TMTpro-16plex等标记试剂已经发布一年，广受科研工作者喜爱。但是，对于6组3重复、3组6重复的实验设计，16plex却难以满足。TMTpro™ 18-plex标记蛋白组会是更好的选择方式。其中基于质谱仪平台的蛋白组学近年来备受青睐，稳定同位素标记策略也被广泛应用于多重定量蛋白质组学中。鹿明生物推出Thermo Scientific™ TMTpro™ 18-plex标记蛋白组，18个样本以内，可实现一次标记和分级，避免了多批次标记引入的批次效应，能***提升样本的数据质量。同时对更多蛋白质鉴定和定量，提供了样本的多通路处理水平。这个技术可谓是2021年的又一创新技术。蛋白组学研究必看的...

蛋白质磷酸化修饰是指在磷酸化激酶的作用下将ATP的磷酸基转移到蛋白质特定氨基酸上的过程，是生物体内**为常见、**为重要的翻译后修饰之一。生物体内蛋白质的磷酸化修饰是一个瞬时且可逆的过程，通过磷酸化修饰可以改变蛋白质空间构象，从而影响蛋白质的定位、活性及其与其他蛋白的相互作用上海鹿明生物科技有限公司多年来，一直专注于生命科学和生命技术领域，是国内早期开展以蛋白组学和代谢组学为基础的多层组学整合实验与分析的团队。影响因子：13.511发表时间：2022-01-06发表单位：***医学研究院生物工程研究所运用生物技术：磷酸化蛋白质组学（欧易鹿明提供）、LC-MS靶向代谢组学4D-蛋白组+代谢组双平...

并通过蛋白质组学和时间序列分析在血管生成中发挥着关键作用（图3E）。时间序列分析表明，外出刺激后ICAM1表达增加（图3F）。此外，当ICAM1在HBMECs中时，血管形成容量***降低（图3I/j）。这些结果表明M-Exos通过增加HBMECs中的ICAM1的表达来调节血管生成。蛋白质组学分析发现的差异表达蛋白与多种神经退行性疾病相关，包括帕金森病、阿尔茨海默病和亨廷顿病(图6B)。本研究运用蛋白质组学，蛋白质印迹，免疫荧光、免疫组化等分析了源自MSCs的外泌体可以使人脑微血管内皮细胞(HBMECs)保持活跃状态，有利于血管生成。应用PD小鼠模型发现MSCs的外泌体可以促进PD的恢复。结果可...

蛋白质是生命活动的主要执行者，而蛋白质磷酸化修饰是生物体内**重要的共价修饰方式之一，真核生物体内有超过三分之一的蛋白可以发生磷酸化修饰。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及**发生等过程在内的所有生命活动。单一的磷酸化蛋白质组学只能解释蛋白磷酸化水平发生的变化，而[黄金搭档]——蛋白质组与磷酸化蛋白质组联合分析，则在揭示疾病相关特性、筛选疾病生物标志物、寻找药物靶点等方面发挥了更加重要的作用。一文了解DIA、TMT/iTRAQ、传统Label free蛋白组学区别在哪。内蒙古蛋白组学研究2021年10月，中国科学院上海营...

定量蛋白质组学研究：2022年2月，上海市农业科学院食用菌研究所鲍大鹏研究员课题组在《FrontiersinMicrobiology》期刊发表的题为“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通过iTRAQ标记定量蛋白组学、GC-MS非靶向代谢组学等技术对香菇菌丝进行定量蛋白质组学和代谢组学分析，发现氧化应激和自噬是香菇菌丝后熟转色重要过程，并对其在蛋白质组和代谢组水平上的分子机制有了新的认识。涉及的欧易...

