的疫苗研究正在开展，其中已报道过自噬在其中产生影响的疫苗有自噬相关基因疫苗、DC疫苗、病毒疫苗和瘤抗原疫苗。如前所述，自噬在早期阶段主要起抑制肝病发生作用，但在后期发展、侵袭和转移过程中则主要起促进作用，有研究表明针对自噬配体蛋白p62的编码DNA的疫苗可以有效抑制肝病的发展和转移，但该实验只停留在狗、大鼠和小鼠模型，只在大鼠模型中进行了较小毒性剂量的测定。使用瘤细胞源自噬体刺激DC产生的疫苗研究表明，相比于只接种DC疫苗的肝病小鼠模型，接种瘤细胞源自噬体刺激获得的成熟DC疫苗的小鼠出现明显的特异性T淋巴细胞反应，抗瘤效应明显，瘤生长明显受到抑制。自噬在心肌缺血再灌注过程不同阶段发挥着不同的作用。江西双荧光自噬
到目前为止伴随使用自噬晚期抑制剂，通过检测LC3B-I/II 转化是自噬流检测的金指标。当使用自噬晚期抑制剂巴弗洛霉素 A1 (bafilomycin A1, Baf A1)刺激细胞时，细胞内自噬溶酶体降解被抑制，此时观察到的 LC3B-II 的变化jindaibiao自噬小体数量的改变。当细胞自噬流活化后，LC3B-II 的含量会在使用 Baf A1的基础上进一步增加，而当细胞自噬流阻断后, LC3B-II 的含量则不会在使用 Baf A1 的基础上发生改变。除 Baf A1 外，其他一些能提高溶酶体 pH 值的自噬晚期抑制剂也可以用于自噬流的检测。若待检测药物+Baf A1 组 LC3B-II 与jin Baf A1 处理组相比明显增加则daibiao所检测药物可以增加自噬小体或自噬溶酶体的合成。相反，若处理组与对照组相比，LC3B-II 降低则daibiao处理药物减少自噬小体的合成。湖南自噬透射电镜自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。
生理条件下，PINK1前体在内质网中合成后，凭借N端的线粒体定位序列被线粒体外膜转运酶识别并转入线粒体基质。当PINK1进入线粒体基质后，其N端信号肽被降解为成熟的PINK1，成熟的PINK1进入线粒体基质后被蛋白酶体识别清chu，从而维持基础水平。而线粒体受损时，线粒体膜电位发生变化，线粒体外膜去极化，阻碍PINK1进入线粒体，同时对PINK1的降解能力下降。因此，有活性的PINK1可以稳定聚集在线粒体外膜蛋白上，从而募集并激huoParkin，使其磷酸化。磷酸化的Parkin可以泛素化线粒体受体蛋白，后者泛素化后可与自噬受体调节蛋白等结合，形成泛素化的线粒体，从而激huo泛素相关的蛋白酶体途径，实现线粒体降解。
药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。LC3是酵母自噬关键蛋白ATG8在哺乳动物中的同源蛋白。
自噬在脑缺血再灌注中起到双重调控作用，是决定细胞存活还是凋亡的重要因素。在适度缺血损伤下，上调自噬，为细胞提供能量；但是过度刺激，可能导致细胞自噬过度，发生自噬性细胞死亡。调节细胞自噬也是目前防治中风的热点之一。有学者采用流式细胞术检测到脑缺血大鼠脑内Beclin1、JNK、p-JNK的水平增加，bcl-2水平降低，术前4 d连续ip石菖蒲的有效成分β-细辛醚3.75、7.5、15 mg/kg后可降低Beclin1、JNK、p-JNK的水平，增加bcl-2的水平，证实不同剂量的β-细辛醚能通过下调Beclin1、JNK、p-JNK的水平降低大鼠脑内脑缺血再灌注引起的细胞自噬，表明β-细辛醚可能通过自噬途径改善脑缺血再灌注引起的损伤。APP是Aβ的前体蛋白, 形态学和功能研究均已证实APP是自噬性降解的底物。湖北细胞自噬电镜检测
对神经退行性疾病来说, 活化自噬更多要考虑的是在适当的时间和适当的组织活化自噬流。江西双荧光自噬
自噬的可诱导特性：表现在2个方面，第1是自噬相关蛋白的快速合成，这是准备阶段。第2是自噬体的快速大量形成，这是执行阶段。批量降解：这是与蛋白酶体降解途径的明显区别「捕获」胞浆成分的非特异性：由于自噬的速度要快、量要大，因此特异性不是首先考虑的，这与自噬的应急特性是相适应的。自噬的保守性：由于自噬有利于细胞的存活，因此无论是物种间、还是各细胞类型之间（包括病变细胞），自噬都普遍被保留下来。除了降解方面的功能，自噬本身也是一种将胞内物质运输到溶酶体中的手段。这一过程对非特异性免疫比较重要，因为许多非特异性免疫受体（如TLR3、TLR7、TLR8、TLR9）都分布在溶酶体内表面。以往认为，外源的免疫原性物质往往通过胞吞作用进入溶酶体，而现在发现，细胞质中的免疫原性物质（如病毒RNA）也可以通过自噬被运送至溶酶体，然后与TLR相互作用。自噬在这方面的功能被认为与一些自身免疫性疾病的发生或进展有关。自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。江西双荧光自噬
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