微生物16S rRNA测序+代谢组学研究：标题：EphB6缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节孤独症行为期刊：MicrobiomeIF=14.650研究思路：*样本类型：小鼠粪便、脑组织*检测平台：LC-MS非靶向代谢组、16S微生物多样性检测自闭症谱系障碍（ASD）是一种发育障碍，目前对孤独症的**症状的有效***很有限。ASD患者临床研究证据表明，肠道菌群与ASD发展之间存在联系，但肠道菌群与ASD的脑功能障碍（肠脑轴）联系机制尚未完全阐明。在肠道稳态起着重要作用的EphB6基因（位于7q号染色体，属于受体酪氨酸激酶Eph家族），因基因突变和在ASD患者中表达下调，被认为是ASD的候选基因。但尚不清楚EphB6在调节肠道菌群和ASD发生的作用机制。本研究中作者发现EphB6在功能上与ASD相关，并通过肠道菌群介导的维生素B6和多巴胺，调节患者自闭症样行为。作者建立了EphB6缺陷小鼠肠道菌群失调与内侧前额叶皮层（mPFC）（关键的肠脑功能轴）的兴奋/抑制失衡之间的功能联系。代谢组学、空间代谢组学多组学联合分析服务。北京血浆 代谢组学
作者研究发现**酸过量会导致葡萄酒颜色变浅，但**酸干扰对酵母细胞繁殖和β-葡萄糖苷酶活性均无***影响，随后通过非靶代谢组学、靶向代谢组学等技术研究**酸干扰过程中葡萄酒代谢物的变化，发现**酸过量会干扰酒精发酵过程中花青素的代谢，通过加速其异构化来削弱花青素浓度，从而影响葡萄酒色泽，因而在葡萄酒生产中过程中应避免**酸过量。通过非靶代谢组学技术，能够了解发酵过程中，发酵液代谢物的变化情况。了解到在糖酵解过程中，多余的PA会扰乱糖酵解和三羧酸循环的过程，从而深入了解葡萄酒发酵过程中颜色变化的原因。上海鹿明生物科技有限公司多年来，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。目前鹿明生物在顶空代谢组学研究已经有了成熟的技术方法和多项项目经验。上海质代谢组学中科代谢组学-鹿明生物-欧易生物 以生物体内所有代谢产物为研究对象。
土壤代谢物可以间接反映微生物代谢过程的变化，使用基于GC-MS的非靶向代谢组学，在土壤样品***鉴定272种代谢物并对其进行非靶向代谢组学定量，定量结果表明AgNPs暴露***改变了土壤代谢物的分布。通过参数VIP>1.5，在土壤中鉴定出20种具有重要变化的代谢物（图3I），除少数几个代谢物上调，大多数代谢物减少，表明AgNPs暴露通常会对土壤微生物的代谢产生负面影响。土壤代谢组学可以揭示土壤微生物群落如何在分子水平上应对AgNPs并作出反应，包括毒性机制和***策略。
GC-MS代谢组学结果：通过GC-MS代谢组学观察到 92种化合物，其中，49种与数据库中可用的化合物相匹配，包括重要的发酵代谢物，如葡萄糖、**酸、琥珀酸和几种 (n=10) 初级氨基酸。NMR也观察到了七种已鉴定的化合物。通过 GC-MS 测量，表面（15 厘米）SOM 中的糖和氨基酸浓度随温度处理而变化，随着温度的升高，通常趋向于更高的糖浓度和更低的游离氨基酸浓度（图 3）。谷氨酰胺在氨基酸中是一个明显的例外，在浓度与温度处理中观察到了积极的趋势（图 3）。此外，与植物应激反应相关的化合物（油酸、肌醇、半乳糖醇和 4-羟基-3-甲氧基苯甲酸）随温度升高而增加（SI 附录，图 S5）。代谢组学——研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。
LC-MS靶向代谢组学研究本篇文章通过LC-MS靶向代谢组学和16S rRNA基因序列分析，探究谷物在加工传统饮料ogi过程中******的减少和细菌群落的动态变化。同时，从粮食安全方面考虑，谷物的污染水平低、较安全，又优于玉米，可以代替受******污染的玉米品种。欧易/鹿明生物推出的16s+代谢组学的多层组学研究思路继本篇文章前已先后助力了浙江工业大学、中国农科院、青岛农业大学等在微生物一区顶刊Microbiome、医学一区顶刊GUT发表文章。项目文章PBP | 浙江工业大学傅正伟运用GC-MS非靶向代谢组学和16S探究水稻根际微生物群落影响项目文章 | 恭喜中国农科院及青岛农业大学团队继GUT后又喜发微生物顶刊Microbiome。非靶标代谢组学预实验，周期短，报告快，专业可信耐。北京代谢组学收费
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代谢组学基于多元统计分析方法进行的，在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品：**少6次，建议8次生物学重复；另外要注意的是，样品不能pooling，不能反复冻融，血清/血浆不能溶血。如果是用血浆，请用肝素钠抗凝，EDTA抗凝效果不好。模式动物及微生物样品：**少8次，建议10次生物学重复；临床样品：30次生物学重复以上，如组织样品不好取样，可控制在20次重复以上。代谢组学面临的重大挑战：对未知物的鉴定；标准数据集的建立；与其他数据的整合；北京血浆 代谢组学
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