本文为了探究其潜在的分子机制，作者运用RNA测序（RNA-seq）和iTRAQ标记定量蛋白组学，对不同成熟度水平的油脂种子进行了研究。不仅揭示了关键候选基因和蛋白质的时间特异性表达，而且为该树种的遗传改良提供了科学依据。中文标题：基于iTRAQ蛋白质组学和转录组学联合分析揭示油茶种子成熟过程中油质相关的关键代谢产物的积累研究对象：油茶种子发表期刊：HorticultureResearch影响因子：6.793发表时间：2021.07.01发表单位：海南大学园艺园林学院运用生物技术：RNA测序(RNA-seq)和iTRAQ标记定量蛋白组学、转录组学、蛋白组学文章中iTRAQ标记定量蛋白组学由欧易/...

iTRAQ标记定量蛋白组学技术鉴定AHSG和RPL29分别是上调和下调*****的蛋白。301份肝*标本的统计分析表明AHSG与NMT1呈正相关，而RPL29与NMT1呈负相关（图8A）。此外，NMT1和AHSG均与**分期正相关，而RPL29与肝*的**分期呈负相关（图8B）。值得注意的是，NMT1和AHSG水平较高的肝*患者的生存率低于水平较低的肝*患者（图8C）。而较高水平的RPL29表明存活率较高（图8C）。这些数据表明NMT1、NUP和NDP与肝*的临床结果密切相关。iTRAQ蛋白质组学技术鉴定NMT1敲除时发生变化的蛋白质；蛋白质组学测序 蛋白组学技术缺点。辽宁蛋白组学实验室本文为...

本文为中国科学院海岸带研究所赵建民课题组在ScienceoftheTotalEnvironment期刊发表了的文章，通过iTRAQ标记定量蛋白质组学研究弧菌***加剧了海洋酸化造成的牡蛎免疫抑制效应。海洋酸化可能增加海洋软体动物疾病加剧的风险。从而将产生重大的经济和生态影响，因此本研究结果具有重要的指导意义。在本研究中，研究者将太平洋牡蛎暴露于酸化海水（约2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌进行***处理，以此研究海洋酸化是否会影响牡蛎对病原菌***的免疫反应。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白质组学方法，对牡蛎鳃这一潜在的造血部位进行了研究，以分析对OA和金氏弧菌共同作用较敏感的生理过程...

蛋白组学技术可以提供细胞状态和调控的功能信息，本研究建立了单细胞蛋白组学方法，实现了高灵敏度的蛋白组学检测。该技术有助于揭示疾病的发病机制，探讨预后和风险相关的不同肾脏疾病亚型中的蛋白组学异质性和独特的蛋白标志物，为药物靶点***提供希望。大规模单细胞分析对于捕获复杂细胞系统中的生物异质性至关重要，但*基于RNA技术的单细胞转录组学数据并不能很好地**蛋白质水平上的变化。而单细胞蛋白组学技术能够从蛋白质水平上破译细胞机制并且获得更多的信息。蛋白组学翻译后修饰筛选,检测,鉴定,定性,定量。江苏蛋白组学的结果iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法：2021年4月，南京林业大学喻方圆教授（一作：吴岐奎）...

TMT标记定量蛋白组学研究案例：2021年11月，南京中医药大学附属医院江苏省中医院单位（一作刘史佳研究员）及其课题组在MolecularMetabolism期刊发表的题为“Serumintegrativeomicsrevealsthelandscapeofhumandiabetickidneydisease”的研究成果，通过TMT标记定量蛋白组学和GC-MS非靶代谢组学研究方法，发现了糖尿病肾病（DKD）特征，筛选了蛋白和代谢容组合生物标志物。为优化糖尿病肾病（DKD）管理提供了丰富且开放访问的数据资源。中文标题：血清综合组学揭示人类糖尿病肾病情况研究对象：人血清发表期刊：Molecular...

4D蛋白组学：tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度（TIMS）和同步累积连续碎裂（PASEF）数据采集模式两大创新技术，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时，其配备了***一代双 TIMS 分析器，离子容量可提高三倍，比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，让蛋白质组学分析再上一个新的台阶，鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖，结果更精细，也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度：助力临床大队列项目研究，更高覆盖深度：助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量，超高灵敏度：助力微量样本蛋白组分析，鉴定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鉴...

