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CIRCLE-seq和CHANGE-seq与SITE-seq同期发表的CIRCLE-seq一定程度上解决了SITE-seq的一些问题。CIRCLE-seq的第一步是将纯化后的基因组DNA随机打断成300bp左右的片段，然后首尾相连成环状DNA，这种方法很好地避免了DNA随机断裂造成的背景噪声。实验的第二步是用Cas9切割环状DNA，再连上接头并进行双端测序，这样就可以在一次测序中同时获取切割位点的两侧序列，弥补了SITE-seq的另一个缺点。CIRCLE-seq从总体上来说要优于SITE-seq，但是将基因组DNA随机打断后成环的效率并不高，所以同一作者在3年后发表了CHANGE-seq，用Tn5一步法打断基因组并加接头，提高了成环效率，降低了起始基因组DNA的用量。选择潜在的脱靶位点，例如选择gRNA预测网站上Top 5潜在脱靶位点，进行Sanger测序单克隆；温州种子脱靶检测服务

2022年2月下旬，在医麦客举办的年度盛会——“蓄力前行，助航新生——2021 CSGCT基因与细胞zhiliao医学峰会”期间，唯可生物创始人兼CEO-吴宁博士分享了唯可生物在基因zhiliao赛道针对安全性展开的技术服务，让在场行业大咖和观众真正领会到ISA(integration site analysis，整合位点插入分析)领域国际金标准技术的优势，以及基因编辑定量脱靶检测、载体拷贝数检测、载体质量控制等多项检测技术的行业意义。吴宁博士毕业于德国海德堡大学，德国国家aizheng研究中心(DKFZ)，并于2021年3月同几位合伙人联合创立了上海唯可生物科技有限公司。其创始团队拥有的检测技术包括源于DKFZ，Manfred Schmidt团队的LAM-PCR(linear amplification-mediated Polymerase Chain Reaction，线性扩增阳离子介导的聚合酶链反应)，LTA-PCR(Ligation-mediated target amplification Polymerase Chain Reaction，连接介导的目标扩增聚合酶链反应)和TES(Target enrichment sequencing，靶向富集测序)体系，并基于此形成的多项全球lingxian的基因zhiliao安全性检测技术。南通crispr脱靶检测guide-sequence脱靶检测技术是一系列针对CRISPR/Cas9系统作用机制研发的用于确定CRISPR/Cas9系统基因编辑准确性检测工具。

不论在科研还是临床中，CRISPR技术的使用都带来了非常高的回报，也同时伴随着各种风险，这其中脱靶现象就研究者们较为担心的一类风险。本文中我们盘点了多种主流的CRISPR脱靶位点检测方法，但没有一种方法是适用于所有CRISPR技术的脱靶检测，一个项目中只使用一种脱靶检测方法也是不足够的。如何在实验中，特别是临床试验中多方面评估CRISPR的脱靶风险，需要将多种脱靶检测方法有效组合。同时，每一条sgRNA都不可避免地存在脱靶位点，如何评估这种风险，如何降低这种风险，具体的解决方案我们用临床实例来为大家介绍。

对基于慢病毒/逆转录病毒载体的基因zhiliao产品，如出现与可复制xingbing毒可能相关的不良事件，还应开展可复制xingbing毒（replicablecompetentlentivirus/retrovirus，RCL/RCR）的检测。关于基因编辑产品的特殊考虑基因编辑产品除了适用基因zhiliao产品的一般考虑以及整合性载体的特殊考虑外，长期随访中还应额外关注脱靶风险，量化评估脱靶活性和在靶活性之间的相关性，或利用在靶活性来预测脱靶活性的水平。如果基因zhiliao产品通过全身给yaofang式递送，长期随访中的安全性监测不仅包括靶qiguan或靶组织的脱靶活性，而且还应包括可能发生在其他组织和qiguan中的脱靶活性。定量脱靶检测，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。

CRISPR/Cas系统是细菌和古细菌在不断进化的过程中产生的适应性免疫防御机制，它应用CRISPR RNA（crRNA）以碱基互补的形式引导相应的Cas蛋白识别入侵的外源基因组，并对其DNA进行剪切，用以保护自身的基因组免受外源核酸如噬菌体、病毒等的干扰和破坏。经过人为改造后，可在真核细胞中实现高度灵活且特异的基因组编辑，通过设计特异性向导RNA(Single guide RNA, sgRNA)序列与靶序列进行碱基配对，从而引导Cas蛋白结合到靶序列处，行使DNA切割功能，然后利用细胞的非同源性末端连接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重组(Homologous recombination,HR)修复机制对断裂的DNA进行插入缺失(Indel)、修复(Repair)或替换(Replacement)。由于其相对于锌指核酸酶(ZFNs)和转录jihuo因子样效应物核酸酶(TALENs)技术更易于操作，而且更高效，因而被广运用于对基因组特定位点进行靶向编辑。针对已经获得的有切割能力的sgRNA，需要进一步明确其体内脱靶效应。台州育种脱靶检测安全性评价

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细胞外检测方法：细胞外检测方法较为直接，将基因组提纯后进行CRISPR体外切割实验，再捕获发生脱靶切割的位点即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是较早提出的一类细胞外脱靶位点检测方法，提纯的基因组DNA被Cas9/sgRNA切割后，再经过标准的全基因组测序流程获得测序数据，之后需要较为复杂的生物信息学分析才能够获得CRISPR切割位点的信息。总体来讲，这种方法测序成本较高，并且检测灵敏度也有限。2)SITE-seq为了有效检测到低频脱靶位点，一般需要在建库时定向捕获CRISPR切割位点。SITE-seq就是这样一种测序方法，提纯的基因组DNA经过Cas9/sgRNA切割后，在切割位点末端连接带Biotin的接头；再随机打断基因组，在另一端连接第二个接头；经过链霉亲和素磁珠纯化，只有一轮被Cas9切割的DNA才能够被纯化并测序，实现了CRISPR切割位点的富集。该方法虽然提高了脱靶位点的检测灵敏度，但有着较高的实验要求，每次需要投入大量的基因组DNA，并且无法区分提纯基因组DNA时发生的随机断裂和Cas9的切割，导致产出较为明显的背景信号。同时，由于一轮Biotin接头只会接在Cas9切割位点的一侧，导致测序结果里只能看到脱靶位点一侧的序列。温州种子脱靶检测服务