代谢是生命活动中所有(生物)化学变化的总称，代谢活动是生命活动的本质特征和物质基础。代谢组学（metabonomics）是指通过组群指标分析，进行高通量检测和数据处理，研究生物体整体或组织细胞系统的动态代谢变化，特别是对内源代谢、遗传变异、环境变化乃至各种物质进入代谢系统的特征和影响的学科。生理意义上的代谢(metabolism)一词**早出现在1878年，源于原意为“变化或改变”(change)的希腊文“metabole”。“基因组学和蛋白质组学告诉你什么可能会发生，而代谢组学则告诉你什么确实发生了“代谢组学研究可分为两类：“发现代谢组学”(也称“非靶向代谢组学”)和“靶向代谢组...

有机酸靶向代谢组学研究：中文标题：通过代谢和转录组分析的综合分析鉴定控制东方甜瓜果实发育过程中可溶性糖和有机酸代谢的关键基因网络研究对象：甜瓜发表期刊：Front.PlantSci.影响因子：5.753发表时间：2022年5月12日合作单位:甘肃省农业科学院蔬菜研究所，中国农业大学园艺学院运用生物技术：非靶向代谢组学（由鹿明生物提供技术支持）、转录组学（由欧易生物提供技术支持）在本研究中，通过***的转录组分析和代谢物分析，作者发现东方甜瓜品种'甜宝'（A）的果实含糖量高，'小翠瓜'（B）的果实含糖量低，并同时在不同的发展阶段进行了比较。研究有助于阐明与甜瓜中糖和有机酸代谢相关的基因的动态和差...

微生物16S rRNA测序+代谢组学研究：标题：EphB6缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节孤独症行为期刊：MicrobiomeIF=14.650研究思路：*样本类型：小鼠粪便、脑组织*检测平台：LC-MS非靶向代谢组、16S微生物多样性检测自闭症谱系障碍（ASD）是一种发育障碍，目前对孤独症的**症状的有效***很有限。ASD患者临床研究证据表明，肠道菌群与ASD发展之间存在联系，但肠道菌群与ASD的脑功能障碍（肠脑轴）联系机制尚未完全阐明。在肠道稳态起着重要作用的EphB6基因（位于7q号染色体，属于受体酪氨酸激酶Eph家族），因基因突变和在ASD患者中表达下调，被认为是AS...

非靶向代谢组学研究：通过在三个成熟阶段收获两个东方甜瓜品种的果实作者使用非靶代谢组学联合转录组学发现可溶性糖和有机酸在转录组水平和代谢组水平的差异现象。这项研究运用多组学技术联合揭示了两个品种成熟过程中关键的代谢和转录特征。在本研究中，通过代谢和转录组分析的综合分析，研究了控制两个东方甜瓜品种'甜宝'和'小翠瓜'中糖和有机酸代谢的基因网络。筛选了与糖和有机酸代谢相关的关键代谢物和候选基因，并讨论了甜瓜品种甜度不同的可能解释。研究结果提高了对决定甜瓜发育和成熟过程中糖和有机酸积累和代谢的分子机制的理解。代谢组学大起底—探究小分子物质研究。上海非靶标代谢组学的样品前处理LC-MS和GC-MS两大平...

GC-MS非靶向代谢组学等研究方法：2021年10月，广东石油化工大学环境科学与工程学院孙建腾教授课题组在《Chemosphere》期刊发表的题为“Metabolomic analysis and oxidative stress response reveals the toxicity in Escherichia coli induced by organophosphate flame retardants tris (2-chloroethyl) phosphate and triphenyl phosphate”的研究成果，通过GC-MS非靶向代谢组学等研究方法，发现包括糖酵解/糖...