为了更好地了解DON对C2C12细胞分化的影响，作者进行了转录组学和蛋白质组学的整合分析。共鉴定了149个共同的***差异基因（co-DEG），其中91%被共下调（图3A）。15%的co-DEG属于真核细胞骨架，其中大部分属于肌动蛋白丝，少数是中间丝和微管的成分。对co-DEG进行GO分析，生物学过程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“快肌纤维收缩的正向调节”条目。细胞组分中富集的**个条目是“纤维蛋白原复合物”、“细胞外空间”、“细胞外基质”、“细胞外区域”和“蛋白质细胞外基质”，这些都是细胞外成分（图3B）。结果表明，DON主要影响肌肉成分的组成和功能以及多种细胞外成分的表达。通路富集分析...

4D蛋白组学：tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度（TIMS）和同步累积连续碎裂（PASEF）数据采集模式两大创新技术，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时，其配备了***一代双 TIMS 分析器，离子容量可提高三倍，比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，让蛋白质组学分析再上一个新的台阶，鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖，结果更精细，也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度：助力临床大队列项目研究，更高覆盖深度：助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量，超高灵敏度：助力微量样本蛋白组分析，鉴定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鉴...

4D蛋白组学：tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度（TIMS）和同步累积连续碎裂（PASEF）数据采集模式两大创新技术，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时，其配备了***一代双 TIMS 分析器，离子容量可提高三倍，比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度，让蛋白质组学分析再上一个新的台阶，鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖，结果更精细，也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度：助力临床大队列项目研究，更高覆盖深度：助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量，超高灵敏度：助力微量样本蛋白组分析，鉴定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鉴...

作者使用通过单细胞蛋白组学产生的数据来观察在肾小球细胞或近端肾小管中***丰富的蛋白质细胞。208个Glom富集区蛋白富含囊泡中间运输和细胞成分组织调节作为其**重要的生物学过程，细胞骨架蛋白结合和肌动蛋白结合是**重要的分子功能，肌动蛋白细胞骨架是**丰富的细胞成分。富含247个PT的蛋白质主要集中在小分子代谢过程和药物代谢过程中。在**重要的分子功能中，这些蛋白质的氧化还原酶活性和催化活性丰富。*在GLOM切片中发现的67种蛋白质中，有41种已被报导存在于肾脏中，在这41种蛋白质中，18种(43.9%)与单细胞蛋白组学结果一致，23种(56.1%)在GLOM中与小管相比没有增加。蛋白质组学...

2022年2月，亚特兰大埃默里大学医学院的Erik C. B. Johnson课题组在Nature neuroscience发表了题为 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通过基因组学、转录组学、TMT标记定量蛋白质组学、代谢组学的研究方法，揭示了新的与AD相关的蛋白共表达模块，部分模块在RNA的网络中不存在。这为开发疾病***...

4D蛋白质组学分析发现，不同的病因和疾病的严重程度中蛋白表达存在差异。严重的疾病同急性期的蛋白的增加，补体系统蛋白及功能相关的蛋白相关；通过COVID-19和健康组对比，发现了49%的差异分析物；和脓毒症相比，G-CSF，IL-8等在严重的COVID-19患者中含量更低；蛋白和临床相关性分析则发现临床特征和某些蛋白呈强相关性。本研究通过4D蛋白组学技术结合其他组学技术及免疫技术，确定了COVID-19免疫特征和宿主反应等相关因素，并为进一步COVID-19的***打下了良好的基础。蛋白质组学测序 蛋白组学技术缺点。广东植物蛋白组学研究蛋白组学技术是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋...

为了确定TMT AD蛋白网络模块是否也存在于其他的队列和大脑区域，使用 TMT标记定量蛋白质组学多个队列的所有组织，为每个队列生成蛋白质共表达网络，并评估了 AD 网络模块是否保留在每个队列和大脑区域中。发现几乎所有的 TMT AD 网络模块都保留在队列和大脑区域（图2b）。阿尔茨海默病(AD)是一种神经系统退行性疾病，其病因至今尚不清楚。本文从蛋白组学方向出发，建立蛋白共表达网络，综合转录组学结果，解析疾病相关的蛋白组学模块或能为AD提供可靠的生物标志物，并为治疗带来希望。蛋白组+代谢组+脂质组-数据分析系统。内蒙古化学蛋白组学蛋白质组定量到了10,529种蛋白质，磷酸化蛋白质组定量到了来自...

