iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法:2021年4月,南京林业大学喻方圆教授(一作:吴岐奎)课题组在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊发表了题为“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果,通过转录组学+iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法,分析东京野茉莉种子发育过程中脂肪酸生物合成相关基因的表达趋势,确定油脂积累的主要影响因子并构建其调控网络。为野茉莉属植物种子油用研究和后续功能分析研究提供了一定的研究基础。单细胞蛋白组学之质谱流式细胞技术 。天津研究蛋白组学的方法
在本研究中,利用iTRAQ标记定量蛋白组学方法对东京野茉莉种子发育的4个时间点采样进行蛋白质组学分析。获得了2338个蛋白和1473个DEPs。Mfuzz聚类分析显示,在种子发育过程中,转录本和蛋白质组之间存在相当大的时序一致性。在四个发育时期中,花后70天(种子发育活跃期)是视为东京野茉莉种仁发育的关键时期:在该阶段与脂肪酸生物合成相关的功能基因和酶蛋白均达到表达峰值,同时种仁内部大部分营养物质开始迅速积累。通过转录组数据和蛋白质组数据综合分析油脂合成的调控网络,乙酰CoA羧化酶和**酸脱氢酶两个酶体系处于中心位置,在脂肪酸的合成过程中具有主导作用。内蒙古怎么分析蛋白组学数据蛋白质组学生物标志物&机制研究一站式服务。
采用RNA-Seq转录组学分析和DIA蛋白质组学分析,研究了AC和AL对db/db小鼠的影响。转录组分析共鉴定出16812种不同的蛋白质编码转录本。其中,2837个(约16.9%)在正常组和对照组之间有***差异,表明db/db小鼠在转录水平上与野生型小鼠***不同。与对照组相比,共有3749个基因因摄入AC而发生***改变(2201个下调,1548个上调),560个基因(430个下调,130个上调)因摄入AL而发生***改变(图3B)。DIA蛋白质组学分析鉴定出2729种蛋白质。正常组和对照组之间共发现1059个(约占总鉴定蛋白质的38.8%)DEPs,AC处理有230个蛋白质发生***变化(109个上调,121个下调),AL处理有211个蛋白质发生***变化(116个上调,95个下调)。
iTRAQ标记定量蛋白组学技术鉴定AHSG和RPL29分别是上调和下调*****的蛋白。301份肝*标本的统计分析表明AHSG与NMT1呈正相关,而RPL29与NMT1呈负相关(图8A)。此外,NMT1和AHSG均与**分期正相关,而RPL29与肝*的**分期呈负相关(图8B)。值得注意的是,NMT1和AHSG水平较高的肝*患者的生存率低于水平较低的肝*患者(图8C)。而较高水平的RPL29表明存活率较高(图8C)。这些数据表明NMT1、NUP和NDP与肝*的临床结果密切相关。iTRAQ蛋白质组学技术鉴定NMT1敲除时发生变化的蛋白质;蛋白组学近期研究进展的盘点。
作者使用通过单细胞蛋白组学产生的数据来观察在肾小球细胞或近端肾小管中***丰富的蛋白质细胞。208个Glom富集区蛋白富含囊泡中间运输和细胞成分组织调节作为其**重要的生物学过程,细胞骨架蛋白结合和肌动蛋白结合是**重要的分子功能,肌动蛋白细胞骨架是**丰富的细胞成分。富含247个PT的蛋白质主要集中在小分子代谢过程和药物代谢过程中。在**重要的分子功能中,这些蛋白质的氧化还原酶活性和催化活性丰富。*在GLOM切片中发现的67种蛋白质中,有41种已被报导存在于肾脏中,在这41种蛋白质中,18种(43.9%)与单细胞蛋白组学结果一致,23种(56.1%)在GLOM中与小管相比没有增加。单细胞蛋白组学之质谱流式细胞技术。吉林研究蛋白组学的方法
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转录组学和蛋白质组学分析作者通过转录组学和蛋白质组学分析暴露于DON的C2C12细胞的差异基因(DEG)。转录组学鉴定了2387个DEG,其中72%被下调。蛋白质组学鉴定出402个DEG,其中74%被下调。GO和KEGG通路富集分析表明,转录组学DEGs参与了“男性主要性征的发育”、“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“骨骼肌收缩的调节”等生物学过程。**富集的通路是“ECM-受体相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白质消化吸收”。蛋白质组学分析中,富集到了“肌肉收缩”、“中间丝解聚”和“脂质转运”等生物学过程。细胞成分中富集到“细胞骨架”、“细胞外基质”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和庆大霉素生物合成”、“系统性红斑狼疮”、“ECM-受体相互作用”和“蛋白质消化和吸收”。前两条通路与上调的DEG相关,而后两条通路与下调的DEG相关,这与转录组学结果一致。天津研究蛋白组学的方法
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