高通量代谢组学研究,中文标题：高通量代谢组学方法发现***羊藿提取物对骨质疏松症影响的代谢生物标志物及途径发表期刊：Frontiersinpharmacology影响因子：5.810发表时间：2020年8月发表单位：南昌大学***附属医院运用组学技术：超高效液相色谱法结合四极杆飞行时间质谱法技术（UPLC-Q-TOF/MS）代谢组学。本研究采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学对OP模型中的大鼠和不同剂量Ext-epi处理的大鼠进行分析，从大鼠血清代谢组学和标志物相关代谢途径中揭示了46种潜在生物。不同剂量组的Ext-epi对16种潜在的生物标志物具有***的逆转作用，涉及三种主要的代谢途径，...

GC-MS代谢组学和 LC-MS代谢组学研究：盐度的变化会影响甲壳类动物的生长、***和疾病状态。文章作者通过非靶代谢组学对青蟹适应盐度急性下降过程中的代谢变化进行了研究，利用GC-MS和LC-MS数据联合分析了青蟹应对盐度急性下降情况的主要代谢途径。研究结果表明，在急性低盐胁迫下，青蟹通过甘油磷脂代谢物调节生物膜的结构发生变化，然后通过ABCs转运蛋白运输氨基酸和碳水化合物，实现细胞内外的渗透平衡。此项研究体现了组学技术在机制研究中的重要作用。王春琳课题组深耕青蟹研究，近些年来探索青蟹对环境的适应变化也在各大期刊上发表：项目文章|iTRAQ蛋白组学助力宁波大学越冬期间拟穴青蟹代谢变化研究项目...

代谢组学数据提供了COVID-19患者各阶段循环代谢物特征的综合观点，并确定了葡萄糖代谢和尿素循环的代谢重编程是COVID-19的潜在病理机制。在****病程的不同阶段，靶向宿主代谢可能是一种可行的方法。非靶向代谢组学分析中，发现队列中的样品共鉴定出2466个代谢物峰，负离子模式631个、正离子模式下的1835个；通过筛选，鉴定出240种代谢物。轻症组的代谢物与正常组部分重合，而重症组和恢复组很容易区分(图1B)。240个代谢物中有193个与COVID-19***相关(图1C)。火山图显示了不同组代谢物与正常组相比上调下调的情况(图1D)；与正常组对比，***上调的代谢物：轻症组有48个，严重...

代谢组学数据提供了COVID-19患者各阶段循环代谢物特征的综合观点，并确定了葡萄糖代谢和尿素循环的代谢重编程是COVID-19的潜在病理机制。在****病程的不同阶段，靶向宿主代谢可能是一种可行的方法。非靶向代谢组学分析中，发现队列中的样品共鉴定出2466个代谢物峰，负离子模式631个、正离子模式下的1835个；通过筛选，鉴定出240种代谢物。轻症组的代谢物与正常组部分重合，而重症组和恢复组很容易区分(图1B)。240个代谢物中有193个与COVID-19***相关(图1C)。火山图显示了不同组代谢物与正常组相比上调下调的情况(图1D)；与正常组对比，***上调的代谢物：轻症组有48个，严重...

有机酸靶向代谢组学研究：中文标题：通过代谢和转录组分析的综合分析鉴定控制东方甜瓜果实发育过程中可溶性糖和有机酸代谢的关键基因网络研究对象：甜瓜发表期刊：Front.PlantSci.影响因子：5.753发表时间：2022年5月12日合作单位:甘肃省农业科学院蔬菜研究所，中国农业大学园艺学院运用生物技术：非靶向代谢组学（由鹿明生物提供技术支持）、转录组学（由欧易生物提供技术支持）在本研究中，通过***的转录组分析和代谢物分析，作者发现东方甜瓜品种'甜宝'（A）的果实含糖量高，'小翠瓜'（B）的果实含糖量低，并同时在不同的发展阶段进行了比较。研究有助于阐明与甜瓜中糖和有机酸代谢相关的基因的动态和差...