作者使用通过单细胞蛋白组学产生的数据来观察在肾小球细胞或近端肾小管中***丰富的蛋白质细胞。208个Glom富集区蛋白富含囊泡中间运输和细胞成分组织调节作为其**重要的生物学过程，细胞骨架蛋白结合和肌动蛋白结合是**重要的分子功能，肌动蛋白细胞骨架是**丰富的细胞成分。富含247个PT的蛋白质主要集中在小分子代谢过程和药物代谢过程中。在**重要的分子功能中，这些蛋白质的氧化还原酶活性和催化活性丰富。*在GLOM切片中发现的67种蛋白质中，有41种已被报导存在于肾脏中，在这41种蛋白质中，18种(43.9%)与单细胞蛋白组学结果一致，23种(56.1%)在GLOM中与小管相比没有增加。单细胞蛋白...

蛋白质组学研究方法研究案例：2021年10月，中国科学院上海营养与健康研究所武爱波研究员课题组在Ecotoxicology and Environmental Safety发表了题为“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通过转录组学和蛋白质组学研究方法，探究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）对成肌细胞分化的影响，发现了DON处理使得细胞骨架蛋白和细胞外...

本研究采用串联质量标签（TMT）标记的蛋白质组学和平行反应监测（PRM）技术，对莲子脱水过程中的生理调控网络进行了深入研究表明，碳水化合物代谢（包括糖酵解/糖异成、半乳糖代谢、淀粉和蔗糖代谢、磷酸戊糖途径和细胞壁组织）、ER中的蛋白质加工、DNA修复和抗氧化事件对莲种胎脱水有积极的反应。在莲种胚脱水过程中，非酶促抗氧化剂和戊糖磷酸和维生素E作为主要的抗氧化剂，在脱水过程中维持荷花胚胎的REDOX平衡。这些结果为揭示荷花胚胎脱水保护机制的生理学调控网络提供了酶途径在抗氧化保护中起着主要作用。应激生理学检测表明，H2O2是诱发氧化应激损伤的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的见解。TMT/iTR...

为了验证iTRAQ标记蛋白组学分析测定的蛋白积累变化，选择两种蛋白进行westernblot分析。如图4A所示，iTRAQ分析中两种蛋白(RPD3和VMA3)的积累每次均与westernblot数据一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相对表达量与蛋白水平相似，在BF的菌丝中也表达上调(图4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1组的基因水平上高度上调。这些结果表明，这些上调的表达蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用标记定量(iTRAQ)蛋白质组学、基于气相色谱-质谱的代谢组学GC-MS非靶向代谢组学和透射电镜分析细胞结构，研究了香菇菌丝后熟转色形成的机制，并且*...

本研究通过生理和蛋白质组学分析在冬油菜中鉴定了大量的冷胁迫响应蛋白。探讨了冬油菜耐冻性增强的机理和低温胁迫对冬油菜形态和生理生化变化的影响。文章以耐冻型Longyou 7和冷敏感型Lenox为材料，通过iTRAQ标记蛋白组学和转录组学分析，揭示了谷胱甘肽转移酶活性、碳水化合物结合和谷胱甘肽结合、代谢过程及IAA反应与冷应激反应密切相关，鉴定出了Longyou 7和Lenox之间的DAPs，这些DAPs参与氨基酸、碳水化合物、脂质和能量代谢，对提高冬油菜的耐冻性发挥了重要作用。一站式服务,蛋白组学研究不同生物体在不同时刻/状态下蛋白质表达的变化。福建生态蛋白组学转录组学和蛋白质组学分析作者通过转...

