本研究利用水稻转录因子文库筛选,绘制了水稻转录因子和菌根共生相关基因之间的调控网络。该网络受到保守的磷感应途径统一控制,以磷酸盐饥饿响应因子(PHR)为中心。PHRs 是菌根共生所必需的,通过 P1BS 顺式作用元件调控菌根共生相关基因表达。高磷条件下,SPX蛋白抑制 OsPHR2 介导的对菌根共生相关基因表达的调控,进而抑制菌根共生。过表达 OsPHR2 可以部分拮抗磷介导的对菌根共生的抑制作用。本研究发现,植物直接营养吸收和通过菌根共生的间接营养吸收,都受到相同的磷信号网络统一调控。本研究将有助于高效用磷植株的培育。欧易生物结合多年的文库构建经验。甘肃筛库酵母文库做什么
通过传统的酵母双杂交系统,以PtDAL1为诱饵,筛选样本来源于不同年龄段的油松cDNA文库。将获得的阳性克隆,10个一组,挑选到1个96孔板的PCR板孔中,获得10*96个阳性克隆的96孔板。以其中阳性克隆mix为模板,进行PCR扩增,并将所有的PCR产物进行纯化。使用纯化后的PCR产物,进行打断后构建二代测序文库,通过NGS测序,获得6G的阳性克隆数据。通过分析二代测序数据,获得阳性克隆基因信息(去冗余后获得135个互作子,包含21个TFs,2个TRs及酶类、热激蛋白、RNA结合等蛋白,部分见表1)。挑选重要的候选基因进行一对一验证(图2)。与拟南芥中同源基因AGL6的蛋白互作网络进行比对分析。对DAL1互作蛋白(DIPs)的基因表达谱、启动子中的顺势作用元件功能进行分析,并对DIPs进行GO注释(图3)。综合生信分析结果,构建针叶树老化途径的调控模型(图4)。吉林酵母文库价格结合自主优化的SMART和GATEWAY三框接头,可满足各种酵母双杂交文库构建要求。
酵母双杂交还可以这么用?Y2H-seq 揭示不老松年龄。***小欧又给大家带来了一篇酵母双杂交结合高通量测序技术的应用文章。北京林业大学钮世辉老师团队,在传统的酵母双杂交技术流程基础上,巧妙的结合了NGS技术,优化建立了Y2H-seq技术,**缩短了常规的筛库后测序验证周期,节约了实验成本。文章中应用Y2H-seq技术,对不老松年龄密码进行了有趣的研究,其中所用酵母双杂交文库由欧易生物协助完成。众所周知,酵母双杂交技术是研究蛋白相互作用的利器。目前已知的蛋白质相互作用至少有一半是通过酵母双杂交技术发现的。但是做过酵母杂交实验的小伙伴也都知道蛋白筛选较容易,但是筛选后,想知道获得的阳性克隆都对应的是啥基因,所花费的人力物力相当不小。有困难解决困难,勇敢牛牛不怕困难。
小欧从2018年即开始关注酵母杂交与高通量测序相结合的技术发展,如2017年CaoGang老师等发表的RLL-Y2H技术,实现了文库筛文库可能,该技术通过对酵母双杂常用载体的改造,并结合高通量测序,可直接获得AD-BD互作蛋白对。所用方法相当巧妙,感兴趣的同学请点击《当酵母双杂交遇到高通量测序》。钮老师团队之前的研究已经鉴定了DAL1作为一种保守的针叶树年龄生物标记基因,在油松从营养生长到生殖生长的时相转变过程中起重要作用。为了进一步理解年龄效应如何驱动针叶树的发育,阐明与DAL1相关的蛋白互作网络很关键。钮老师团队利用传统的Y2H筛选技术结合NGS测序技术,优化得到了Y2H-seq技术,与传统的筛选测序相比,大幅度节省了时间和实验成本。酵母文库是欧易生物***服务项目。
文章中酵母双杂交文库由欧易生物制备。2021年5月,北京林业大学钮世辉副教授为通讯作者,在PlantPhysiology杂志(IF:6.902)在线发表了题为“MADS-boxtranscriptionfactorsMADS11andDAL1interacttomediatethevegetative-to-reproductivetransitioninpine”的研究论文,深入探讨了油松中营养生长-生殖生长时相转变调控的分子机制。北京林业大学马晶晶博士为***作者,文章中酵母双杂交文库由欧易生物制备。本研究通过 7 个树龄的油松样品转录组测序,鉴定到一个与年龄信号***相关的基因模块,该模块包含 33 个转录因子,包括 SOC1-like、DAL1 等。欧易生物提供的酵母杂交技术服务已经协助科研用户发表了Science、Cell、PNAS等多家前列期刊杂志。吉林酵母文库价格
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