蛋白质组学研究方法研究案例：2021年10月，中国科学院上海营养与健康研究所武爱波研究员课题组在Ecotoxicology and Environmental Safety发表了题为“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通过转录组学和蛋白质组学研究方法，探究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）对成肌细胞分化的影响，发现了DON处理使得细胞骨架蛋白和细胞外基质蛋白表达下调，并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路的机理，为食品和饲料污染的防治提供了理论依据。单细胞蛋白组学之质谱流式细胞技术。广东蛋白组学 武汉
在本研究中，利用iTRAQ标记定量蛋白组学方法对东京野茉莉种子发育的4个时间点采样进行蛋白质组学分析。获得了2338个蛋白和1473个DEPs。Mfuzz聚类分析显示，在种子发育过程中，转录本和蛋白质组之间存在相当大的时序一致性。在四个发育时期中，花后70天（种子发育活跃期）是视为东京野茉莉种仁发育的关键时期：在该阶段与脂肪酸生物合成相关的功能基因和酶蛋白均达到表达峰值，同时种仁内部大部分营养物质开始迅速积累。通过转录组数据和蛋白质组数据综合分析油脂合成的调控网络，乙酰CoA羧化酶和**酸脱氢酶两个酶体系处于中心位置，在脂肪酸的合成过程中具有主导作用。北京dia蛋白组学价格蛋白组学研究组织,血液,植物,尿液,动物,细胞样品,酵母,微生物.。
作者运用iTRAQ标记定量蛋白组学对种子发育过程中蛋白质表达的定量比较，同时进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明所有鉴定的蛋白被分为29类，主要涉及翻译和碳水化合物代谢。并且作者绘制了p值小于0.01的前20条KEGG通路的气泡图。在三对比较中，普遍富集的途径包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代谢。其中，参与α-亚麻酸代谢的DAPs在S3 vs. S1组和S4 vs. S1组中都非常活跃。为了评估转录组和蛋白质组之间的一致性，以及了解转录后的mRNA在蛋白质水平上是如何表现的，作者进行了RNA-seq和iTRAQ分析的联合分析。证明DEGs和DAPs参与类黄酮的生物合成和脂肪酸代谢。
使用TMT标记定量蛋白质组学分析，与GFP-群体相比，在GFP+细胞中TM处理后，线粒体复合物IV的多个亚基被特异性下调，对下调的蛋白质进行基因本体 (GO)分析，显示参与线粒体电子传递链 (ETC) 的通路富集。同时作者还分析了从人 LM2 细胞系中分选的 LM2 GFP+和 GFP- 细胞，在 TM 处理 48 小时后蛋白组学分析，揭示了GFP+细胞优先富集，同时揭示了线粒体 ETC 相关的通路。因此，TM 处理特别影响具有更高细胞内铜水平的 SOX2/OCT4+ 细胞中的线粒体 ETC 通路。蛋白质组学分析确定了富含线粒体功能的途径。细胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一种线粒体金属酶，是线粒体ETC的终末酶。蛋白质组学-鹿明生物丨欧易生物。
本文为中国科学院海岸带研究所赵建民课题组在ScienceoftheTotalEnvironment期刊发表了的文章，通过iTRAQ标记定量蛋白质组学研究弧菌***加剧了海洋酸化造成的牡蛎免疫抑制效应。海洋酸化可能增加海洋软体动物疾病加剧的风险。从而将产生重大的经济和生态影响，因此本研究结果具有重要的指导意义。在本研究中，研究者将太平洋牡蛎暴露于酸化海水（约2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌进行***处理，以此研究海洋酸化是否会影响牡蛎对病原菌***的免疫反应。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白质组学方法，对牡蛎鳃这一潜在的造血部位进行了研究，以分析对OA和金氏弧菌共同作用较敏感的生理过程。蛋白质组学,修饰蛋白质组,蛋白·修饰·代谢。天津宏蛋白组学
蛋白组+代谢组+脂质组-数据分析系统。广东蛋白组学 武汉
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