TMT标记定量蛋白质组学研究案例：2021年12月威尔康奈尔医学中心和纪念斯隆凯特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授课题组在Nature Communications期刊发表的题为 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通过蛋白质组学和代谢组学研究方法，发现了高度转移性 SOX2/OCT4+ 细胞的离散亚群表现出细胞内铜水平升高特征，探究了TM...

DIA蛋白组学：SAPHO综合征是一种侵犯皮肤和骨骼的炎症性疾病，其发病率低，表现形式多样，诊断困难。2022年1月，由北京中医药大学课题组在J Proteomics.期刊发表的题为“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通过DIA蛋白组学研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白质组谱，为疾病诊断提供了潜在的生物标志物。同时作者发现补体系统抑制剂如CFH和C4BP在SAPHO综合征中表达上调，这可能在SAPHO综合征的发病机制中发挥重要作用。蛋白质组学技...

作者通过iTRAQ蛋白质组学技术鉴定敲低NMT1后发生变化的蛋白质。结果鉴定到三种上调蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六种下调蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（图2A）。作者将这些蛋白质分别命名为N-豆蔻酰化下调蛋白(NDP)和上调蛋白(NUP)。有趣的是，敲低NMT1会减少NDP和NUP的N-豆蔻酰化，而过表达NMT1会诱导NDP和NUP的N-豆蔻酰化（图2B）。在小鼠模型中，敲除NMT1会导致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化，这可以通过在肝脏中表达外源性NMT1来部分逆转（图2C）。这些发现表明，尽管NMT1对NDP和NUP的表达起着相反的作用，但NM...

运用生物技术：TMT标记定量蛋白质组学、PRM蛋白靶向验证由鹿明生物提供技术支持：2021年12月，上海交通大学张荻课题组在Frontiers in Plant Science发表题为 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通过TMT标记蛋白质组学和平行反应监测蛋白靶向验证(PRM)技术研究方法，构建了莲花胚胎脱水保护的生理调控网...

为了验证iTRAQ标记蛋白组学分析测定的蛋白积累变化，选择两种蛋白进行westernblot分析。如图4A所示，iTRAQ分析中两种蛋白(RPD3和VMA3)的积累每次均与westernblot数据一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相对表达量与蛋白水平相似，在BF的菌丝中也表达上调(图4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1组的基因水平上高度上调。这些结果表明，这些上调的表达蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用标记定量(iTRAQ)蛋白质组学、基于气相色谱-质谱的代谢组学GC-MS非靶向代谢组学和透射电镜分析细胞结构，研究了香菇菌丝后熟转色形成的机制，并且*...

label-free蛋白定量策略进行蛋白组学的***分析。肺腺*(lungadenocarcinoma，LUAD)是肺*的一种，属于非小细胞*，早期一般没有明显的临床症状，且易发生转移。肺腺*(LUAD)的基因组研究提高了对该**生物学的理解，加速了靶向***的进程。中国科学家选取了103例未经***的中国肺腺*患者的原位肺腺*组织及其相应的*旁组织（NAT）（样本策略），利用基于质谱的label-free蛋白定量策略进行蛋白组学的***分析。从多维度揭示疾病重要分子特征对蛋白质组、磷酸化蛋白质组、转录组和全外显子组测序数据的综合分析揭示了**相关特征，如**相关蛋白变异、特有的蛋白质组特征以...

蛋白质是生命活动的主要执行者，而蛋白质磷酸化修饰是生物体内**重要的共价修饰方式之一，真核生物体内有超过三分之一的蛋白可以发生磷酸化修饰。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及**发生等过程在内的所有生命活动。单一的磷酸化蛋白质组学只能解释蛋白磷酸化水平发生的变化，而[黄金搭档]——蛋白质组与磷酸化蛋白质组联合分析，则在揭示疾病相关特性、筛选疾病生物标志物、寻找药物靶点等方面发挥了更加重要的作用。蛋白质组学基本策略 研究基础 研究内容 研究意义背景。山东植物蛋白组学的展望使用TMT标记定量蛋白质组学分析，与GFP-群体相比，...