北京育种脱靶检测安评

但是由于CHIP-seq实验本身的难度较高，DISCOVER-seq这类方法的接受度并不高。3. 其他特殊方法CRISPR技术经过这么多年的发展，其应用已经不局限于造成DNA双链断裂，一些不要切割DNA双链的CRISPR衍生技术（如碱基编辑、先导编辑和CRISPRi/a），可以在不引发随机突变的情况下，对基因组进行精细编辑或者调控。这些技术所使用nCas9或dCas9只结合或者切割双链中的一条链，之前的脱靶检测方法都不能直接适用。这些CRISPR衍生技术中，CRISPR产生的脱靶可以被细分为两个部分，其一是Cas9/sgRNA结合DNA导致的脱靶，这部分信息使用同样序列的sgRNA进行野生型Cas9脱靶位点检测能够间接得到高深度全基因组重测序服务,该方法能多方位精细地对基因编辑的细胞或个体进行off-target检测。北京育种脱靶检测安评

对于CAR修饰的免疫细胞，应采用多种体外方法评估其胞外抗原识别区的脱靶风险。TCR修饰免疫细胞的脱靶毒性可通过评估TCR与人体自身抗原肽的交叉识别能力来评估。首先，应采用体外试验测定TCR修饰的免疫细胞与人自身抗原肽-HLA（与递呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）复合物的亲和力，并说明抗原肽的选择依据及选择范围。此外，还应研究其他相关或不相关的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR与人自身抗原肽有交叉反应可能，应确定靶抗原肽的较小识别基序（motif），并采用计算机预测分析评估交叉反应性。如果计算机预测可识别出具有潜在交叉反应性的抗原肽，应在体外测定TCR修饰免疫细胞对表达相应蛋白或递呈相应抗原肽的的细胞的识别能力。如果不能排除交叉反应性，应基于含有潜在交叉反应性抗原肽的蛋白的表达模式以及TCR与潜在交叉反应性抗原肽的亲和力来进行风险评估。为获得TCR与其他等位HLA潜在交叉反应性的信息，应进行充分的HLA交叉反应性筛选。无锡育种脱靶检测评估标准预算允许的情况下，通过全基因组测序的方法进行全基因组序列的分析和比对更精细，如基于NGS的iGUIDE方法。

不论在科研还是临床中，CRISPR技术的使用都带来了非常高的回报，也同时伴随着各种风险，这其中脱靶现象就研究者们较为担心的一类风险。本文中我们盘点了多种主流的CRISPR脱靶位点检测方法，但没有一种方法是适用于所有CRISPR技术的脱靶检测，一个项目中只使用一种脱靶检测方法也是不足够的。如何在实验中，特别是临床试验中多方面评估CRISPR的脱靶风险，需要将多种脱靶检测方法有效组合。同时，每一条sgRNA都不可避免地存在脱靶位点，如何评估这种风险，如何降低这种风险，具体的解决方案我们用临床实例来为大家介绍。

碱基编辑器：CBE：胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine base editor，CBE)，依赖于胞嘧啶核苷脱氨基酶，通过将胞嘧啶核苷脱氨转换为尿嘧啶核苷，尿嘧啶核苷在DNA复制和修复过程中会转换为胸腺嘧啶核苷，从而实现C到T的转换。已开发出四代CBE（BE1、BE2、BE3和BE4），由于BE3引起的脱靶效应相对较少，因此它已在动物（小鼠）、细菌和植物细胞中广用于编辑细胞的基因组成。腺嘌呤碱基编辑器(Adenine base editor，ABE)，依赖于腺嘌呤核苷脱氨基酶，通过将腺嘌呤核苷脱氨转换为次黄苷，然后在DNA复制和修复过程中会转换为鸟嘌呤核苷，从而实现腺嘌呤(A)到鸟嘌呤(G)的转换。新开发的碱基编辑器ABE8e，比ABE7.10增加了590倍的靶向活性。内基因编辑技术可能造成的脱靶效应,建立了一种被命名为GOTI。

GUIDE-Seq脱靶评估技术的优势分析鼓润致力于基因组编辑工具脱靶的分析检测工作，为筛选、优化基因组编辑工具的保真性提供标准化的分析。我们脱靶分析具有如下优势：实用性强：能反映CRISPR在真核细胞中进行基因编辑的在靶与脱靶情况，以进行安全性和有效性评价；检测通量高：一次能检测多个样本的在靶与脱靶情况，并通过优化的标签设计，降低实际的测序reads数量；准确性高：绝大部分检测结果可被验证；灵敏度高：能够高效检测出低频脱靶位点，检测低至0.1%的脱靶突变；实验难度低：操作过程简单易行细胞适应性强。脱靶检测服务，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。无锡育种脱靶检测评估标准

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采用基因编辑技术制备的细胞产品。对于采用基因编辑技术制备的基因修饰细胞产品，应进行体外在靶和脱靶活性评估，以确认修饰酶或向导RNA对靶基因序列的特异性。在评估基因编辑的脱靶风险时，应说明所选择的评价策略的合理性和敏感性。虽然采用计算机分析预测基因编辑的潜在脱靶位点，并对潜在脱靶位点进行深度测序分析，可用于评估基因编辑的脱靶风险；但选择的评价策略仍应包含体外全基因组测序比对，以证明潜在脱靶位点未出现脱靶。此外，在评估脱靶活性时，还应评估种属特异性的差异、细胞病理生理状态的差异或细胞类型的差异对非临床数据预测性的影响。必要时，还应分析基因编辑对细胞表型和生理功能的潜在影响。北京育种脱靶检测安评