空间代谢组学:绘制了不同代谢物在组织内浓度的图像,直观显示了代谢物在NCE细胞、基质细胞和**细胞的浓度差异。在正离子和负离子模式下检测到的质量分别用红色加号和蓝色减号表示。组织边缘用黑色边框勾勒出轮廓,但**区域还包含一些无法单独注释的*细胞与基质的区域。ADP=二磷酸腺苷,ATP=三磷酸腺苷,GPEA=甘油磷酰乙醇胺,HBCt=羟基丁酰肉碱,HE=苏木精和伊红,LPC=溶血磷脂酰胆碱,NAA=N-乙酰天冬氨酸,PE=磷脂酰乙醇胺,PI=磷脂酰肌醇空间代谢组学基本研究流程。甘肃玉米空间代谢组学
空间代谢组学研究作者对P493-6B细胞淋巴瘤系(BCL)进行了全基因组表达谱、核突变和ChIP分析,发现MYC诱导增加了包括ACLY、ACACA、FASN和SCD1及其相关蛋白在内的脂肪酸(FA)合成基因的mRNA表达,在MYC诱导的肝细胞*(HCC)、急性白血病(T-ALL)和肾细胞*(RCC)的三种体内转基因小鼠模型中也有类似表达。还发现MYC与这些FA合成基因的启动子结合并启动mRNA转录,如甲羟戊酸和胆固醇途径基因的启动子。为了了解MYC和SREBP1之间的相互作用,作者首先,对这两种蛋白进行ChIP和re-ChIP分析,证明MYC和SREBP1都可以发现与FA合成基因启动子中的相同DNA分子结合(图1)。SREBP1的敲低也降低了FA合成基因的表达,但不降低MYC基因的表达。其次,ChIP的MYC与启动子结合,不仅调节FA合成基因的表达,还调节糖酵解和谷氨酰胺分解基因的表达。因此,MYC似乎会依次调节参与脂质合成的基因:首先诱导葡萄糖和谷氨酰胺,然后诱导FA合成相关基因。通过RNA测序(RNA-seq)发现,增加MYC水平会引起糖酵解、谷氨酰胺分解和FA合成。甘肃玉米空间代谢组学空间代谢组学找出其代谢物的差异,提供定量检测。
空间代谢组学探究MYC、SREBP1与**发生的能量机制探索。斯坦福大学Dean W. Felsher课题组在Cell Metabolism发表的题为“The MYC Oncogene Cooperates with SterolRegulated Element-Binding Protein to Regulate Lipogenesis Essential for Neoplastic Growth”的研究成果,通过空间代谢组学、CHIP、RNA-seq、NMR和IHC等技术研究*基因MYC促进**发生机制,发现MYC与胆固醇调节元件结合蛋白(SREBP1)协同调节脂质生成,从而促进疾病的发生。中文标题:MYC*基因与固醇调节元件结合蛋白协同调节**生长所必需的脂肪生成研究对象:小鼠
作者进行了空间代谢组学(∼50μm的空间分辨率),并根据m/z848.63和m/z844.52对主要的髓鞘标志物进行了成像,推测它们分别属于Cer(D18:1/24:1)和PC(38:6)(图2G)。白质和灰质的代表性质谱如图2H所示。结果表明,使用拉曼光谱结构信息和空间代谢组学对髓鞘中的脂质进行特定的成分分析是可能的。对单个有髓组织成分光谱的分析证实,构成有髓组织光谱的主要分子是脂质,包括脑苷脂、胆固醇、鞘磷脂、磷脂酰胆碱,以及程度较小的蛋白质(图2F)。专业空间代谢组学 技术团队,欢迎咨询。
空间代谢组学:在大鼠脑绘制特定区域分布的极性代谢物图谱使用AFADESI-MSI在正离子和负离子模式下分别获得298个和372个微区轮廓清晰的代谢物离子图像。使用精确分子量并结合同位素丰度,通过人类代谢组数据库(HMDB)对离子图像进行识别,鉴定出多种内源极性代谢物,包括氨基酸、核苷酸或核苷、碳水化合物、脂肪酸和神经递质等。***系统(CNS)的特定功能和特定解剖区域相关。例如,乙酰胆碱在大脑皮层中高度表达;γ-氨基丁酸是一种抑制性神经递质,其在大脑皮层的信号强度较低,在中脑、嗅球和下丘脑中的浓度较高。空间代谢组学二维乃至三维的水平,极大拓展了对组学样品信息的认知。吉林花瓣空间代谢组学
空间代谢组相关技术服务,经验丰富。甘肃玉米空间代谢组学
队列1:收集手术切除的食管腺*(EA)组织和与之匹配的健康食管上皮组织(MHEE)。队列2:收集健康食管上皮组织(来自健康志愿者,HEE)和未经***的食管炎(IEE)、巴雷特化生(BM)、巴雷特增生(BD)和食管腺*(EA)活检样本,用于发现食管腺*发展进程中甘油磷脂的变化,以及队列1的外部验证。样本制备:样本制成冰冻组织切片,并结合H&E染色。研究方法:空间代谢组学;qPCR检测甘油磷脂合成通路中基因的表达;细胞转染沉默ACYL基因;免疫组化用于分析队列1样本中脂肪酸从头合成通路关键酶的表达。甘肃玉米空间代谢组学
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