GC-MS非靶向代谢组，标题：银纳米颗粒改变种植和未种植黄瓜土壤中的微生物群落组成和代谢物谱期刊：EnvironmentalScience&Technology影响因子：9.028发表时间：2020年2月合作单位：南京大学环境学院运用生物技术：16SrRNA基因测序、GC-MS非靶向代谢组（由鹿明生物提供技术支持）。银纳米颗粒（AgNPs）是使用*****的工程纳米材料之一，泄露可能导致颗粒在土壤中积累，并对环境造成未知风险。有报告指出AgNPs可能通过影响根系分泌物间接对微生物群落功能和基因组多样性产生***影响，但对其机理了解甚少。土壤代谢物可作为土壤微生物群落变化的表型特征，但当前有关N...

代谢组学研究：浙江省农科院农产品质量营养所风险评估研究团队联合浙江工业大学在农药联合暴露效应机制研究中取得新进展，作者：杨桂玲，王彦华，李健，王豆，鲍志伟，王强（通讯作者），靳远详（共同通讯作者），在Journal of Hazardous Materials期刊发表了题为“Health risks of chlorothalonil, carbendazim, prochloraz, their binary and ternary mixtures on embryonic and larval zebrafish based on metabolomics analysis”的研究成果，...

本研究通过LC-MS和GC-MS双平台代谢组学研究方法，对92例样品5个时间点的尿液样品进行分析，分别找到了33种和155种与PM和生物气溶胶相关的差异标志物，结果揭示了年轻健康人在五个不同时间点的尿液代谢谱的动态变化，采用KEGG通路富集分析和时间序列分析确定了与短期共同暴露于空气中PM和生物气溶胶相关的几种潜在代谢物生物标志物，发现短期高浓度暴露于PM可能会导致代谢改变并降低应激***水平，这可能是与下丘脑-垂体-肾上腺和交感-肾上腺-髓质轴的***有关；而生物气溶胶剂则通过***系统对病理性成瘾有重要作用。其中尿液中的16-脱氢孕酮可能是PM暴露的潜在生物标志物；4-羟基苯乙醇可能是生物...

非靶代谢组学、靶向代谢组学技术研究，2021年9月暨南大学白卫滨课题组在Food Chemistry发表了题为 “Pyruvic acid stress caused color attenuation by interfering with anthocyanins metabolism during alcoholic fermentation”的研究成果，通过非靶代谢组学、靶向代谢组学等技术研究**酸胁迫对葡萄酒品质的影响，发现**酸过量会干扰酒精发酵过程中花青素的代谢，从而影响葡萄酒色泽。中文标题：**酸胁迫通过干扰酒精发酵过程中的花青素代谢导致葡萄酒颜色变浅研究对象：葡萄、酵母菌发表...

代谢组学等多组学研究，2021年12月30日复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学***创新中心高大明研究员、复旦大学附属中山医院**教授课题组合作在Cancer Cell上发表题为“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究论文，通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、微生物组学研究方法对262例肝内胆管*（iCCA）患者的配对**和*旁组织进行了分析，...

非靶向代谢组学研究：对于代谢物分析，作者对非靶代谢组学测定，共检测到4,346种代谢物。根据所有检测到的代谢物的投影中变量重要性（VIP）>1和p<0.05的筛选标准，在不同的比较组***研究了961种差异累积代谢物（DAM）（表1）。在A果实(AF)与B果实(BF)的相同成熟阶段，发现S3的DAM比S1和S2更丰富，这意味着DAM的主要变化发生在S3。随后，利用京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析进一步了解与两个东方甜瓜品种相关的生物学机制。其中，参与蔗糖和有机酸代谢的代谢物在果实中的积累差异更大，包括“半乳糖代谢”、“磷酸戊糖途径”、“果糖和甘露糖代谢”、“亚油酸代谢”和“花生四烯...

LC-MS非靶向代谢组学研究方法，2021年11月，宁波大学海洋科学学院王春琳团队在Frontiers in Marine Science期刊发表了题为“Metabolic Changes in Scylla paramamosain During Adaptation to an Acute Decrease in Salinity”的研究成果，通过LC-MS非靶向代谢组学研究方法，发现了氨基酸和能量代谢是参与青蟹适应盐度变化的主要因素，而脂质代谢物起辅助作用。中文标题：青蟹在适应盐度急剧下降过程中的代谢变化研究对象：青蟹发表期刊：FrontiersinMarineScience影响因子：4...

