作者运用iTRAQ标记定量蛋白组学对种子发育过程中蛋白质表达的定量比较，同时进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明所有鉴定的蛋白被分为29类，主要涉及翻译和碳水化合物代谢。并且作者绘制了p值小于0.01的前20条KEGG通路的气泡图。在三对比较中，普遍富集的途径包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代谢。其中，参与α-亚麻酸代谢的DAPs在S3 vs. S1组和S4 vs. S1组中都非常活跃。为了评估转录组和蛋白质组之间的一致性，以及了解转录后的mRNA在蛋白质水平上是如何表现的，作者进行了RNA-seq和iTRAQ分析的联合分析。证明DEGs和DAPs参与类黄酮的生物合成和脂肪酸代谢。蛋白组学常见研究模式,蛋白样本准备注意事项以及经典案例解读。浙江shotgun蛋白组学
蛋白质是生命活动的主要执行者，而蛋白质磷酸化修饰是生物体内**重要的共价修饰方式之一，真核生物体内有超过三分之一的蛋白可以发生磷酸化修饰。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及**发生等过程在内的所有生命活动。单一的磷酸化蛋白质组学只能解释蛋白磷酸化水平发生的变化，而[黄金搭档]——蛋白质组与磷酸化蛋白质组联合分析，则在揭示疾病相关特性、筛选疾病生物标志物、寻找药物靶点等方面发挥了更加重要的作用。广东口腔蛋白组学蛋白组学研究必看的经典综述。
DIA蛋白组学：SAPHO综合征是一种侵犯皮肤和骨骼的炎症性疾病，其发病率低，表现形式多样，诊断困难。2022年1月，由北京中医药大学课题组在J Proteomics.期刊发表的题为“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通过DIA蛋白组学研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白质组谱，为疾病诊断提供了潜在的生物标志物。同时作者发现补体系统抑制剂如CFH和C4BP在SAPHO综合征中表达上调，这可能在SAPHO综合征的发病机制中发挥重要作用。
作者进行了综合分析，将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中，并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明，组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说，组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明，α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明，半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径，此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学的组合可以提高预测和诊断DKD的准确性和稳定性。血清综合组学的生物标志物可用于DKD的预警和诊断。该研究为优化DKD的管理提供了数据资源。研究机构,提供蛋白组学联合分析,技术咨询服务。
作者使用通过单细胞蛋白组学产生的数据来观察在肾小球细胞或近端肾小管中***丰富的蛋白质细胞。208个Glom富集区蛋白富含囊泡中间运输和细胞成分组织调节作为其**重要的生物学过程，细胞骨架蛋白结合和肌动蛋白结合是**重要的分子功能，肌动蛋白细胞骨架是**丰富的细胞成分。富含247个PT的蛋白质主要集中在小分子代谢过程和药物代谢过程中。在**重要的分子功能中，这些蛋白质的氧化还原酶活性和催化活性丰富。*在GLOM切片中发现的67种蛋白质中，有41种已被报导存在于肾脏中，在这41种蛋白质中，18种(43.9%)与单细胞蛋白组学结果一致，23种(56.1%)在GLOM中与小管相比没有增加。蛋白质组学ppt 蛋白组学测序一个多少钱。广东口腔蛋白组学
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为了更好地了解DON对C2C12细胞分化的影响，作者进行了转录组学和蛋白质组学的整合分析。共鉴定了149个共同的***差异基因（co-DEG），其中91%被共下调（图3A）。15%的co-DEG属于真核细胞骨架，其中大部分属于肌动蛋白丝，少数是中间丝和微管的成分。对co-DEG进行GO分析，生物学过程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“快肌纤维收缩的正向调节”条目。细胞组分中富集的**个条目是“纤维蛋白原复合物”、“细胞外空间”、“细胞外基质”、“细胞外区域”和“蛋白质细胞外基质”，这些都是细胞外成分（图3B）。结果表明，DON主要影响肌肉成分的组成和功能以及多种细胞外成分的表达。通路富集分析富集到了“ECM-受体相互作用”、“蛋白质消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘着斑”等通路。浙江shotgun蛋白组学
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