关于单细胞测序实验样本制备,这与流式细胞术用户熟悉的步骤完全一致,也就是通过酶促或机械消化、细胞分选或其他细胞分离技术从整个样本中制备生成活的单细胞悬液。随后是细胞计数和质量控制步骤,以确保您的样本有适当浓度的活细胞,并且不含细胞团块和死细胞碎片。如有必要,您还可以使用抗体对样本进行染色,标记细胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通过FACS来富集感兴趣的细胞类型。解离样本时采取的具体步骤将根据您的起始材料和实验目标而定。也许需要额外的制备步骤,具体取决于组织质量、样本丰度、细胞大小,以及是否需要提取出细胞核进行染色质可接近性分析。无论具体的考虑因素如何,所有样本类型都遵循同一个基本原则,那就是生成高质量的单细胞悬液。烈冰生物为您提供多平台一站式全流程BD单细胞测序服务。湖州BD单细胞测序公司
机体为响应各种应激,其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”;当细胞在不同状态之间转变时,往往会经历转录重组,导致一些基因被沉默,一些基因被重新“唤醒”,但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的;scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析,即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育,但这里的时间并不是真时间,而是一个虚拟的时间,是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中,也会存在多种不同的细胞形态。因此,不论测定了多少样本,我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。无锡BD Rhapsody单细胞测序服务公司强势发文!烈冰BD单细胞测序平台助力揭示愈伤组织能再生的机制。
单细胞获得困难,不同组织要求不尽相同难以搞定? 烈冰2000+项目消化经验,100+组织类型解离protocol,精心设计不同组织实验的解离、细胞悬浮实验体系,确保单细胞的获得。 冻存样本无法实验,珍贵样本无法使用? 烈冰采用国际认可的冻存组织复苏技术以及死细胞过滤技术,确保冻存组织使用。 珍贵样本,细胞数量太少,消化背景杂无法做单细胞? 采用国际认可的10X Genomics,BD Rhapsody双平台模式,根据样本实际情况和用户需求提供客观有效的实验方案,细胞量少,背景杂也能做单细胞。 单细胞RNA分类精度不足,部分细胞无法细分? 烈冰同时采用单细胞蛋白质组与单细胞转录组测序技术,真正做到从上游到下游的全流程检测,确保超高的细胞分类精度。
针对单细胞测序的细胞上样数,为什么不建议捕获到的细胞数量越高越好?一味地追求高数量的细胞捕获可能会存在一些问题。例如在上机细胞悬液浓度固定时,如果目标细胞捕获数增加到8000甚至10000,上样细胞悬液体积势必增加,在细胞悬液质量不是很理想(细胞活性<90%、碎片率>5%、结团率均>5%)的情况下,引入的背景信号会增加,分析结果不理想的直接体现包括:cell、non-cell无法有效区分和Fraction reads in cells偏低。当cell和non-cell无法有效区分时,会使得数据出现假阳性和假阴性结果!当目标细胞捕获数很大时,多细胞率会增加,数据分析时,此部分“cell”表现为基因检测数和UMI检测数是正常cell的N倍(N是一个GEM包裹的细胞数),导致所有细胞的统计数据(单个细胞基因检测中位数、单个细胞UMI检测中位数)虚高。此部分“cell”虽然可以通过设置数据分析阈值进行过滤,但是容易会有此类数据的残留和正常高基因检测细胞的人为去除!个性化制定测序项目方面,满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。
细胞计数和活力评估在评估样本质量时,需要在细胞清洗和过滤之后测定细胞活力,这一点至关重要。测定细胞活力有许多种方法,烈冰多年单细胞测序经验发现台盼蓝法在鉴定活细胞与死细胞的比例时效果很好。细胞计数的准确性以及目标回收量和实际回收量之间的一致性,取决于我们了解样本中有多少个细胞。一旦过滤和清洗完成,可采用细胞计数设备(如血球计数器或自动细胞计数仪)进行定量。这些设备不但能提供准确的细胞计数,还能计算出向微流体芯片上样适量细胞所需的细胞悬液体积。烈冰生物全国五大实验中心,多地部署BD Rahpsody平台,助您的样本更快速抵达“战场”。广州scRNA单细胞测序服务公司
基于“静态蜂巢”技术,实现落孔细胞的物力分割和磁珠的一对一匹配。湖州BD单细胞测序公司
据不完全统计,截至2022年6月,烈冰生物助力发表单细胞文章近40篇,从平台应用比例来看,应用10X Genomics和BD Rhapsody两大平台发文比例各占50%左右,研究类型涵盖疾病发展,靶点探索,免疫研究,神经发育,干细胞分化,植物发育,退行病变,糖尿病,COVID-19等等研究;从发表期刊水平来看,烈冰生物联合发表的单细胞文章,CNS一区期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),风湿类领域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高达68.5%,烈冰专属单细胞测序服务团队,将与您携手谱写下一篇“高分”新文章。湖州BD单细胞测序公司
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