粪便代谢组分析，中文标题：二烯丙基二硫化物(DADS)通过调节肠道微生物群和代谢物来保护小鼠肠道及改善白色念珠菌***研究对象：小鼠粪便发表期刊：FrontiersinCellularandInfectionMicrobiology影响因子：5.293发表时间：2022年1月7日合作单位：复旦大学上海市第五人民医院创伤急危重症医学科运用生物技术：粪便代谢组分析（由鹿明生物提供技术支持）、微生物16SrRNA测序。文章通过建立DSS 诱导的肠道白色念珠菌小鼠模型，模拟人类肠道******。一方面证实了白色念珠菌可以增强 DSS 结肠炎的严重程度，另一方面通过微生物组学和代谢组学等手段确认了 DA...

GC-MS非靶向代谢组：随着纳米材料的产业化,各种形式的纳米材料将以不同途径进入人们的生活,纳米材料的生物安全性问题正受到世界各国科学家的***关注，本篇为2020年2月，南京大学环境学院课题组在Environmental Science & Technology杂志（IF=9.028）发表题为“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究论文。该研究运用16S rRNA基因测序...

土壤代谢组学：银纳米颗粒（AgNPs）是使用*****的工程纳米材料之一，泄露可能导致颗粒在土壤中积累，并对环境造成未知风险。有报告指出AgNPs可能通过影响根系分泌物间接对微生物群落功能和基因组多样性产生***影响，但对其机理了解甚少。土壤代谢物可作为土壤微生物群落变化的表型特征，但当前有关NPs暴露对土壤微生物群落影响的研究不包括对土壤代谢产物的分析。16S rRNA基因序列可以提供改变的土壤微生物群相关信息，鉴于它们的已知功能，人们可以对土壤生物化学的变化提出合理假设。本文作者利用16S rRNA基因测序和非靶向代谢组学方法，研究了AgNPs对土壤微生物群落的长期影响。代谢组学-方法与应...

通过转录组学和代谢组学（GC-MS非靶向代谢组学）对BPF暴露和对照组的细胞进行分析，筛选到差异的基因和代谢物。分别通过富集分析，找到差异基因或代谢物参与的条目或通路。***通过差异转录本、代谢物和促炎细胞因子的综合分析，揭露了它们之间的关系。本文通过多组学分析和体外模型的方式，发现了BPF暴露后肠上皮细胞转录组和代谢组谱的改变，揭露了BPF可能在肠道炎症发病机制的作用。中文标题：转录组学结合代谢组学揭示了双酚F(BPF)暴露对肠道炎症的影响研究对象：人结肠粘膜上皮细胞系(NCM460)发表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment影响因子：7.963发表时间：2021年1...

LC-MS+GC-MS双平台代谢组学研究案例，中文标题：使用无偏差代谢组学方法鉴定短期暴露于颗粒物和微生物气溶胶中的青年人尿液生物标志物研究对象：年轻健康志愿者发表期刊：EnvironmentalPollution影响因子：8.071发表时间：2022年4月17日合作单位：中国医学科学院医药生物技术研究所卫计委***生物工程重点实验室、中国中医科学院广安门医院运用生物技术：LC-MS代谢组学、GC-MS代谢组学(由鹿明生物提供技术支持)。本研究旨在使用LC-MS+GC-MS双平台代谢组学研究方法探索 92 名年轻健康个体的尿液代谢组学特征，并确定与短期共暴露相关的潜在生物标志物。代谢组学四大公...

代谢组学等多组学研究，2021年12月30日复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学***创新中心高大明研究员、复旦大学附属中山医院**教授课题组合作在Cancer Cell上发表题为“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究论文，通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、微生物组学研究方法对262例肝内胆管*（iCCA）患者的配对**和*旁组织进行了分析，...

