三氟乙酸（TFA）普遍用于合成多肽的工艺中作为切割剂及脱保护剂，临床使用存在毒性。目前我国药典将其纳入需控制的溶残，归为四类溶剂，但对其控制限量尚无明确规定，通常按三类溶剂的限度0.5%限定。多肽药物固相合成中，对于合成含有半胱氨酸、组氨酸、精氨酸、等带侧链功能基的氨基酸多肽来说，为了避免由于侧链功能团所带来的的副反应，一般需要用适当的保护基将侧链基团暂时保护起来。保护基的选择既要保证侧链基团不参与形成酰胺的反应，又要保证在肽合成过程中不受破坏，同时又要保证在后面的肽链裂解时能被除去。因使用TFA将肽链从树脂上切下的同时能对R侧链的保护基进行脱保护，且不同侧链对应的不同保护基，基本都能用TFA进行去保护，故目前几乎所有固相合成工艺均会在工艺中使用TFA。它是有机反应的优良溶剂，如喹啉在一般溶剂中催化氢化时，吡啶环优先氢化，但在三氟乙酸中苯环优先氢化。上海含氟精细化学品三氟乙酸电子级密度
将聚3‑羟基丁酸酯、醇和三氟乙酸溶液混合后进行反应，反应结束后通过两步蒸馏工艺实现产物和溶剂的分离与溶剂回收。解决了现有技术中聚3‑羟基丁酸酯降解制备R‑3‑羟基丁酸酯时存在的后处理工艺步骤多、所需化学品种类多且能耗高、催化剂难以回收利用以及成本高的技术问题，实现了反应产物制备和分离过程无需引入额外化学试剂、通过两步蒸馏工艺得到R‑3‑羟基丁酸酯类化合物产品以及实现催化溶剂体系的高效回收循环利用，具有工艺简单、操作方便的特点，表现出潜在的工业化应用价值。华中有机化合物三氟乙酸电子级分子量三氟乙酸的沸点比较低，挥发性好，并且酸性强，因此它可以催化很多酸催化的化学反应。
大气中的三氟乙酸（TFA）通过干湿沉降到达地表，只有10%~20%的TFA与OH自由基反应，首先生成三氟甲氧自由基，然后碳碳键断裂生成三氟甲基和二氧化碳。TFA沉降累积在土壤和水体中，并且难以通过化学反应和微生物降解等途径降解。当TFA浓度达到100~300微克/升时可抑制水体中的植物生长，对地区的生态系统造成影响。TFA的同类氯化物三氯乙酸是已知的有害物质，显然，三氟乙酸的形成和其对人体健康的影响需认真考虑。因此，在大量使用替代品以前对环境中的TFA背景浓度值是十分有必要的。
三氟二氯乙烷氧化法需要在高温高压条件下，和Simons电解氟化法一样，需要消耗较多的能源，后来中国科学院上海有机所用三氟三氯乙烷为原料，以路易斯酸三氟化铝为催化剂，以过二硫酸铵为氧化剂来制备三氟乙酸，在常压下来制备三氟乙酸，取得了初步的成功，以DMF以溶剂来制备三氟乙酸，取得了不错的收率。德国KaliChemie公司采用三氟氯乙烷为原料，在路易斯酸催化下，经过重排得到三氟三氯乙烷，再经过氧化、碱熔、酸化得到三氟乙酸。该工艺不需要高温高压，在常温下就可以发生反应，对生产设备的要求不高，产品收率叶比较理想，缺点是反应过程中所选用的催化剂为毒性较大的贡盐，氧化剂为毒性大、不易控制的三氧化硫。三氟乙酸是有机强酸，具有吸湿性和严重的腐蚀性，特别是对黏膜组织具有很强的损伤性，要避免吸入呼吸道。
三氟乙酸优于其他离子修饰剂的原因是它容易挥发，可以方便地从制备样品中除去。另一方面，三氟乙酸的紫外比较大吸收峰低于200nm ，对多肽在低波长处的检测干扰很小。改变三氟乙酸的浓度，可以细微地调整多肽在反相色谱上的选择性。这一影响对于优化分离条件、增大复杂色谱分析（如多肽的指纹图谱）的信息量是非常有益的。三氟乙酸添加在流动相中的浓度一般为 0.1% ，在这个浓度下，大部分的反相色谱柱都可以产生良好的峰形，当三氟乙酸浓度低于这个水平时，峰的展宽和拖尾就变得十分明显。三氟乙酸在分离蛋白等大分子的时候效果很好,在实际使用中，大家对于三氟乙酸的浓度都很难控制好，因为它是挥发性的物质，如果配置时间长了，就会挥发一些，改变了浓度。配制好以后一定要封闭好，防止挥发。在表面处理中，三氟乙酸可以用于去除金属表面的氧化物和污染物，提高金属的质量和表面光洁度。农药中间体三氟乙酸电子级分子式
三氟乙酸是许多有机化合物的良好溶剂，如与二硫化碳合用，可溶解蛋白质。上海含氟精细化学品三氟乙酸电子级密度
干式无油真空泵(如耐化学腐蚀隔膜泵或干式涡旋泵)比较适合处理三氟乙酸（TFA）。由于TFA的挥发性，甚至几毫巴足以有效蒸发。因此，不需要深度真空，例如由油润滑旋转叶片泵产生的真空，这可能使冷阱中溶剂蒸汽的收集更加复杂。选择冷阱时，以下特性是**重要的：它的内壁必须非常冷(即使在操作过程中)，以便TFA蒸汽可以有效地冷凝。其次，它必须由TFA无法攻击的材料制成，严重限制了选择。Genevac的EZ-2蒸发器就是一个很好的例子。当除冰冷阱时，确保用户受到保护，溶剂蒸汽不会流回蒸发器，损坏系统和样品。上海含氟精细化学品三氟乙酸电子级密度
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