采用TMT标记定量蛋白质组学技术对三个脱水特殊阶段（21、27和40DAP）的新鲜莲种胎进行了蛋白质组学分析，共鉴定了5,477个蛋白质。对测试样本进行了PCA分析，结果显示，不同组间样品具有很好的区分，每组的三个重复样本被聚集在一起。PCA的前两个成分占总方差的70％以上（图2A）。三个试验组之间共有815个差异表达蛋白。其中，198个（32%）和198个（26%）蛋白质丰度增加，而420个（68%）和558个（74%）蛋白质丰度在27DAP和40DAP组分别下降（图2B）。只有30个蛋白质的丰度在27DAP和40DAP组之间具有***变化（图2C）。蛋白组+代谢组+脂质组-数据分析系统。安徽slac定量蛋白组学
采用RNA-Seq转录组学分析和DIA蛋白质组学分析，研究了AC和AL对db/db小鼠的影响。转录组分析共鉴定出16812种不同的蛋白质编码转录本。其中，2837个（约16.9%）在正常组和对照组之间有***差异，表明db/db小鼠在转录水平上与野生型小鼠***不同。与对照组相比，共有3749个基因因摄入AC而发生***改变（2201个下调，1548个上调），560个基因（430个下调，130个上调）因摄入AL而发生***改变（图3B）。DIA蛋白质组学分析鉴定出2729种蛋白质。正常组和对照组之间共发现1059个（约占总鉴定蛋白质的38.8%）DEPs，AC处理有230个蛋白质发生***变化（109个上调，121个下调），AL处理有211个蛋白质发生***变化（116个上调，95个下调）。安徽植物蛋白组学研究蛋白质组学技术简介及应用场景。
蛋白质组定量到了10,529种蛋白质，磷酸化蛋白质组定量到了来自9,832个磷酸化蛋白的62,879个磷酸化位点。基因组确定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在内的16个***改变的**驱动基因（图1A）。与西方iCCA人群队列相比，本文队列显示出更高的KRAS突变频率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突变频率（图1B）。在FU-iCCA队列中观察到黄曲霉***和马兜铃酸特征（图1C）。通过比较具有或不具有黄曲霉***特征的所有**的多组学数据，发现具有黄曲霉***特征的**显示出DNA修复和细胞周期通路的上调以及细胞凋亡、***炎症和免疫通路的下调（图1E）。进一步分析显示，TP53突变与黄曲霉***特征***相关（图1F和1G）。
DIA蛋白组学：SAPHO综合征是一种侵犯皮肤和骨骼的炎症性疾病，其发病率低，表现形式多样，诊断困难。2022年1月，由北京中医药大学课题组在J Proteomics.期刊发表的题为“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通过DIA蛋白组学研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白质组谱，为疾病诊断提供了潜在的生物标志物。同时作者发现补体系统抑制剂如CFH和C4BP在SAPHO综合征中表达上调，这可能在SAPHO综合征的发病机制中发挥重要作用。靶向蛋白质组学，信号通路蛋白靶点高通量分析。
为了更好地了解DON对C2C12细胞分化的影响，作者进行了转录组学和蛋白质组学的整合分析。共鉴定了149个共同的***差异基因（co-DEG），其中91%被共下调（图3A）。15%的co-DEG属于真核细胞骨架，其中大部分属于肌动蛋白丝，少数是中间丝和微管的成分。对co-DEG进行GO分析，生物学过程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“快肌纤维收缩的正向调节”条目。细胞组分中富集的**个条目是“纤维蛋白原复合物”、“细胞外空间”、“细胞外基质”、“细胞外区域”和“蛋白质细胞外基质”，这些都是细胞外成分（图3B）。结果表明，DON主要影响肌肉成分的组成和功能以及多种细胞外成分的表达。通路富集分析富集到了“ECM-受体相互作用”、“蛋白质消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘着斑”等通路。蛋白质组学,Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。上海酶蛋白组学
蛋白质组学测序 蛋白组学技术缺点。安徽slac定量蛋白组学
在本研究中，利用iTRAQ标记定量蛋白组学方法对东京野茉莉种子发育的4个时间点采样进行蛋白质组学分析。获得了2338个蛋白和1473个DEPs。Mfuzz聚类分析显示，在种子发育过程中，转录本和蛋白质组之间存在相当大的时序一致性。在四个发育时期中，花后70天（种子发育活跃期）是视为东京野茉莉种仁发育的关键时期：在该阶段与脂肪酸生物合成相关的功能基因和酶蛋白均达到表达峰值，同时种仁内部大部分营养物质开始迅速积累。通过转录组数据和蛋白质组数据综合分析油脂合成的调控网络，乙酰CoA羧化酶和**酸脱氢酶两个酶体系处于中心位置，在脂肪酸的合成过程中具有主导作用。安徽slac定量蛋白组学
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