三氟乙酸(TFA)在有机合成中是多功能的，他们比较有用的特性包括挥发性，在有机溶液中的溶解度和高酸度。然而，由于其“爬行”特性，去除TFA残留物可能是危险的。用TFA作为溶剂或酸催化剂进行许多化学转化，包括重排，官能团脱保护，还原，缩合，氢化芳基化，三氟甲基化和溶剂分解反应。但是，使TFA成为一种有用的工具的一些功能在去除不需要的残留物时会成为问题。由于该有机酸的其他试剂去除方法受损，大部分TFA被蒸发。所以需要采取一些必要的预防措施来去除TFA残留物。三氟乙酸可作为很多重排反应的催化剂，例如，它可以催化环氧化合物的开环、Cope重排等化学反应。江浙沪皖有机化合物三氟乙酸电子级沸点
在过去的十年里，反相色谱与电喷雾质谱联用已成为多肽和蛋白质的分子量测定和结构分析的重要工具。然而，含有三氟乙酸的流动相对离子的产生具有抑制作用，一定程度上降低了液质联用技术的灵敏性和分析可靠性。这种抑制作用可以通过柱后加成技术部分地克服，但将使色谱系统极大地复杂化。将流动相中三氟乙酸浓度降低10倍可以消除这种抑制作用，但同时也会造成色谱分析质量的降低。Vydac公司开发了三种液质联用反相色谱柱，在使用较低浓度的三氟乙酸时，仍可以得到对称性好、性效高的多肽和蛋白质色谱峰。这些柱子基于Vydac公司品质好的高纯硅胶（300A）及C18和C4键合相，并通过特定的硅胶处理技术减轻了对TFA的依赖。北京生化试剂三氟乙酸电子级分子量利用三氟乙酸可以在一些化合物分子中引入三氟甲基。
三氟乙酸主要用于新型农药、医药和染料等的生产，在材料、溶剂等领域也有较大的应用开发潜力。三氟乙酸主要用于合成多种含三氟甲基和杂环的除草剂，可以合成多种带有吡啶基、喹啉基的新型除草剂；作为极强的质子酸，它应用于芳香族化合物烷基化、酰基化、烯烃聚合等反应的催化剂；作为溶剂，三氟乙酸是氟化、硝化及卤代反应的优良溶剂，特别是其衍生物三氟乙酰基对羟基和氨基的优良保护作用，在氨基酸和多肽化合物合成方面有着非常重要的应用,用于多肽合成中除去氨基酸的叔丁氧羰基（t-boc）保护基；三氟乙酸作为制备离子膜的原料和改性剂，可大幅提高烧碱工业电流效率，延长膜的使用寿命；三氟乙酸还可合成三氟乙醇、三氟乙醛和三氟乙酐。室温下三氟乙酸汞使氟苯起汞化反应（亲电取代），也可将腙转化为重氮化合物。此酸的铅盐可将芳烃转化为酚。
在一些反应中，三氟乙酸作为母液需要回收，其重要目的是为了出去其中的水分，但由于三氟乙酸易与水形成共沸物，因此不能采用蒸馏的方法进行分离。参照三氟乙酸纯化工艺，将三氟乙酸母液制成钠盐，然后再用浓硫酸酸化，蒸出三氟乙酸。在中和反应中，放热较小，但由于反应会产生大量的二氧化碳气体，所以，过快的滴加速度将导致二氧化碳浓度瞬间增加，体系有产生憋压的可能。三氟乙酸钠易溶于水，在过滤中容易吸收空气中的水形成过饱和溶液而堵塞滤孔并流失，所以较好的方法是蒸除大部分水后，直接进行干燥处理。三氟乙酸具有良好的溶解性。
在HPLC中的应用：在反相色谱分离多肽和蛋白质的实验中，使用三氟乙酸(TFA)作为离子对试剂是常见的手段。流动相中的三氟乙酸通过与疏水键合相和残留的极性表面以多种模式相互作用，来改善峰形、克服峰展宽和拖尾问题。三氟乙酸与多肽上的正电荷及极性基团相结合以减少极性保留，并把多肽带回到疏水的反相表面。以同样的方式，三氟乙酸屏蔽了固定相上残留的极性表面。三氟乙酸的行为可以理解为它滞留在反相固定相的表面，同时与多肽及柱床作用。三氟乙酸与三氯乙酸不同，在酸、碱的作用下不被水解。苏州有机化合物三氟乙酸电子级熔点
流动相中的三氟乙酸与疏水键合相和残留的极性表面以多种模式相互作用，可改善峰形、克服峰展宽和拖尾问题。江浙沪皖有机化合物三氟乙酸电子级沸点
三氟乙酸(TFA)是一种强羧酸,pKa=0.23,能够刺激人体组织和皮肤。只有轻微的毒性,但是在不流动的地表水中富集则会影响农业和水生系统,并且TFA经历微生物降解产生温室气体CHF3。受吸电子性的三氟甲基的影响而有强酸性,酸性比乙酸强十万倍。三氟乙酸在苯胺存在下分解成氟仿和二氧化碳。能被硼氢化钠或氢化铝锂还原为三氟乙醛和三氟乙醇。在205℃以上稳定，酯类和酰胺类衍生物容易水解，因此能以酸或酸酐的形式，制取糖类、氨基酸和肽类衍生物。容易在五氧化二磷作用下脱水为三氟乙酸酐。三氟乙酸是一种重要的脂肪含氟中间体，由于含有三氟甲基的特殊结构，因此使其性质不同于其他醇类，可以参与多种有机合成反应，尤其用于合成含氟的医药、农药和染料等领域，国内外需求量越来越大，已成为含氟精细化学品的重要的中间体之一。江浙沪皖有机化合物三氟乙酸电子级沸点