GC-MS非靶向代谢组学yan'j2021年11月，上海交通大学医学院附属新华医院冯丽萍教授课题组在Science of the Total Environment期刊发表了题为“Transcriptomics integrated with metabolomics reveals the effect of Bisphenol F (BPF) exposure on intestinal inflflammation ”的研究成果，通过GC-MS非靶向代谢组学和转录组学研究方法，发现了BPF暴露的肠道毒性的特征，探究了可能的发病机理。 中文标题：转录组学结合代谢组学揭示了双酚F...

GC-MS非靶向代谢组研究，随着纳米材料的产业化,各种形式的纳米材料将以不同途径进入人们的生活,纳米材料的生物安全性问题正受到世界各国科学家的***关注，本篇为2020年2月，南京大学赵丽娟课题组在Environmental Science & Technology杂志发表题为“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究论文。该研究运用16S rRNA基因测序、GC-MS非靶向...

代谢组学等多组学研究，2021年12月30日复旦大学附属中山医院樊嘉院士、中国科学院上海药物研究所周虎研究员、中国科学院分子细胞科学***创新中心高大明研究员、复旦大学附属中山医院**教授课题组合作在Cancer Cell上发表题为“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究论文，通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、微生物组学研究方法对262例肝内胆管*（iCCA）患者的配对**和*旁组织进行了分析，...

GC-MS非靶向代谢组学研究，2022年2月，上海市农业科学院食用菌研究所鲍大鹏研究员课题组在《Frontiers in Microbiology》期刊发表的题为“Oxidative Stress and Autophagy Are Important Processes in Post Ripeness and Brown Film Formation in Mycelium of Lentinula edodes”的研究成果，通过iTRAQ标记定量蛋白组学、GC-MS非靶向代谢组学等技术对香菇菌丝进行定量蛋白质组学和代谢组学分析，发现氧化应激和自噬是香菇菌丝后熟转色重要过程，并对其在蛋白质...

有机酸靶向代谢组学研究：中文标题：通过代谢和转录组分析的综合分析鉴定控制东方甜瓜果实发育过程中可溶性糖和有机酸代谢的关键基因网络研究对象：甜瓜发表期刊：Front.PlantSci.影响因子：5.753发表时间：2022年5月12日合作单位:甘肃省农业科学院蔬菜研究所，中国农业大学园艺学院运用生物技术：非靶向代谢组学（由鹿明生物提供技术支持）、转录组学（由欧易生物提供技术支持）在本研究中，通过***的转录组分析和代谢物分析，作者发现东方甜瓜品种'甜宝'（A）的果实含糖量高，'小翠瓜'（B）的果实含糖量低，并同时在不同的发展阶段进行了比较。研究有助于阐明与甜瓜中糖和有机酸代谢相关的基因的动态和差...

GC-MS非靶向代谢组：随着纳米材料的产业化,各种形式的纳米材料将以不同途径进入人们的生活,纳米材料的生物安全性问题正受到世界各国科学家的***关注，本篇为2020年2月，南京大学环境学院课题组在Environmental Science & Technology杂志（IF=9.028）发表题为“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究论文。该研究运用16S rRNA基因测序...

本研究通过LC-MS和GC-MS双平台代谢组学研究方法，对92例样品5个时间点的尿液样品进行分析，分别找到了33种和155种与PM和生物气溶胶相关的差异标志物，结果揭示了年轻健康人在五个不同时间点的尿液代谢谱的动态变化，采用KEGG通路富集分析和时间序列分析确定了与短期共同暴露于空气中PM和生物气溶胶相关的几种潜在代谢物生物标志物，发现短期高浓度暴露于PM可能会导致代谢改变并降低应激***水平，这可能是与下丘脑-垂体-肾上腺和交感-肾上腺-髓质轴的***有关；而生物气溶胶剂则通过***系统对病理性成瘾有重要作用。其中尿液中的16-脱氢孕酮可能是PM暴露的潜在生物标志物；4-羟基苯乙醇可能是生物...