iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法：2021年4月，南京林业大学喻方圆教授（一作：吴岐奎）课题组在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊发表了题为“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果，通过转录组学+iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法，分析东京野茉莉种子发育过程中脂肪酸生物合成相关基因的表达趋势，确定油脂积累的主要影响因子并构建其调控网络。为野茉莉属植物种子油用研究和后续功能分析研究提供了一定的研究基础。蛋白质组学的特点蛋白质组和蛋白质组学的概念。上海蛋白组学数据上传
转录组学和蛋白质组学分析作者通过转录组学和蛋白质组学分析暴露于DON的C2C12细胞的差异基因（DEG）。转录组学鉴定了2387个DEG，其中72%被下调。蛋白质组学鉴定出402个DEG，其中74%被下调。GO和KEGG通路富集分析表明，转录组学DEGs参与了“男性主要性征的发育”、“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“骨骼肌收缩的调节”等生物学过程。**富集的通路是“ECM-受体相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白质消化吸收”。蛋白质组学分析中，富集到了“肌肉收缩”、“中间丝解聚”和“脂质转运”等生物学过程。细胞成分中富集到“细胞骨架”、“细胞外基质”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和庆大霉素生物合成”、“系统性红斑狼疮”、“ECM-受体相互作用”和“蛋白质消化和吸收”。前两条通路与上调的DEG相关，而后两条通路与下调的DEG相关，这与转录组学结果一致。广东水稻蛋白组学研究TMT/iTRAQ标记定量蛋白组学 差异表达蛋白质组分析研究。
作者通过iTRAQ蛋白质组学技术鉴定敲低NMT1后发生变化的蛋白质。结果鉴定到三种上调蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六种下调蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（图2A）。作者将这些蛋白质分别命名为N-豆蔻酰化下调蛋白(NDP)和上调蛋白(NUP)。有趣的是，敲低NMT1会减少NDP和NUP的N-豆蔻酰化，而过表达NMT1会诱导NDP和NUP的N-豆蔻酰化（图2B）。在小鼠模型中，敲除NMT1会导致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化，这可以通过在肝脏中表达外源性NMT1来部分逆转（图2C）。这些发现表明，尽管NMT1对NDP和NUP的表达起着相反的作用，但NMT1同时刺激NDP和NUP的N-豆蔻酰化。
本研究采用串联质量标签（TMT）标记的蛋白质组学和平行反应监测（PRM）技术，对莲子脱水过程中的生理调控网络进行了深入研究表明，碳水化合物代谢（包括糖酵解/糖异成、半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢、磷酸戊糖途径和细胞壁组织）、ER中的蛋白质加工、DNA修复和抗氧化事件对莲种胎脱水有积极的反应。在莲种胚脱水过程中，非酶促抗氧化剂和戊糖磷酸和维生素E作为主要的抗氧化剂，在脱水过程中维持荷花胚胎的REDOX平衡。这些结果为揭示荷花胚胎脱水保护机制的生理学调控网络提供了酶途径在抗氧化保护中起着主要作用。应激生理学检测表明，H2O2是诱发氧化应激损伤的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的见解。欧易生物鹿明生物蛋白组学联合分析。
TMT蛋白质组学探究案例：2021年9月，安徽农业大学张照亮教授课题组在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊发表了题为“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果，通过TMT蛋白质组学和泛素化蛋白质组学研究方法，发现了氮缺乏条件下茶树根部响应的差异表达蛋白和泛素化蛋白质，为茶氨酸和黄酮类生物合成的调控提供了新的见解，为茶树翻译后修饰调控次生代谢的研究提供了理论依据。蛋白组学专业客服在线为您答疑 。内蒙古怎么分析蛋白组学数据
定量蛋白质组学 蛋白质进行质谱检测未知蛋白进行全检测。上海蛋白组学数据上传
使用TMT标记定量蛋白质组学分析，与GFP-群体相比，在GFP+细胞中TM处理后，线粒体复合物IV的多个亚基被特异性下调，对下调的蛋白质进行基因本体 (GO)分析，显示参与线粒体电子传递链 (ETC) 的通路富集。同时作者还分析了从人 LM2 细胞系中分选的 LM2 GFP+和 GFP- 细胞，在 TM 处理 48 小时后蛋白组学分析，揭示了GFP+细胞优先富集，同时揭示了线粒体 ETC 相关的通路。因此，TM 处理特别影响具有更高细胞内铜水平的 SOX2/OCT4+ 细胞中的线粒体 ETC 通路。蛋白质组学分析确定了富含线粒体功能的途径。细胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一种线粒体金属酶，是线粒体ETC的终末酶。上海蛋白组学数据上传
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