AFADESI-MSI空间代谢组学:生物组织**能代谢物的空间分布可以更深层次的理解组织特异性分子组织学和病理学。问题的**在于开发一种非靶向、高灵敏度、高覆盖和高特异性的成像方法,能够可视化大量代谢产物在其自然状态下的空间分布。将功能代谢物的空间和时间变化与组织结构和生物功能联系起来,从根本上解释组织在分子水平上发生了什么。AFADESI-MSI 是一种高灵敏、高覆盖、宽动态范围、强特异性的组织代谢物成像分析技术,灵敏度可达到 pg 级,且代谢物含量动态范围跨越 3 个数量级,实现了组织微区的精确表征和质量数相近代谢物的准确识别,可对组织大小为 1 mm×1 mm~1.5 cm×3.5 cm 的样本进行代谢物空间成像分析。空间代谢组技术流程 。北京空间代谢组学的样本量
空间代谢组学(AFADESI-MSI):中文标题:使用敞开式质谱成像技术及代谢组学绘制大鼠脑代谢网络图研究对象:大鼠脑发表期刊:AnalyticalChemistry影响因子:6.986发表时间:2021年4月23日研究单位:中国医学科学院药物研究所天然药物活性物质与功能国家重点实验室运用生物技术:空间代谢组学(AFADESI-MSI)。大脑是结构**复杂的***之一,主要功能与其微区的分子相互作用密切相关。大脑的小分子调节机制对理解***功能、精神疾病机理和药物研发有很大的帮助。动物的认知过程和行为控制均依赖于脑部强大的***网络——神经连接体。科学家进行了很多研究,但是对脑部小分子网络的研究仍有不足。广东空间代谢组学和普通代谢组学空间代谢组学基本研究流程。
空间代谢组学:该技术解决了生物组织中低含量代谢物难检测、覆盖种类少和成像质量差等技术难题,可实现生物组织中约1500个代谢物的成像分析,包括胆碱类、多胺类、氨基酸类、肉碱类、核苷类、核苷酸类、有机酸类、碳水化合物类、胆固醇类、胆酸类和脂质类等,并精确表征与识别功能代谢物在组织亚区域的分布特征。在获得AFADESI-MSI平台原创团队全力支持下,经过前期的研发以及1年时间的技术服务积累,鹿明生物已经完成了心脏、脑、**、肠道、肝脏、肾脏、皮肤等二十几种临床/动物/植物组织样本的空间代谢组学检测及分析,积累了丰富的样本前处理经验。
空间代谢组学研究作者对P493-6B细胞淋巴瘤系(BCL)进行了全基因组表达谱、核突变和ChIP分析,发现MYC诱导增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相关蛋白在内的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表达,在MYC诱导的肝细胞*(HCC)、急性白血病(T-ALL)和肾细胞*(RCC)的三种体内转基因小鼠模型中也有类似表达。还发现MYC与这些FA合成基因的启动子结合并启动mRNA转录,如甲羟戊酸和胆固醇途径基因的启动子。为了了解MYC和SREBP1之间的相互作用,作者首先,对这两种蛋白进行ChIP和re-ChIP分析,证明MYC和SREBP1都可以发现与FA合成基因启动子中的相同DNA分子结合(图1)。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表达,但不降低MYC基因的表达。其次,ChIP的MYC与启动子结合,不仅调节FA合成基因的表达,还调节糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表达。因此,MYC似乎会依次调节参与脂质合成的基因:首先诱导葡萄糖和谷氨酰胺,然后诱导FA合成相关基因。通过RNA测序(RNA-seq)发现,增加MYC水平会引起糖酵解、谷氨酰胺分解和FA合成。鹿明生物空间代谢组多组学服务。
作者进行了空间代谢组学(∼50μm的空间分辨率),并根据m/z848.63和m/z844.52对主要的髓鞘标志物进行了成像,推测它们分别属于Cer(D18:1/24:1)和PC(38:6)(图2G)。白质和灰质的代表性质谱如图2H所示。结果表明,使用拉曼光谱结构信息和空间代谢组学对髓鞘中的脂质进行特定的成分分析是可能的。对单个有髓组织成分光谱的分析证实,构成有髓组织光谱的主要分子是脂质,包括脑苷脂、胆固醇、鞘磷脂、磷脂酰胆碱,以及程度较小的蛋白质(图2F)。空间代谢组学又有什么用呢?。北京空间代谢组学的样本量
鹿明生物空间代谢组学。北京空间代谢组学的样本量
AFADESI-MSI空间代谢组学分析了对照组和东莨菪碱***的大鼠矢状脑切片,将发现的代谢物***映射代谢网络,并通过代谢组学分析发现空间代谢变化。不仅可以对药物准确定量,还可以检测代谢网络相关的数百种内源性代谢物在大脑特定区域的分布。图5显示了代谢网络中检测到的各种代谢物,以及在不同大脑微区代谢物的明显改变。如图5A所示,找到三种代谢物(N-甲酰基尿氨酸、L-色氨酸和5-羟色氨酸),属于色氨酸代谢途径,意味着东莨菪碱会干扰色氨酸的代谢过程。作者分析了东莨菪碱***组大鼠脑的十个微区,发现脑桥中有16种表达异常的代谢产物,而在大脑皮层中发现了7种。表明在东莨菪碱***下,脑桥和大脑皮层可能是受影响**严重的区域。北京空间代谢组学的样本量
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