为了验证TMT蛋白组学数据,作者选择了18个与莲种胚脱水保护功能密切相关的候选DEPs进行PRM蛋白靶向验证。PRM鉴定了18个候选DEPs。这些蛋白质的表达模式在PRM和TMT的定量结果之间显示出类似的趋势。然而,PRM检测到的蛋白丰度的倍数变化值要大于TMT数据。这一结果在很大程度上支持了TMT数据的可靠性。基于TMT标记定量蛋白质组学的生物信息学分析,对胁迫生理指标进行了测定,以验证莲种胚脱水的保护机制。在快速脱水阶段,REC和MDA含量的变化与RWC相反,它们的水平迅速增加(图6A,B)。ABA含量在快速脱水和脱水成熟阶段前略有增加(图6C)。上4D-蛋白组+代谢组双平台知识干货带您。安徽药物蛋白组学
作者进行了综合分析,将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中,并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明,组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说,组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明,α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明,半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径,此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学的组合可以提高预测和诊断DKD的准确性和稳定性。血清综合组学的生物标志物可用于DKD的预警和诊断。该研究为优化DKD的管理提供了数据资源。山东蛋白组学数据处理靶向蛋白质组学,信号通路蛋白靶点高通量分析。
作者运用iTRAQ标记定量蛋白组学对种子发育过程中蛋白质表达的定量比较,同时进行GO和KEGG通路富集分析。结果表明所有鉴定的蛋白被分为29类,主要涉及翻译和碳水化合物代谢。并且作者绘制了p值小于0.01的前20条KEGG通路的气泡图。在三对比较中,普遍富集的途径包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代谢。其中,参与α-亚麻酸代谢的DAPs在S3 vs. S1组和S4 vs. S1组中都非常活跃。为了评估转录组和蛋白质组之间的一致性,以及了解转录后的mRNA在蛋白质水平上是如何表现的,作者进行了RNA-seq和iTRAQ分析的联合分析。证明DEGs和DAPs参与类黄酮的生物合成和脂肪酸代谢。
蛋白质组定量到了10,529种蛋白质,磷酸化蛋白质组定量到了来自9,832个磷酸化蛋白的62,879个磷酸化位点。基因组确定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在内的16个***改变的**驱动基因(图1A)。与西方iCCA人群队列相比,本文队列显示出更高的KRAS突变频率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突变频率(图1B)。在FU-iCCA队列中观察到黄曲霉***和马兜铃酸特征(图1C)。通过比较具有或不具有黄曲霉***特征的所有**的多组学数据,发现具有黄曲霉***特征的**显示出DNA修复和细胞周期通路的上调以及细胞凋亡、***炎症和免疫通路的下调(图1E)。进一步分析显示,TP53突变与黄曲霉***特征***相关(图1F和1G)。蛋白质组学,修饰蛋白质组,蛋白·修饰·代谢。
iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法:2021年7月,海南大学园艺园林学院吴友根教授课题组等在《Horticulture Research》期刊发表了题为“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果,通过RNA测序(RNA-seq)和iTRAQ标记定量蛋白组学技术研究方法,发现了油茶种子成熟过程中与油质相关关键代谢产物的积累模式特征,探究了不同成熟度油茶转录组和蛋白质组谱机理,描绘了海南油茶种子成熟过程的动态变化图谱。为该树种的遗传改良提供了理论依据。单细胞蛋白组学之质谱流式细胞技术 。江西蛋白组学测试多少钱
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TMT蛋白质组学探究案例:2021年9月,安徽农业大学张照亮教授课题组在Journal of Agricultural and Food Chemistry期刊发表了题为“Nitrogen-Regulated Theanine and Flavonoid Biosynthesis in Tea Plant Roots: Protein-Level Regulation Revealed by Multiomics Analyses”的研究成果,通过TMT蛋白质组学和泛素化蛋白质组学研究方法,发现了氮缺乏条件下茶树根部响应的差异表达蛋白和泛素化蛋白质,为茶氨酸和黄酮类生物合成的调控提供了新的见解,为茶树翻译后修饰调控次生代谢的研究提供了理论依据。安徽药物蛋白组学
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